オンラインカタログヘルプ
「NBRC Culture カタログ検索」ではNBRCから提供可能な微生物株の情報を公開しています。NBRC番号や学名などから菌株を検索し、培養条件や分離源、シーケンス情報などが得られます。また、お手持ちのシーケンスデータで相同性検索を行うこともできます。
なお、オンラインカタログの情報は論文や寄託者から提供を受けた情報を掲載しておりますが、新たな情報に基づいて不定期に変更することがあります。あらかじめご了承ください。
カタログ検索
トップ画面には以下の検索項目があります。
検索項目 | 説明 |
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1.NBRC番号検索 | NBRC番号を使った完全一致の検索を実行します。「NBRC」または「IFO」を省いた数字のみを入力してください。 IFO番号はそのままNBRC番号に移行しています(IFO 3972 = NBRC 3972)。 |
2.学名 | 学名による前方一致の検索を実行します。シノニム(同種異名)も併せて検索します。属名と種小名の間は半角スペースを入れて下さい。属名の省略や日本語入力には対応しておりません。 (検索可能の例)Escherichia coli (検索不可能の例)E coli |
3.他機関番号 またはその他の番号 |
他の保存機関番号から同一由来株を検索することができます。機関略称と番号の間には半角スペースを入力してください。その他の菌株番号でも検索可能ですが、ここではIFO番号は使えません。他機関番号の略称については、「I. Abbreviations used in the Catalogue」(PDF)【PDF:113KB】をご参考ください。 (例)MBIC 10229 |
4.原産国 日本 | 日本で採取された分離源由来の微生物株を検索します。 |
5.高次分類 | 検索対象とする微生物株の分類を選んで検索してください。 |
6.フリーキーワード(部分一致) | 微生物株情報の全データに対して前方一致の検索を実行します。 |
7.表示件数 | デフォルトは10件までになっています。必要に応じて、20、50を選択してください。 |
菌株詳細情報画面
菌株の個別詳細情報を一覧表示する画面です。
1. NBRC No. | 菌株番号 | 19. Accepted Date | NBRCまたはIFOが菌株を受け入れた年 |
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2. Scientific Name | 学名(太字) とその著者名 | 20. Isolated Year | 菌株が分離された年 |
3. Synonymous Name(s) | 異名(シノニム) 学名の最後に(sic)が入っているものは、国際原核生物命名規約に基づき、ラテン語の記載ミスにより修正された学名の「修正前の学名」を示しています。「修正前の学名」でもカタログ検索でヒットするように異名にしています。本カタログでは本ルールを真核生物にも適用しています。 |
21. Deposited Year | NBRCまたはIFOに菌株が寄託された年 |
4. Teleomorph | 菌類の生活環において有性生殖も行うステージである完全世代 | 22. History | 来歴 |
5. Anamorph | 菌類の生活環において無性生殖のみを行うステージである不完全世代 | 23. Comment | コメント |
6. Other Culture Collection No. | 他機関番号 使用されている略称はこちらの一覧(PDF)【PDF:113KB】で正式名称をご覧いただけます。 |
24. Rehydration Fluid | 復元液の情報へリンク(L-乾燥アンプルの場合のみ) |
7. Other No. | その他の菌株番号 | 25. Medium | 培地(培養基) 情報へリンク |
8. Herbarium No. | 標本番号 | 26. Cultivation Temp. | 培養温度 |
9. Shipping as | 分譲標品形態 |
27. Oxygen Relationship | Anaerobe:嫌気性 Microaerobe:微好気性 ※空欄の場合はAerobe(好気性)又はFacultative anaerobe(通性嫌気性) |
10. Type StrainOther No. | タイプ株(基準種、タイプ由来株)ならYesと表示([真核] 異名のタイプも含む)その他の菌株番号 | 28. Sequences | 領域ごとのシーケンス情報へリンク |
11. Biosafety Level | バイオセーフティレベル(BSL)1の場合は表示なし[詳細] | 29. Accession No. | INSD (国際塩基配列データベース)の登録番号[詳細] |
12. Restriction | 分譲制限 (下リスト参照) |
30. Biosample ID | データベースに登録されている実験データを得るのに使われたサンプルのID[詳細] |
13. Conditions of utilization | 寄託者による利用条件 | 31. Bioproject ID | 研究プロジェクトとプロジェクト由来データのID[詳細] |
14. Plant Quarantine No. | 植物防疫所輸入許可番号と輸入検疫有害菌輸出国 [詳細] | 32. Applications | この菌株の利用法や生産する物質名を表示 |
15. Animal Quarantine No. | 動物防疫所輸入許可番号 | 33. Mating Type | 交配型 |
16. Source of Isolation | 分離源 | 34. Genetic Marker | 遺伝子マーカー |
17. Locality of Source | 分離地 | 35. References | 参考文献情報へリンク |
18. Country of Origin | 原産国または原産地域 |
12. Restriction:分譲制限の種類は以下の8つです。
ホモロジー検索
お手持ちのシーケンス情報を、NBRC菌株のシーケンスとDDBJの最新リリースを合わせたデータセットに対してホモロジー検索することができます。
検索項目 | 説明 |
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1.検索シーケンス | ホモロジー検索を行いたい配列を貼り付けて検索を実行してください。 |
2.検索結果一覧の表示数 | 相同性スコアの結果をいくつ表示させるか指定します。 |
3.アラインメント表示数 | 相同な配列との比較を、相同性スコアの順で第何位まで表示するか指定します。 |
4.期待値 | より厳しい条件で相同性検索を行いたいならこの値を小さく、より多くの配列にヒットするように検索を行いたいならこの値を大きくします。 |
5.その他 オプション |
-N 0(ゼロ)と設定すると、データベースをNBRC株に限定できます。その他、DDBJ BLASTと同様の追加設定が使用できます。詳しくは、DDBJのサイトをご参照ください。 |
シーケンス取得検索
NBRCの微生物株のシーケンスをFASTA形式で表示、またはダウンロードできます。
検索項目 | 説明 |
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1.学名 | 目的とする菌株名を入力してください。前方一致で、属名と種小名の間は半角スペースを入れて下さい。属名の省略や日本語入力には対応しておりません。 |
2.基準株 | タイプ(基準株、タイプ由来株)のみの結果を取得したい場合はチェックを入れてください。 |
3.Product etc. | シーケンス領域をプルダウンから選択してください。 |
4.表示件数 | デフォルトは10件までになっています。必要に応じて、20、50を選択してください。 |
お手持ちのシーケンス情報を、NBRC菌株のシーケンスとDDBJの最新リリースを合わせたデータセットに対してホモロジー検索することができます。
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お問い合わせ
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独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター
生物資源利用促進課
(お問い合わせはできる限りお問い合わせフォームにてお願いします) -
TEL:0438-20-5763
住所:〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 地図
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