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Gilvo_00250 : CDS information

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Organism
StrainGö 3592
Entry nameGilvocarcin
Contig
Start / Stop / Direction28,500 / 29,519 / + [in whole cluster]
28,500 / 29,519 / + [in contig]
Location28500..29519 [in whole cluster]
28500..29519 [in contig]
TypeCDS
Length1,020 bp (339 aa)
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Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase acyltransferase subunit
Product (GenBank)putative acyl transferase
Gene
Gene (GenBank)gilQ
EC number
Keyword
  • type II PKS
  • propionyl-CoA
Note
Note (GenBank)
  • GilQ
Reference
ACC
PmId
[12822997] The complete gene cluster of the antitumor agent gilvocarcin V and its implication for the biosynthesis of the gilvocarcins. (J Am Chem Soc. , 2003)
[20617244] Delineating the earliest steps of gilvocarcin biosynthesis: role of GilP and GilQ in starter unit specificity. (Org Biomol Chem. , 2010)
comment
[PMID: 12822997](2003)
gilvocarcin(gil) gene cluster同定のためにクローニングされたcos-G9B3をS.lividans TK24に導入すると、wildレベルのgilvocarcins V and M産生あり。よってgilvocarcin生合成のための完全なclusterが含まれている。

cos-G9B3をサブクローニングしてシークエンス。32.9kbpに26ORFsあり。
supporting info. Table 1
GilQ(343aa): Acyltransfearse
配列解析のみ。

GilQは、DXRやenterocinのようなacetate以外をstarter unitとする芳香族polyketides産生株に見られるAT proteinに似ているので、starter unitの選択で役割を果たすかもしれない。
(gilvocarcin V産生のためのpropionate vs. gilvocarcin M産生のためのacetate)

--
[PMID: 20617244](2010)
GilP, GilQについて検討。
GilQは、gilvocarcin V(GV)のtype II PKS starter unitであるpropionyl-CoAを特異的に取り込むacyltransferaseであることが実験で確認されている。
このacyltransferaseはgilvocarcins生合成経路における律速酵素である。

>in vivo実験
GilP不活化mutantの産物蓄積はwildと変わりない。
GilQ不活化mutantでは、GV産生低下、GM産生増加。
GilQ過剰産生株はGV産生増加、GM産生低下。
GVのstarterはpropionate、GMのstarterはacetateであることから、GilQはpropionate starter unitの選択に関与。
また、GilQ過剰産生株ではgilvocarcinsの全体的な産生増加がみられることから、律速酵素であると考えられる。

>in vitro実験
E.coliでGilP, GilQ, RavC(ACPであるGilCがうまく得られなかったので代替), Svp(RavCをapo→holoにするPPTase)を発現、精製。
14C-acyl-CoAsとの特異的活性を測定。
GilPは、malonyl-CoA > methylmalonyl-CoA > propionyl-CoA > acetyl-CoA
GilQは、propionyl-CoA > malonyl-CoA > acetyl-CoA = methylmalonyl-CoA

>配列解析から予測されたactive siteの検討
GilP(S90A)は14C-malonyl-CoA、GilQ(S111A)は14C-propionyl-CoAをロードできない。
RavC(S39A)も14C-malonyl-CoAのロードが抑制された。

非acetateをstarterとする他のtype II PKS pathwayと異なり、gilvocarcin clusterはKAS III homologを持たず、acetate primed polyketideも自然に産生される。GilQはtype II PKS pathwayにおけるstarter unit特異性において機能することを示した初めてで唯一の特徴づけされたMCAT-like acyltransferaseであり、RavQやChryQとユニークなカテゴリーを構成するかもしれない。

close this sectionPKS/NRPS Module

AT23..331

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selected fasta
>polyketide synthase acyltransferase subunit [putative acyl transferase]
MPHQATGAAPDGGGSAPRSLVLMLPGQGSQFAAMGVPLYESDARFRKALDDFFDAFGTGA
ERLRREWLHGSAQGIERGSFAQPMLFGLDYAAGAVWLEELKGVDVTLVGHSVGELAAATL
AGAFDLELAGALLAERARLLDAAPRGGMIACRATEESLREHLDALGGRAVIAAENADNQC
VVSCAEEDLPDTMRYLGSHGVTCLRVASTEPFHSPLLAPAAARFEEFLARRGHRLSTTEL
PMVSAYSARRISGREIMPASFWTRQMAEKVRFWEALRHNFDSGPRTFVEIGPGTVLSLAA
RRLPSVRARRSTVISTMPRHRPHPEHWESAIHEVAEEFC
selected fasta
>polyketide synthase acyltransferase subunit [putative acyl transferase]
GTGCCGCATCAGGCAACCGGCGCCGCTCCCGACGGAGGGGGGTCCGCGCCCCGGTCCCTC
GTGCTGATGCTCCCCGGCCAGGGGTCGCAGTTCGCTGCCATGGGAGTCCCGCTCTACGAG
TCCGACGCCCGGTTCAGGAAGGCGCTCGACGACTTCTTCGACGCGTTCGGCACCGGTGCC
GAGCGGCTCCGGCGCGAGTGGCTGCACGGTTCGGCCCAGGGCATCGAACGTGGGTCCTTC
GCGCAGCCGATGCTGTTCGGCCTCGACTACGCGGCGGGCGCGGTGTGGCTGGAGGAGCTC
AAGGGTGTCGACGTGACGCTGGTCGGTCACAGCGTGGGCGAGCTGGCGGCGGCCACCCTC
GCGGGGGCCTTCGACCTCGAGCTGGCGGGGGCACTCCTGGCCGAGCGGGCCCGGCTCCTC
GACGCCGCCCCCCGGGGAGGGATGATCGCGTGCCGCGCGACGGAGGAGTCGCTGCGGGAG
CATCTCGACGCCCTGGGCGGACGCGCCGTCATCGCGGCGGAGAACGCGGACAACCAGTGC
GTCGTGAGCTGTGCCGAGGAAGACCTCCCGGACACGATGCGGTACCTCGGCTCGCACGGT
GTGACGTGCCTGCGCGTCGCCTCGACCGAACCGTTCCACTCCCCCCTCCTCGCCCCCGCC
GCCGCCCGGTTCGAGGAGTTCCTGGCCCGGCGCGGTCATCGTCTGTCCACGACGGAACTG
CCCATGGTCTCGGCCTACTCGGCGCGGAGGATCAGCGGCCGGGAGATCATGCCCGCCTCG
TTCTGGACGCGTCAGATGGCTGAGAAGGTGCGTTTCTGGGAGGCGCTCCGCCACAACTTC
GACTCCGGTCCCCGCACGTTCGTGGAAATCGGCCCAGGGACCGTCCTCTCCCTGGCCGCA
CGTCGGCTGCCGTCCGTACGGGCCCGGCGTTCCACGGTGATCTCCACGATGCCGCGTCAT
CGGCCCCACCCGGAGCACTGGGAATCGGCCATACATGAGGTCGCCGAGGAATTCTGTTGA
AT23..331
AT67..993

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[17-143] 2.19999999999997e-46 G3DSA:3.40.366.10 [210-326] 2.19999999999997e-46 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[23-331] 8.39999999999997e-37 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[19-324] 3.1999989904635e-43 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[144-209] 1.10000029896148e-08 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP
[1-32] 0.326 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Gilvo_00240 Gilvo_00240   Gilvo_00260 Gilvo_00260
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