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Gilvo_00100 : CDS information

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Organism
StrainGö 3592
Entry nameGilvocarcin
Contig
Start / Stop / Direction13,423 / 12,350 / - [in whole cluster]
13,423 / 12,350 / - [in contig]
Locationcomplement(12350..13423) [in whole cluster]
complement(12350..13423) [in contig]
TypeCDS
Length1,074 bp (357 aa)
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Category3.2 modification methylation
ProductSAM-dependent O-methyltransferase
Product (GenBank)putative O-methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)gilMT
EC number2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • GilMT
Reference
ACC
PmId
[12822997] The complete gene cluster of the antitumor agent gilvocarcin V and its implication for the biosynthesis of the gilvocarcins. (J Am Chem Soc. , 2003)
[22800463] Roles of the synergistic reductive O-methyltransferase GilM and of O-methyltransferase GilMT in the gilvocarcin biosynthetic pathway. (J Am Chem Soc. , 2012)
comment
[PMID: 12822997](2003)
gilvocarcin(gil) gene cluster同定のためにクローニングされたcos-G9B3をS.lividans TK24に導入すると、wildレベルのgilvocarcins V and M産生あり。よってgilvocarcin生合成のための完全なclusterが含まれている。

cos-G9B3をサブクローニングしてシークエンス。32.9kbpに26ORFsあり。
supporting info. Table 1
GilMT(357aa): O-methyltransferase

配列解析のみ
2か所のO-methylationを担う酵素として割り当てられている。

--
[PMID: 22800463](2012)
GilMT and GilMの調査。
recombinant enzymesを使った合成中間体とのin vitro実験。

モデル基質として2-aryl-5-hydroxy-1,4-naphthoquinoneを使用。
E.coliで発現、精製されたGilMTは、SAM存在下でこの基質のphenyl環のOH基がメチル化された化合物5を蓄積することを確認している。SAMがないとこの反応は起こらない。

もうひとつのC-12 O-methylationは、GilMによって触媒される。
Related Reference
ACC
P16559
PmId
[1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992)
comment
Blast 63rd, id34%, 3e-38, C末部分hit[178-480/494]
Streptomyces glaucescens_tcmN
Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN

S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。

Tcm CのC-3 OH基のメチル化に影響のあるtcmII, IV mutantでは、tcmII, IV領域に不全がある。
この領域からORF(tcmN)を同定。
tcmNを含むfragmentでこれらmutantsは相補される。

tcmNのN末側は117codonsまで削除されてもレベルは低下するものの相補が可能。
逆にC末側の削除は21codonsでも両mutantsの相補が激減する。
（と、本文にあるが、結果を示すTABLE 2からはそれを読み取れない。）

以上から、
・tcmNの翻訳が1つ以上の内部positionで開始できること、
・vivoではposition 118がstart siteとして使用されること、
・C末側は3-O-methyltransferaseをコードすること、
・N末側は3-O-methyltransferase不全の相補に関連しないこと、
が示唆されている。

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selected fasta
>SAM-dependent O-methyltransferase [putative O-methyltransferase]
MTITASGSLPPSAPVAVQILDLLMGGWRAGVVSTFAELGVADGLAAGGLTPAQLAVRLGL
EHDTAERFFRAGASVGLLRRGEHDTLELTELGRALASDDGSMRNFARWTGSTAERATWAH
LATAVRTGRSPFAAMHGSGVWEFMESDPDTAAVFNSAMTELSKRVIQPVIEAFDFSRFSS
VTDVGGGRGALLAAVLRKHPEMTGVLFDQPDVVSRSLPELSDAAVAHRVTVKSGSFFDGV
PSGSDLFMISNVLHDWDDGRSRLILRNIAEAMHEGAHIAVVEAVAGLDDTADKAISLMDM
DMLLLCEGKQRTVEEFRLLMAEVGIELVGVSRAGLQSVVEGRKVSGETGTPGSPRSR
selected fasta
>SAM-dependent O-methyltransferase [putative O-methyltransferase]
ATGACCATTACTGCATCGGGATCGCTGCCCCCGTCGGCACCCGTCGCTGTGCAGATCCTC
GACCTCCTGATGGGAGGCTGGCGCGCCGGTGTCGTCAGCACGTTCGCGGAACTGGGCGTG
GCCGACGGCCTGGCCGCCGGCGGGCTGACGCCCGCACAACTGGCGGTCCGGCTGGGGTTG
GAGCACGACACCGCGGAGCGCTTCTTCCGCGCCGGCGCCTCCGTGGGGCTGCTGCGGAGG
GGCGAGCACGACACGCTGGAGCTGACGGAGCTGGGCCGGGCCCTGGCCTCCGACGACGGC
TCCATGCGCAACTTCGCGCGGTGGACGGGGTCGACGGCCGAACGCGCGACCTGGGCCCAC
CTGGCCACCGCGGTGCGCACCGGCCGCTCTCCCTTCGCCGCGATGCACGGTTCGGGCGTG
TGGGAGTTCATGGAGTCGGATCCCGACACCGCGGCCGTCTTCAACTCGGCCATGACCGAA
CTGTCCAAGCGCGTCATCCAGCCCGTGATCGAGGCGTTCGACTTCTCCCGGTTCAGCAGT
GTCACCGACGTGGGCGGGGGGAGGGGGGCGCTGCTGGCCGCCGTGCTCCGCAAGCACCCC
GAGATGACCGGCGTCCTCTTCGACCAGCCGGACGTCGTGTCGCGGTCCCTGCCGGAGCTG
TCGGACGCGGCGGTGGCCCACCGCGTCACGGTGAAGTCCGGCTCCTTCTTCGACGGCGTT
CCGTCGGGCAGCGACCTGTTCATGATCTCCAACGTGCTGCACGACTGGGACGACGGCCGT
TCCCGTCTCATCCTCAGGAACATCGCGGAGGCCATGCACGAGGGGGCGCACATCGCCGTC
GTGGAGGCTGTGGCGGGCCTGGACGACACGGCGGACAAGGCGATCTCCCTCATGGACATG
GACATGCTCCTCCTGTGCGAAGGCAAACAGCGCACCGTGGAGGAGTTCCGGCTCCTGATG
GCCGAGGTCGGGATCGAGCTGGTCGGGGTCAGCCGCGCCGGACTCCAGTCCGTCGTCGAA
GGAAGGAAGGTCTCGGGGGAGACCGGTACACCGGGCTCTCCCCGCAGCCGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[85-320] 2.59999999999998e-58 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[16-91] 4.5e-14 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[3-343] 3.00000067992871e-14 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP
[1-29] 0.175 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Gilvo_00090 Gilvo_00090   Gilvo_00110 Gilvo_00110
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