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糸状菌類は、お酒やしょう油作り〔発酵（はっこう）食品〕、医薬品の生産（発酵工業）などに使われる有用微生物としての一面があり、人々の日常の暮らしになくてはならない存在である。
発酵食品：微生物の働きを利用した発酵食品で、糸状菌類が製造に関わるものは多数ある。特に日本では、２０００年以上も前から、みそやしょう油が作られていたほか、日本酒や焼ちゅう、かつお節など多くの発酵食品が作られている。微生物に関する知識が全くなかった時代は、発酵食品の製造は長い間受け継（つ）がれてきた経験によって知り、微生物は天然に存在するものを利用していた。今では、発酵食品から有用な糸状菌を分離培養（ぶんりばいよう）し、その菌が製造に利用されるようになっている。
発酵工業：有用な微生物は、微生物の純粋培養法（じゅんすいばいようほう）が確立してから次々と発見され、それらが作り出す有益な物質を利用、応用した発酵工業は、産業の重要な一部分を占（し）めるようになった。その中で糸状菌類は、抗生物質（こうせいぶっしつ）をはじめ、アルコール、有機酸、各種酵素（こうそ）、植物ホルモンであるジベレリンなどの物質生産に貢献（こうけん）している。
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