Pikro_00170 Pikro_00170   last last

Pikro_00180 : CDS information

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Organism
StrainATCC 15439
Entry namePikromycin
Contig
Start / Stop / Direction53,694 / 56,480 / + [in whole cluster]
1,505 / 4,291 / + [in contig]
Location53694..56480 [in whole cluster]
1505..4291 [in contig]
TypeCDS
Length2,787 bp (928 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
ProductLuxR family transcriptional regulator
Product (GenBank)putative transcriptional activator PikD
Gene
Gene (GenBank)pikD
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[9770448] A gene cluster for macrolide antibiotic biosynthesis in Streptomyces venezuelae: architecture of metabolic diversity. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1998)
[11344155] Characterization and analysis of the PikD regulatory factor in the pikromycin biosynthetic pathway of Streptomyces venezuelae. (J Bacteriol. , 2001)
[18245260] Enhanced heterologous production of desosaminyl macrolides and their hydroxylated derivatives by overexpression of the pikD regulatory gene in Streptomyces venezuelae. (Appl Environ Microbiol. , 2008)
[26608164] Interspecies Complementation of the LuxR Family Pathway-Specific Regulator Involved in Macrolide Biosynthesis. (J Microbiol Biotechnol. , 2016)
comment
[PMID: 9770448](1998)
12員環骨格を持つMethymycin and Neomethymycinと、14員環骨格を持つNarbomycin and Pikromycinの生合成で共有されるclusterの同定。

PikD: Putative regulator

PikDはrapamycin gene clusterにあるORF Hに似たputative regulatory proteinである。しかし、PikD調節のsiteとメカニズムは現在明らかになっていない。

↓後に実験されている。

---
[PMID: 11344155](2001)
cluster報告と同じ著者ら。

pikDは抗生物質産生に必須。pikD deletionによる抗生物質非産生は、plasmidによる相補で回復する。
PikDによって行使される調節のレベルを、pathway中間体の変換と、xylE reporter systemを使ったpromoter probingで見ている。
PikDが媒介する転写調節は、pikRII, pikAI, and desI の発現を調節するpromotersで起こるが、pikRI or pikCを調節するpromotersでは起こらない。

---
[PMID: 18245260](2008)
S.venezuelae ATCC 15439のPKS genes deletion mutantにtylosin PKS genesを導入した株と、さらにpikDの追加コピーを入れた株での産物解析。
pikD追加があるとdesosaminyl tylactone産生が増えるので、PikDはdesosamine生合成gene clusterの発現をupregulateすると示唆される。また、2つのhydroxylate型desosaminyl tylactoneが新たにこの株から検出され、P450 hydroxylaseをコードするpikCの発現がPikDによって増加したためであると考えられた。

RT-PCRによる遺伝子発現解析と、10-deoxymethynolide, narbonolide, and tylactone→対応するdesosaminyl macrolidesへの生物変換実験によっても、PikDがdes and pikC genesのpositive regulatorであることを確かめている。

[PMID: 11344155]との矛盾点はxylE assayでのせいであり、RT-PCRと生物変換実験を使った結果のほうが直接的な証拠であると言っている。

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[PMID: 26608164](2016)
pikDの過剰発現はpikromycin産生を拡大し、pikD deletion mutantはrapHとfkbNで補完することができる。

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selected fasta
>LuxR family transcriptional regulator [putative transcriptional activator PikD]
MNLVERDGEIAHLRAVLDASAAGDGTLLLVSGPAGSGKTELLRSLRRLAAERETPVWSVR
ALPGDRDIPLGVLCQLLRSAEQHGADTSAVRDLLDAASRRAGNLTSPADAPLRVDETHRL
HDWLLSVSRRTPFLVAVDDLTHADTASLRFLLYCAAHHDQGGIGFVMTERASQRAGYRVF
RAELLRQPHCRNMWLSGLPPSGVRQLLAHYYGPEAAERRAPAYHATTGGNPLLLRALTQD
RQASHTTLGAAGGDEPVHGDAFAQAVLDCLHRSAEGTLETARWLAVLEQSDPLLVERLTG
TTAAAVERHIQELAAIGLLDEDGTLGQPAIREAALQDLPAGERTELHRRAAEQLHRDGAD
EDTVARHLLVGGAPDAPWALPLLERGAQQALFDDRLDDAFRILEFAVRSSTDNTQLARLA
PHLVAASWRMNPHMTTRALALFDRLLSGELPPSHPVMALIRCLVWYGRLPEAADALSRLR
PSSDNDALELSLTRMWLAALCPPLLESLPATPEPERGPVPVRLAPRTTALQAQAGVFQRG
PDNASVAQAEQILQGCRLSEETYEALETALLVLVHADRLDRALFWSDALLAEAVERRSLG
WEAVFAATRAMIAIRCGDLPTARERAELALSHAAPESWGLAVGMPLSALLLACTEAGEYE
QAERVLRQPVPDAMFDSRHGMEYMHARGRYWLATGRLHAALGEFMLCGEILGSWNLDQPS
IVPWRTSAAEVYLRLGNRQKARALAEAQLALVRPGRSRTRGLTLRVLAAAVDGQQAERLH
AEAVDMLHDSGDRLEHARALAGMSRHQQAQGDNYRARMTARLAGDMAWACGAYPLAEEIV
PGRGGRRAKAVSTELELPGGPDVGLLSEAERRVAALAARGLTNRQIARRLCVTASTVEQH
LTRVYRKLNVTRRADLPISLAQDKSVTA
selected fasta
>LuxR family transcriptional regulator [putative transcriptional activator PikD]
ATGAATCTGGTGGAACGCGACGGGGAGATAGCCCATCTCAGGGCCGTTCTTGACGCATCC
GCCGCAGGTGACGGGACGCTCTTACTCGTCTCCGGACCGGCCGGCAGCGGGAAGACGGAG
CTGCTGCGGTCGCTCCGCCGGCTGGCCGCCGAGCGGGAGACCCCCGTCTGGTCGGTCCGG
GCGCTGCCGGGTGACCGCGACATCCCCCTGGGCGTCCTCTGCCAGTTACTCCGCAGCGCC
GAACAACACGGTGCCGACACCTCCGCCGTCCGCGACCTGCTGGACGCCGCCTCGCGGCGG
GCCGGAAACCTCACCTCCCCCGCCGACGCGCCGCTCCGCGTCGACGAGACACACCGCCTG
CACGACTGGCTGCTCTCCGTCTCCCGCCGCACCCCGTTCCTCGTCGCCGTCGACGACCTG
ACCCACGCCGACACCGCGTCCCTGAGGTTCCTCCTGTACTGCGCCGCCCACCACGACCAG
GGCGGCATCGGCTTCGTCATGACCGAGCGGGCCTCGCAGCGCGCCGGATACCGGGTGTTC
CGCGCCGAGCTGCTCCGCCAGCCGCACTGCCGCAACATGTGGCTCTCCGGGCTTCCCCCC
AGCGGGGTACGCCAGTTACTCGCCCACTACTACGGCCCCGAGGCCGCCGAGCGGCGGGCC
CCCGCGTACCACGCGACGACCGGCGGGAACCCGCTGCTCCTGCGGGCGCTGACCCAGGAC
CGGCAGGCCTCCCACACCACCCTCGGCGCGGCCGGCGGCGACGAGCCCGTCCACGGCGAC
GCCTTCGCCCAGGCCGTCCTCGACTGCCTGCACCGCAGCGCCGAGGGCACACTGGAGACC
GCCCGCTGGCTCGCGGTCCTCGAACAGTCCGACCCGCTCCTGGTGGAGCGGCTCACGGGA
ACGACCGCCGCCGCCGTCGAGCGCCACATCCAGGAGCTCGCCGCCATCGGCCTCCTGGAC
GAGGACGGCACCCTGGGACAGCCCGCGATCCGCGAGGCCGCCCTCCAGGACCTGCCGGCC
GGCGAGCGCACCGAACTGCACCGGCGCGCCGCGGAGCAGCTGCACCGGGACGGCGCCGAC
GAGGACACCGTGGCCCGCCACCTGCTGGTCGGCGGCGCCCCCGACGCTCCCTGGGCGCTG
CCCCTGCTCGAACGGGGCGCGCAGCAGGCCCTGTTCGACGACCGACTCGACGACGCCTTC
CGGATCCTCGAGTTCGCCGTGCGGTCGAGCACCGACAACACCCAGCTGGCCCGCCTCGCC
CCACACCTGGTCGCGGCCTCCTGGCGGATGAACCCGCACATGACGACCCGGGCCCTCGCA
CTCTTCGACCGGCTCCTGAGCGGTGAACTGCCGCCCAGCCACCCGGTCATGGCCCTGATC
CGCTGCCTCGTCTGGTACGGGCGGCTGCCCGAGGCCGCCGACGCGCTGTCCCGGCTGCGG
CCCAGCTCCGACAACGATGCCTTGGAGCTGTCGCTCACCCGGATGTGGCTCGCGGCGCTG
TGCCCGCCGCTCCTGGAGTCCCTGCCGGCCACGCCGGAGCCGGAGCGGGGTCCCGTCCCC
GTACGGCTCGCGCCGCGGACGACCGCGCTCCAGGCCCAGGCCGGCGTCTTCCAGCGGGGC
CCGGACAACGCCTCGGTCGCGCAGGCCGAACAGATCCTGCAGGGCTGCCGGCTGTCGGAG
GAGACGTACGAGGCCCTGGAGACGGCCCTCTTGGTCCTCGTCCACGCCGACCGGCTCGAC
CGGGCGCTGTTCTGGTCGGACGCCCTGCTCGCCGAGGCCGTGGAGCGGCGGTCGCTCGGC
TGGGAGGCGGTCTTCGCCGCGACCCGGGCGATGATCGCGATCCGCTGCGGCGACCTCCCG
ACGGCGCGGGAGCGGGCCGAGCTGGCGCTCTCCCACGCGGCGCCGGAGAGCTGGGGCCTC
GCCGTGGGCATGCCCCTCTCCGCGCTGCTGCTCGCCTGCACGGAGGCCGGCGAGTACGAA
CAGGCGGAGCGGGTCCTGCGGCAGCCGGTGCCGGACGCGATGTTCGACTCGCGGCACGGC
ATGGAGTACATGCACGCCCGGGGCCGCTACTGGCTGGCGACGGGCCGGCTGCACGCGGCG
CTGGGCGAGTTCATGCTCTGCGGGGAGATCCTGGGCAGCTGGAACCTCGACCAGCCCTCG
ATCGTGCCCTGGCGGACCTCCGCCGCCGAGGTGTACCTGCGGCTCGGCAACCGCCAGAAG
GCCAGGGCGCTGGCCGAGGCCCAGCTCGCCCTGGTGCGGCCCGGGCGCTCCCGCACCCGG
GGTCTCACCCTGCGGGTCCTGGCGGCGGCGGTGGACGGCCAGCAGGCGGAGCGGCTGCAC
GCCGAGGCGGTCGACATGCTGCACGACAGCGGCGACCGGCTCGAACACGCCCGCGCGCTC
GCCGGGATGAGCCGCCACCAGCAGGCCCAGGGGGACAACTACCGGGCGAGGATGACGGCG
CGGCTCGCCGGCGACATGGCGTGGGCCTGCGGCGCGTACCCGCTGGCCGAGGAGATCGTG
CCGGGCCGCGGCGGCCGCCGGGCGAAGGCGGTGAGCACGGAGCTGGAACTGCCGGGCGGC
CCGGACGTCGGCCTGCTCTCGGAGGCCGAACGCCGGGTGGCGGCCCTGGCAGCCCGAGGA
TTGACGAACCGCCAGATAGCGCGCCGGCTCTGCGTCACCGCGAGCACGGTCGAACAGCAC
CTGACGCGCGTCTACCGCAAACTGAACGTGACCCGCCGAGCAGACCTCCCGATCAGCCTC
GCCCAGGACAAGTCCGTCACGGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)
[880-907] PS00622
PS00622   HTH_LUXR_1
[866-880] 7.00000734129903e-09 PR00038 [880-896] 7.00000734129903e-09 PR00038 [896-908] 7.00000734129903e-09 PR00038
PR00038   HTHLUXR
[866-916] 5.20000000000001e-13 PF00196
PF00196   GerE
[859-924] PS50043
PS50043   HTH_LUXR_2
[863-920] 1.29999924468179e-22 SM00421
SM00421   HTH_LUXR
IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain)
[24-162] 1.79999951654677e-05 SM00382
SM00382   AAA
IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain)
[523-875] 1.3e-11 G3DSA:1.25.40.10
G3DSA:1.25.40.10   TPR-like_helical
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[876-916] 3.3e-18 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[844-926] 2.49999811956465e-15 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Pikro_00170 Pikro_00170   last last
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