バイオテクノロジー

Aspergillus oryzae RIB40 (NBRC 100959)
プロテオーム解析の概要

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麹菌Aspergillus oryzae RIB40 (NBRC 100959)のYPD培地による液体培養とフィルター培養を行い、下記の各手法によって網羅的プロテオーム解析を実施しました。

  1. (1)ペプチドマスフィンガープリント法(二次元電気泳動、MALDI-TOFMS
  2. (2)ショットガンプロテオーム解析法(SDS-PAGE、LC/MS/MS
  3. (3)多次元LC法(二次元LC、カラム内消化、LC/MS/MS

また、プロテインシーケンサーによるN末端アミノ酸解析も行いました。

解析結果

新たなCDSの付加や、登録CDSの修正が必要であると分かりました。現在コンソーシアムでの修正公開の準備がなされています。公開中のプロテオーム解析結果は現データに合致するもののみとなっています。

近年、このような技術は、プロテオゲノミクス(Proteogenomics)と呼ばれています。

解析結果は、生物資源データプラットフォーム(DBRP)で公開されています。

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発表等

55th ASMS Conference (2007.6)
“Proteome Analysis of Aspergillus oryzae for Precise Prediction of Protein Coding Regions and Protein Profiling”
Hanako Ataku, Miyako Mise, Keiko Nishijima, Jun Yamazaki, Kazumi Sasaki, Syuji Yamazaki, Motoaki Sano and Nobuyuki Fujita
第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会 (2007.12)
「網羅的プロテオーム解析によるアノテーションの精密化」
(Proteome Analysis for Precise Prediction of Protein Coding Regions)
西嶋桂子、山崎純、三瀬美也子、安宅花子、佐々木和実、山崎秀司、藤田信之

お問い合わせ

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  解析技術課
TEL:03-3481-1936  FAX:03-3481-8424
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