Fred_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces griseus
Strain	ATCC 49344
Entry name	Fredericamycin
Contig	AF525490
Start / Stop / Direction	11,020 / 11,487 / + [in whole cluster] 11,020 / 11,487 / + [in contig]
Location	11020..11487 [in whole cluster] 11020..11487 [in contig]
Type	CDS
Length	468 bp (155 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)	putative polyketide cyclase
Gene	fdmI
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	1st and 2nd ring unreduced polyketide
Note
Note (GenBank)	FdmI
Reference	ACC Q2MGC8 PmId [16305230] Cloning, sequencing, analysis, and heterologous expression of the fredericamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseus. (J Am Chem Soc. , 2005) comment Fredericamycin(FDM) gene clusterの同定論文。 fdmI: polyketide cyclase fdmC-fdmT3のfragmentをS.albusへ導入し、FDM-A産生に十分であることを確認している。 dalta-fdmEFGHIJK mutantでFDM-A産生は完全になくなる。相補で回復。 bifunctional protein TcmNのN末へ高い配列類似があることから、C-11での新生直線polyketide中間体の最初の折りたたみと、引き続くFDM-Aの芳香環A-D形成を担うかもしれない。 minimal type II PKS + cyclasesの6genesの並びがtetracenomycin genesと一致している。
Related Reference	ACC P16559 PmId [1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992) [8692863] Deciphering the mechanism for the assembly of aromatic polyketides by a bacterial polyketide synthase. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1996) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [18388203] Crystal structure and functional analysis of tetracenomycin ARO/CYC: implications for cyclization specificity of aromatic polyketides. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2008) comment Blast 4th, 62%, 2e-48, N-term部分hit[1-145/494aa] Streptomyces glaucescens_tcmN Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN -- [PMID: 1548230](1992) S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。 Tcm C のC-3およびC-8 O-methylationをブロックするmutantでは、tcmNおよびtcmOが欠損。 DNAシークエンス解析やrecombinantタンパク(MBPとのfusionタンパク)の発現解析、相補試験などを行っている。 PKS genesとtcmN-N末domain(1-177)をplasmidに組み込み、産物解析をしている。この結果をふまえ、tcmNのN末domainは1つ以上の早期環化と、部分的に環化された中間体(Tcm F2)を導く付随したdehydrationsをおそらく担うと提唱。 -- [PMID: 8692863](1996) minimal PKS TcmJKLMによって形成されるdecaketideは、TcmNがないと自発的環化によってSEK15などの異常産物を形成。 TcmNを添加するとtetracenomycin Cの正常前駆体であるTcm F2産生を回復、拡大。形成されたTcm F2はきつくPKSに結合されている。 -- [PMID: 9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 -- [PMID: 18388203](2008) Tcm ARO/CYCの結晶構造解析。 Docking, mutagenesis, in vivo assay実施。 2つのpocket残基R69 and Y35が1st- and 2nd-ring cyclization特異性に必須であることがわかった。最初の2環の位置特異的なcyclizationsと、続くaromatizationsは内部pocketで起こることが強く示唆されている。

Sequence

>putative cyclase/dehydratase [putative polyketide cyclase]
MAASTDNSVVVDAPMELLWDMTNDIESWPGLFSEYAKAEILGRDGATVTFRLTLHPDESG
AVWDWVSERTPDPATRTVRARRIETGPFVHMNILWTYASTDAGVEMRWRQEFEVKPGLPF
GDAEMTERLNTNTRREMARIKELVEKAAAERRAAR

>putative cyclase/dehydratase [putative polyketide cyclase]
ATGGCCGCCTCGACCGACAACTCCGTGGTCGTCGACGCCCCCATGGAGCTGCTCTGGGAC
ATGACCAACGACATCGAGTCCTGGCCCGGCCTGTTCTCCGAGTACGCCAAGGCGGAGATC
CTCGGCCGCGACGGCGCGACCGTCACCTTCCGTCTCACCCTCCACCCCGACGAGTCCGGC
GCCGTCTGGGACTGGGTTTCCGAGCGCACCCCCGACCCGGCCACCCGCACGGTCCGCGCC
CGGCGCATCGAGACGGGCCCGTTCGTCCACATGAACATCCTCTGGACCTACGCCAGCACC
GACGCGGGGGTGGAGATGCGCTGGCGCCAGGAGTTCGAGGTCAAGCCGGGTCTGCCGTTC
GGTGACGCCGAGATGACCGAGCGCCTCAACACCAACACACGGCGGGAGATGGCCCGCATC
AAGGAGCTGGTGGAGAAGGCGGCAGCCGAGCGGCGGGCGGCGCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family) PF10604 Polyketide_cyc2 IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

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