バイオテクノロジー

NBRCニュース 第26号

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NBRCニュース No. 26(2014.3.31)
画像付き http://www.nbrc.nite.go.jp/news/news_vol26.html
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 NBRCニュース第26号をお届けします。今号は微生物あれこれ、微生物の培養
法、アジアの微生物、特許微生物寄託のイロハの4つの連載をお届けします。
最後までお読みいただければ幸いです。

(等幅フォントでご覧ください)

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 内容
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  1.新たにご利用可能となった微生物株(2014年1月17日~3月17日)
  2.微生物の培養法(13)
   好乾性カビ
  3.アジアの微生物(10)
   ミャンマーで微生物を分離してきました
  4.特許微生物寄託のイロハ(7)
   特許微生物を寄託してから必要な手続きはありますか?
  5.微生物遺伝子機能データベースMiFuPを公開しました
   ~もう微生物選びには困らない!~
  6.微生物あれこれ(23)
   情報収集に役立つウェブサイトの紹介

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 1.新たにご利用可能となった微生物株(2014年1月17日~3月17日)
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 酵母 2株、糸状菌 1株、細菌 11株、バクテリオファージ 17株、藻類 1株、
微生物ゲノムDNA 2種類を新たに公開しました。
 
【新規公開株一覧】 http://www.nbrc.nite.go.jp/new_dna.html

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 2.微生物の培養法(13)
   好乾性カビ                     (伴さやか)
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 カビというと湿度が多い場所で生えるというイメージがあり、実際にほとん
どのカビの好む水分活性(Aw: water activity)は0.7以上です。水分活性は
物質または溶液の蒸気圧(P)と水の蒸気圧(P0)との比で、物質中に含まれ
る自由水がどれだけあるかを表しています。純水の水分活性が1、全く水がな
い状態が0となります。食品に砂糖や塩を加えて保存性を高めるのは、この自
由水を奪うことで水分活性を下げ、腐敗の原因になる微生物を生えにくくする
ためです。しかし、一部のカビには、乾燥や高浸透圧の環境を好むものが存在
します。それらは好乾性、または好稠性のカビと呼ばれます。例えば、砂糖菓
子を好むアズキイロカビ(Wallemia sebi)、カメラのレンズに生えたことか
ら現在の抗カビ試験JIS Z2911に指定されているEurotium tonophilumなどのユ
ーロチウム属の種、Aspergillus restrictusA. penicillioidesなど一部の
アスペルギルス属が好乾性のカビとして知られています。

食品の水分活性と微生物の増殖水分活性(「食品微生物学の基礎」より抜粋改変)

       
図1.食品の水分活性と微生物の増殖水分活性
         (「食品微生物学の基礎」より抜粋改変)
         図をクリックすると拡大表示します。

◆ 培養のコツ
 これらのカビを培養するためには、ショ糖を20%または40%添加したM20Y培
地(NBRCの培地番号ではNo. 9)やM40Y培地(No. 10)、グリセリンで浸透圧
を高めたDG18培地(No. 1198)、または食塩を5%加えたNo. 3培地などの好稠
性培地を用います。
 通常の水分活性の高い培地では生育不良となるため、まずは指定されている
培地を使っていただくことが一番大事です。さらに、培養中に湿気がこもらな
いように注意します。L-乾燥標品を復水液に懸濁して培地表面に塗り広げた
場合は、クリーンベンチ内などで蓋を開けたままにして表面をよく乾かした後
に培養します。培養時も、できるだけ蓋をシールなどで密封しない方が良いで
しょう。斜面培地の場合は、シリコ栓より通気性の良い綿栓の使用を推奨しま
す。

◆ 個別の注意点
・Eurotium halophilicum NBRC 7054
 M40Y培地ではほとんど生えず、ショ糖60%のM60Y培地(No. 1294)で生育し
ます。

・Eurotium echinulatum NBRC 5862
 M20Y培地でもM40Y培地でも生えますが、M20Y培地では子のう果を形成してオ
レンジ色のコロニーになるのに対し、M40Y培地では分生子しか作らないため、
コロニーは緑色を呈します。

◆ 他の培地で培養できるか?
 しばしば、市販のPDA培地で培養できるかどうかのお問い合わせをいただき
ます。この答えは種や菌株によって異なります。Wallemia sebi NBRC 32277は
PDA培地やサブロー培地でもわずかに生えてくるのに対し、同種のNBRC 109521
はPDA培地ではほぼ生育しません。Eurotium tonophilum NBRC 8157もPDA培地
では生育できません。一方、Aspergillus penicillioides NBRC 33024はPDA培
地でも生育できますが、M20Y培地などに比べると明らかに生育は劣ります。
 蛇足ですが、食品や環境中の害菌として一般的なクロカビ(Cladosporium属
種)や家庭の冷蔵庫中でイチゴに生えるハイイロカビ(Botryotinia 
fuckeliana / Botrytis cinerea)は、PDA培地などの普通の培地で培養するの
が一般的ですが、菌株によってはDG18培地に植えると分生子の形成が良好にな
る場合があります。ちなみに、ハイイロカビは貴腐ワインを作るカビとして有
名です。
    

異なる培地での生育の違い

    

Eurotium tonophilum NBRC 8157,Aspergillus Penicillioides NBRC 33024

       
図2.異なる培地での生育の違い
          Y軸はシャーレ1枚あたりの胞子数(個/10-4)

【参考文献】 食品微生物学の基礎 藤井健夫編、講談社

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 3.アジアの微生物(10)
   ミャンマーで微生物を分離してきました       (大野さやか)
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 NBRCニュース第20号でミャンマーの状況と今後の展望について取り上げまし
たが、2013年5月と10月に渡航し、微生物の分離を行いましたので報告いたし
ます。
 私たちのミャンマーでのカウンターパートはパテインにあるパテイン大学で
す。パテイン(Pathein。たまにパセインと書かれることもありますが、現地
の方の発音を聞くとパテインの方が近く聞こえます)は、最大都市のヤンゴン
から西へ約190km離れた場所にあり、車で約4時間かかります。ミャンマーで4
番目に大きい都市ですが、周りは農作地帯でもあり、緑も豊かで穏やかな雰囲
気です。学生や大学関係者が多く、学園都市として知られています。ミャンマ
ーのつくば、といったところでしょうか。
 医療現場で用いられる消耗品は近隣の国々(タイ、マレーシア、中国など)
から購入できるようですが、多くの実験道具はミャンマーでの入手が難しいた
め、すべて持ち込みました。実験中には、たびたび停電が起こりました。ミャ
ンマーは雨季(6月から10月)に豊富に降る雨水を利用して水力発電を行って
いますが、乾季(3月から5月)は1~2時間程度の停電が毎日起こります。雨季
後には状況はだいぶ落ち着きますが、それでも1日に数分程度の停電が数回起
こります。クリーンベンチ内の作業中であれば、そっと前面シャッターを閉め
ればいいのですが、オートクレーブ中の停電はとても困りました。停電をいか
にかいくぐりながらオートクレーブをかけるかの勝負の日々でした。日本で享
受しているいろいろなものが当たり前ではなく、普段いかに恵まれた環境にい
るか実感しました。
 ミャンマーの学生さんは、皆まじめでかつ手先が非常に器用です。ただ、実
験を授業にあまり取り入れていないようで、口で説明しただけでは、実験手順
をなかなか理解してもらえませんが、一度お手本を見せると、全員そのとおり
に行うことができました。私は不器用なので、学生の頃、せっかく見せてもら
ったお手本通りにできないことも多かったので、感心しきりでした。
 今回の渡航で糸状菌209株、酵母152株、細菌(ほとんど乳酸菌)154株を日
本に持ち帰りました。一部は既にご利用いただいており、残りの株も準備中で
す。これらの微生物を利用することも可能ですし、今後は合同探索のご案内も
する予定です。ミャンマーはこれまで入国が難しかったこともあり、微生物に
関しても未知数です。この機会に、ミャンマーの微生物をご利用いただければ
幸いです。

タウンジーのバオ族の定期市 インレー湖での海藻とり

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 4.特許微生物寄託のイロハ(7)
   特許微生物を寄託してから必要な手続きはありますか? (村松由貴)
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 今回は、特許微生物寄託株(以下、特許株)の保管期間中に必要な手続きの
種類についてご紹介します。特許株の保管には有効期限があり、保管を継続あ
るいは取りやめたいとき、また住所変更などのご連絡には所定の手続きが必要
です。

・継続寄託
 国内寄託と国際寄託は保管有効期限が異なっています。国内寄託の場合は、
寄託してから1年間、国際寄託の場合は30年間保管されます。これらの年数を
超えて保管を続けたい場合は、保管期限の更新を年単位で行うことができ、こ
れを継続寄託と呼んでいます。保管を延長する年数についての制限はありませ
ん。保管期限の終了日を過ぎた年度末までに継続寄託申請がない場合、弊セン
ターでは継続寄託の意思がないものとみなし、不継続処理を行います。不継続
処理とは、弊センターで微生物を廃棄し、その旨を寄託者へ書面で通知するも
のです。特許権の存続期間中に特許株の保管が終了してしまうと、当該特許が
無効になる可能性がありますので、ご注意ください。

・寄託の取下げ・終了
 微生物の保管を取りやめたい場合は、寄託の取下げあるいは終了の手続きが
必要です。取下げは、保管有効期限の途中で保管を取りやめること、終了は保
管有効期限満了後に保管を取りやめることを言います。微生物保管取りやめ後
の微生物の取扱いについては、下記3通りからご選択いただけます。

 廃棄:NITE特許センターで廃棄します。
 返還:NITE特許センターで保管しているサンプルを寄託者あてに着払いで送
    付します。
 譲渡:NBRCで受入れ可能な微生物をNITEへ譲渡し、NBRCから一般に公開・分
    譲します。

 なお、国際寄託された株は、ブダペスト条約の規則により受託後30年間は取
下げることができません。

・住所変更・代理人の変更
 (1) 寄託者の住所が変わった場合、(2) 寄託者が企業等の団体代表者となっ
ておりその代表者が交代した場合、(3) 特許株の所有権を変更する場合には、
記載事項変更届や名義変更届の提出をお願いしています。これらのご連絡がな
いと、幣センターからのお知らせが届かないことがあります。また、代理人の
変更もできるだけ速やかにご連絡ください。代理人が立てられている場合、基
本的に幣センターからのご連絡は代理人あてに送付しています。寄託申請時の
み代理人が手続きを行い、その後の継続寄託申請は寄託者ご自身で実施される
場合は、その継続寄託申請時に代理人の辞任または解任の手続きも同時に行う
ようお願いいたします。翌年以降、保管期限のお知らせを幣センターから寄託
者へ直接お送りできるようになります。

 特許のイロハの連載は、今回で最後になります。今後もサービスの向上に努
めていく所存ですので、よろしくお願いいたします。

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 5.微生物遺伝子機能検索データベースMiFuPを公開しました
   ~もう微生物選びには困らない!~          (木村明音)
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 有用機能を持つ微生物のスクリーニングにお困りではないでしょうか。スク
リーニングは、実験系の構築、多量のサンプルの処理など、時間とコストがか
かる大変な作業です。これまで有用機能を示す遺伝子群についての知見が蓄積
されてきましたが、近年では、次世代シーケンサーの開発・普及により、微生
物ゲノム情報が爆発的に増大しています。これらを活用し、ゲノム情報から微
生物の機能を予測することで、スクリーニング用の菌株の効率的な選定が可能
となります。しかし、目的の機能を示す遺伝子群に関する内容を学術文献等か
ら解釈し、膨大なゲノム配列を処理して目的の遺伝子群を判別して、微生物の
機能の有無を判断するのは、非常に煩雑で時間のかかる作業でした。
 そこでNBRCは、ゲノム情報に基づく微生物の選定が手軽にできる新しい発想
のデータベースMiFuP(ミファップ)を2月25日に公開しました。

◆MiFuPの特徴
 1. 微生物の有用機能である「Bioplastic synthesis(バイオプラスチック
   合成)」や「Osmotolerance(耐浸透圧性)」などのキーワードから、そ
   れらの機能を持つと推定される微生物を簡単に検索できます。対象は
   NBRC保有の細菌やアーキアの273株です。
 2. 利用者が各自で保有している微生物ゲノム配列から、その配列に予測さ
   れる機能を、クリック数回で推定できます。
 3. 微生物の有用機能情報に関する文献などの知見やその機能の活用情報を
   集約し、日本語でわかりやすく解説した「MiFuP wiki」を搭載していま
   す。

 現在、83種類の産業有用機能を検索対象としており、今後更に皆様のご要望
に応えていく予定です。ご不明な点やご要望等がございましたら、MiFuPに設
置されているお問合せフォームより、お気軽にご連絡ください。ゲノムに関す
る専門知識がなくとも手軽に目的の機能遺伝子を持つ微生物を選べるので、バ
イオ分野の企業の皆様を始め、幅広い業種の皆様の研究開発にご活用いただけ
れば幸いです。

【MiFuP】 http://www.bio.nite.go.jp/mifup/
【MiFuP wiki】 http://www.bio.nite.go.jp/mifup/wiki

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 6.微生物あれこれ(23)
   情報収集に役立つウェブサイトの紹介
         (資延淳二、石田孝英、田村朋彦、藤田克利、岡田和也)
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 NBRCではいろいろな微生物群を扱っています。このため、必要となる情報も
様々です。インターネットなどによる情報網が発達した昨今でも、1つのサイ
トで網羅的に情報を入手することはなかなか困難です。そこで、今号では私た
ちが利用しているウェブサイトを紹介します。みなさまの情報収集の参考とな
れば幸いです。

【細菌(放線菌)およびアーキア】
・International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 
 (IJSEM)
 細菌命名規約で、細菌の学名はIJSEMに掲載された時点で承認されることに
決められています。このため、新種や新属がこの雑誌で報告される例も多いの
で、菌株の情報を得るために必須のウェブサイトです。
 http://ijs.sgmjournals.org/

・List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (LPSN)
 細菌命名規約に則った原核生物の学名のリストを持つウェブサイトで、分類
学的基準株の番号、学名の語源、異名(シノニム)、菌名の変遷、その学名が
属する高次分類群や文献、DNA塩基配列へのリンクもあり、非常に有用です。
 http://www.bacterio.net/index.html

・Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date
 ドイツのカルチャーコレクション、DSMZがまとめている命名規約に則った原
核生物の学名のリストです。学名の一覧をエクセル形式かpdf形式にて無料で
ダウンロードできます。
 http://www.dsmz.de/bacterial-diversity/prokaryotic-nomenclature-up-
 to-date/prokariotic-nomenclature-up-to-date.html

【糸状菌・酵母】
 以下の2つは糸状菌や酵母の学名が確認できるウェブサイトです。
・Index Fungorum 
 http://www.indexfungorum.org/Names/Names.asp

・Mycobank
 http://www.mycobank.org/

 DNAの塩基配列に基づいた種の同定に利用できるウェブサイトです。
・CBS Pairwise sequence identification
 http://www.cbs.knaw.nl/Collections/BioloMICSSequences.aspx?file=all

・UNITE
 http://unite.ut.ee/

 その他の有用なサイトです。
・Fungal growth database
 平板培地上での糸状菌株のコロニーの様子がわかります。
 http://www.fung-growth.org/

・International Commission of Penicillium and Aspergillus
 アスペルギルス、ペニシリウム属の学名や基準株のDNA塩基配列データのア
クセッション番号が調べられます。
 http://www.aspergilluspenicillium.org/

・International submission of Trichoderma and Hypocrea Taxonomy
 トリコデルマ属のデータベースで、基準株のDNA塩基配列データとのBLAST検
索の機能があります。
 http://www.isth.info/

【ファージ】
 ファージの分類情報やゲノム情報を得ることができるウェブサイトです。 
・The International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)
 http://ictvonline.org/

・The Viral Genomes
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesHome.cgi?taxid=10239

【DNAリソース】
 微生物ゲノム、ヒトcDNAクローン、ベクターなどDNAに関する情報収集がで
きます。NCBIは文献調査にも活用しています。
・DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
 DDBJ:http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html

・National Center for Biotechnology Information (NCBI)
 NCBI:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

・Database of the Genomes Analyzed at NITE (DOGAN)
 http://www.bio.nite.go.jp/dogan/top/

【藻類】
 微細藻類についての情報が掲載されています。画像や参考文献も多く掲載さ
れていますので分類や同定の参考となります。
・algaeBASE
 http://www.algaebase.org/

・原生生物情報サーバ
 http://protist.i.hosei.ac.jp/Protist_menu.html

・藻類資源データベースナショナルバイオリソースプロジェクト
 http://www.shigen.nig.ac.jp/algae/top.jsp

【その他、微生物取り扱いに関する情報】
 微生物のバイオセーフティレベル、規制や取り扱いに関する情報が掲載され
ています。
・国立感染症研究所-病原体等安全管理規程
 http://www0.nih.go.jp/niid/Biosafety/kanrikitei3/

・国立感染症研究所-バイオセーフティ管理室
 http://www.nih.go.jp/niid/ja/from-biosafe.html

・植物防疫所-生きた昆虫・微生物などの規制に関するデータベース
 http://www.pps.go.jp/rgltsrch/view/search/index.html

・動物検疫所-病原体、輸入禁止品の輸入手続
 http://www.maff.go.jp/aqs/tetuzuki/88.html

・日本細菌学会-感染症対策
 http://www.nacos.com/jsbac/infectious_disease/

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 編集後記
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 桜を愛でる季節となりました。今年の冬はソチオリンピックで選手の活躍に
目が離せず睡眠不足になった方も多いと思います。また、各地で異常気象によ
る大雪に見舞われました。気象庁では「異常気象とは数十年間(30年間)に1
度程度の現象、あるいは人が一生の間にまれにしか経験しない現象・・・」と
定義しています。学生の時、春先に降った大雪で電車が止まり歩いて帰った記
憶があります。この先異常気象が起こらないことを願いながら春を満喫したい
と思います。(HF)

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・偶数月の1日(休日の場合はその前後)に配信します。第27号は6月2日に配
 信予定です。

編集・発行
 独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)バイオテクノロジーセンター
 NBRCニュース編集局(nbrcnews@nite.go.jp)
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