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 「NBRC Culture カタログ検索」ではNBRCから提供可能な微生物株の情報を公開しています。NBRC番号や学名などから菌株を検索し、培養条件や分離源、シーケンス情報などが得られます。また、お手持ちのシーケンスデータで相同性検索を行うこともできます。
 なお、オンラインカタログの情報は論文や寄託者から提供を受けた情報を掲載しておりますが、新たな情報に基づいて不定期に変更することがあります。あらかじめご了承ください。

カタログ検索

トップ画面には以下の検索項目があります。

トップ画面の検索項目
検索項目 説明
1.NBRC番号検索 NBRC番号を使った完全一致の検索を実行します。「NBRC」または「IFO」を省いた数字のみを入力してください。
IFO番号はそのままNBRC番号に移行しています(IFO 3972 = NBRC 3972)。
2.学名 学名による前方一致の検索を実行します。シノニム(同種異名)も併せて検索します。属名と種小名の間は半角スペースを入れて下さい。属名の省略や日本語入力には対応しておりません。
学名が不明確な場合や、分類群を限っての菌株検索には、アルファベット順の微生物株リストが便利です。
(検索可能の例)Escherichia coli
(検索不可能の例)E coli
3.他機関番号
またはその他の番号
他の保存機関番号から同一由来株を検索することができます。機関略称と番号の間は半角スペースを入力してください。その他の菌株番号でも検索可能ですが、ここではIFO番号は使えません。他機関番号の略称については、こちらの一覧(PDF)【PDF:113KB】をご参考ください。
(例)MBIC 10229
4.タイプ(基準培養株) タイプ株(基準培養株、タイプ由来株)に限定して検索を実行したい場合は、このチェックを入れて検索してください。
5.培養温度 左右のボックスに下限(左)と上限(右)の培養温度を入力して検索ができます。両方入力しても、またはどちらか一方の入力でも検索実行可能です。
6.原産国 プルダウンから国名を選んで検索してください。
7.フリーキーワード 微生物株情報の全データに対して前方一致の検索を実行します。
使える演算子についてはこちらをご参照ください。
8.表示件数 デフォルトは10件までになっています。必要に応じて、20、50を選択してください。
9.ファージ一覧 ファージの全株を一覧表示します。

トップ画面

菌株詳細情報画面

菌株の個別詳細情報を一覧表示する画面です。

菌株の個別詳細情報一覧
1. NBRC No. 菌株番号 16. Locality of Source 分離地
2. Scientific Name 学名(太字) とその著者名 17. Country of Origin 原産国または原産地域
3. Synonymous Name(s) 異名(シノニム)
([真核] 不完全世代または完全世代の名前)
18. Biosafety Level バイオセーフティレベル(BSL)1の場合は表示なし[詳細]
4. Type Strain タイプ株(基準種、タイプ由来株) ならYesと表示
([真核] 異名のタイプも含む)
19. Applications この菌株の利用法や生産する物質名を表示
5. Accepted Date NBRCまたはIFOが菌株を受け入れた年 20. Mating Type 交配型
6. Isolated Year 菌株が分離された年 21. Genotype
Genetic Marker
遺伝子型、遺伝子マーカー
7. Deposited Year NBRCまたはIFOに菌株が寄託された年 22. Plant Quarantine No. 植物防疫所輸入許可番号と輸入検疫有害菌輸出国 [詳細]
8. History 来歴 23. Animal Quarantine No. 動物防疫所輸入許可番号
9. Other Culture Collection No. 他機関番号
使用されている略称はこちらの一覧(PDF)【PDF:113KB】で正式名称をご覧いただけます。
24. Herbarium No. 標本番号
10. Other No. その他の菌株番号 25. Restriction 分譲制限
(下リスト参照)
11. Rehydration Fluid 復元液の情報へリンク(L-乾燥アンプルの場合のみ) 26. Comment コメント
12. Medium 培地(培養基) 情報へリンク 27. References 参考文献情報へリンク
13. Cultivation Temp. 培養温度 28. Sequences 領域ごとのシーケンス情報へリンク
14. Oxygen Relationship Anaerobe:嫌気性
Microaerobe:微好気性
※空欄の場合はAerobe(好気性)又はFacultative anaerobe(通性嫌気性)
29. Shipping as 分譲標品形態
15. Source of Isolation 分離源    

菌株詳細情報画面

25. Restriction:分譲制限の種類は以下の8つです。

  • Need permision from Plant Protection Station in Japan [詳細]
  • Distribution prohibited in Japan [詳細]
  • Living Modified Organism(LMO) [詳細]
  • Export prohibited by law [詳細]
  • Conclusion of MTA is required [詳細]
  • Deposit with Restriction [詳細]
  • Regulation by Brazilian law [詳細]
  • Need in-licensing for commercial use [詳細]

ホモロジー検索

お手持ちのシーケンス情報を、NBRC菌株のシーケンスとDDBJの最新リリースを合わせたデータセットに対してホモロジー検索することができます。

ホモロジー検索項目
検索項目 説明
1.検索シーケンス ホモロジー検索を行いたい配列を貼り付けて検索を実行してください。
2.検索結果一覧の表示数 相同性スコアの結果をいくつ表示させるか指定します。
3.アラインメント表示数 相同な配列との比較を、相同性スコアの順で第何位まで表示するか指定します。
4.期待値 より厳しい条件で相同性検索を行いたいならこの値を小さく、より多くの配列にヒットするように検索を行いたいならこの値を大きくします。
5.その他
オプション
-N 0(ゼロ)と設定すると、データベースをNBRC株に限定できます。その他、DDBJ BLASTと同様の追加設定が使用できます。詳しくは、DDBJのサイトをご参照ください。

ホモロジー検索画面

 

シーケンス取得検索

NBRCの微生物株のシーケンスをFASTA形式で表示、またはダウンロードできます。

シーケンス取得検索項目
検索項目 説明
1.学名 目的とする菌株名を入力してください。前方一致で、属名と種小名の間は半角スペースを入れて下さい。属名の省略や日本語入力には対応しておりません。
2.タイプ タイプ(基準株、タイプ由来株)のみの結果を取得したい場合はチェックを入れてください。
3.Product etc. シーケンス領域をプルダウンから選択してください。

シーケンス取得検索画面

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お問い合わせ

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  生物資源利用促進課
TEL:0438-20-5763  FAX:0438-52-2329
住所:〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 地図
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