Stigm_00050 : CDS information

Location

Organism	Stigmatella aurantiaca
Strain	Sga15
Entry name	Stigmatellin
Contig	AJ421825
Start / Stop / Direction	9,066 / 10,070 / + [in whole cluster] 9,066 / 10,070 / + [in contig]
Location	9066..10070 [in whole cluster] 9066..10070 [in contig]
Type	CDS
Length	1,005 bp (334 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative oxidoreductase
Product (GenBank)	potassium channel beta chain
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note	The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)	ORF4
Reference	ACC Q8RJZ0 PmId [11809757] The biosynthesis of the aromatic myxobacterial electron transport inhibitor stigmatellin is directed by a novel type of modular polyketide synthase. (J Biol Chem. , 2002) comment S. aurantiacaにおいてstigmatellin形成を担う遺伝子セットの報告。 ORF4は真核のpotassium channel beta-chains(Solanum tuberosum_kb1)に似ている。主に真核で使用されると考えられていたタンパクを利用するのはmyxobacteriaの特徴。
Related Reference	ACC Q70J78 NITE Chro_00200 PmId [15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004) comment 63rd(Q70J78) 56%, 1e-100 Streptomyces griseus subsp. griseus_cmmWI Side-chain ketoreductase CmmWI: Ketoreductase mithramycin生合成においてC-3側鎖に影響するketoreduction stepに関連することが証明されたketoreductase_MtmWに似ている。 cmmWI mutantはmithramycin非産生、C-3側鎖のみが異なる新規化合物を蓄積する。それらは抗癌活性を示す。以上からC-3側鎖のC-4'を還元するketoreductaseであると提唱されている。またこれら蓄積化合物はすべてchromomycin A3と同様にglycosylateされているので、C-3側鎖形成は最終stepであると考えられる。
Related Reference	ACC Q194Q1 NITE Mith_00240 PmId [12733914] Mithramycin SK, a novel antitumor drug with improved therapeutic index, mithramycin SA, and demycarosyl-mithramycin SK: three new products generated in the mithramycin producer Streptomyces argillaceus through combinatorial biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2003) [16571899] Novel GC-rich DNA-binding compound produced by a genetically engineered mutant of the mithramycin producer Streptomyces argillaceus exhibits improved transcriptional repressor activity: implications for cancer therapy. (Nucleic Acids Res. , 2006) comment 76th(Q194Q1) 55%, 9e-93 Streptomyces argillaceus_mtmW Putative side chain reductase --- [PMID:12733914](2003) abstract mithramycin生合成の最終ステップにおいて、C-3 pentyl側鎖のketo基はketoreductase MtmWによって二級アルコールへと還元されると提唱された。 mtmW不活化mutantは3つの新規mithramycin類似体を蓄積。これらはmithramycinより短くて構造の異なるC-3側鎖を有することから、MtmWの提唱される役割は間接的に確認された。主要蓄積物mithramycin SKはmithramycinと比べて改善された治療係数を示した。 --- [PMID:16571899](2006) 上記論文と同じmtmW mutantから、抽出条件を変更して新規産物mithramycin SDKを分離。 mithramycin SKに似ているが、C-3側鎖のC-2'にOH基ではなくketo基を含む。 ketoreductase MtmW がないとmithramycin SK and SDKをもたらす短いC-3側鎖の再編成について、formic acid(SK) or formaldehyde(SDK)の除去による経路を提唱している。上記論文で13C取り込み実験が行われ、C-3'がSKの形成の際に切りとられたことが証明されているとの引用記載あり。

Sequence

>putative oxidoreductase [potassium channel beta chain]
MHFRHLGRSGLMVSEISYGNWLTHGSQVEEAAAVACVRAALDEGITTFDTADVYAGTRAE
EVLGRALQGQRREGLEIFTKVYWPTGPGPNDRGLSRKHILESIHGSLRRLKTEYVDLYQA
HRYDTETPLEETMQAFSDVVRQGKAHYIGVSEWTADQLREGVKLSRQMGFQLVSSQPQYS
MLWRVIEAEVVPASQELGVGQVVYSPIAQGVLTGKYRPGQKPPEGSRATDEKGGASFIKR
FLNDDVLTRVQQLTPVAQEAGLSLAQLAVAWVLQNPNVSSAIIGASRPEQVKENVKAAGV
KLSEEAMRHIDTLLGPIVERNPKKTLENSPRKRP

>putative oxidoreductase [potassium channel beta chain]
ATGCACTTCCGCCACCTTGGCCGCAGCGGGTTGATGGTCAGTGAAATTTCTTACGGCAAC
TGGTTGACCCATGGATCCCAGGTCGAAGAGGCTGCGGCGGTTGCCTGTGTGCGGGCCGCG
CTCGACGAAGGCATCACCACCTTCGATACTGCGGACGTCTACGCGGGCACTCGCGCCGAG
GAGGTGCTGGGCCGCGCCCTCCAAGGCCAGCGCCGGGAGGGGTTGGAGATCTTCACCAAG
GTGTACTGGCCCACGGGCCCGGGCCCCAATGATCGCGGCCTGTCGCGCAAGCACATCCTC
GAATCCATTCATGGCTCGCTGCGGCGTCTGAAGACGGAGTACGTGGATCTCTATCAAGCG
CACCGCTATGACACGGAGACGCCACTGGAGGAGACGATGCAGGCTTTCTCCGATGTGGTG
CGTCAGGGCAAGGCGCACTACATCGGGGTGTCCGAGTGGACGGCGGACCAACTGCGCGAG
GGTGTGAAGCTGTCACGTCAGATGGGCTTCCAGCTCGTCTCCAGCCAGCCGCAGTACTCC
ATGCTGTGGCGGGTCATCGAGGCCGAGGTGGTTCCCGCCTCCCAGGAACTGGGCGTGGGG
CAGGTCGTCTATTCCCCCATCGCGCAAGGCGTGCTCACTGGCAAGTACCGCCCGGGGCAG
AAGCCGCCCGAGGGCAGCCGCGCCACGGACGAGAAGGGGGGGGCCAGCTTCATCAAGCGC
TTCCTCAACGACGATGTGCTCACGCGCGTGCAACAGCTCACCCCCGTGGCCCAGGAAGCC
GGGCTGTCCCTGGCCCAGCTCGCCGTGGCTTGGGTGTTGCAGAACCCGAATGTCTCTTCG
GCCATTATCGGAGCCTCGCGGCCTGAGCAGGTGAAGGAAAACGTCAAGGCCGCGGGCGTG
AAGCTGAGTGAGGAGGCGATGCGCCACATCGACACCCTCCTGGGCCCCATCGTCGAGCGC
AACCCGAAGAAGACCCTGGAGAACAGTCCGCGCAAGCGGCCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR023210 NADP-dependent oxidoreductase domain (Domain) PF00248 Aldo_ket_red G3DSA:3.20.20.100 no description SSF51430 NAD(P)-linked oxidoreductase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Stigm_00040 Stigm_00060