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Enter_00120 : CDS information

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Organism
Strain
Entry nameEnterocin
Contig
Start / Stop / Direction11,655 / 12,677 / + [in whole cluster]
11,655 / 12,677 / + [in contig]
Location11655..12677 [in whole cluster]
11655..12677 [in contig]
TypeCDS
Length1,023 bp (340 aa)
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Category1.4 Other
Productacyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)putative acyl transferase EncL
Gene
Gene (GenBank)encL
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
  • non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[11137817] Cloning, sequencing and analysis of the enterocin biosynthesis gene cluster from the marine isolate 'Streptomyces maritimus': evidence for the derailment of an aromatic polyketide synthase. (Chem Biol. , 2000)
[21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011)
comment
[PMID: 11137817](2000)
enterocin と wailupemycinsの生合成をコードするgene clusterの同定。

EncL: AT

配列解析。encLはputative ACPのすぐ下流に位置している。
EncLはpolyketide and fatty acid synthasesのAT protein or domainに似ており、たぶんACPへのbenzoyl-CoAの移動を触媒する。

---
[PMID:21531566](2011)
encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。
encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。

8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。
EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。
EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。

acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。
acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。
benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。

これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。
Related Reference
ACC
Q9F6D9
NITE
R1128_00030
PmId
[15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004)
comment
Blast 13th, id45%, 9e-55
Streptomyces sp. R1128_zhuC
Acyl transferase

tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。
tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。
ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。
ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。
ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。

よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。

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selected fasta
>acyl-ACP thioesterase [putative acyl transferase EncL]
MDAPTPHPCRPRPRVVLTFPGQGAQHARMAAGLYGVSKSFTSTMDHAFDAFGPAGRTLRE
GWLAATPPAAFDDISYAQPLLYAVNCAMGAMVTEAGLRPDVLLGHSVGELAAATLAGVFS
FDCGLRYLSEYIGVYRHAPRGGMLAVAASPREVEAHLVPGVVIGAVNAPRQVLLSAPEEA
LADVEAALRGAGITCSRARALQPFHHPVMRDVVTTYAGLLTRPPLHPPHTTLYSAYTGQE
LANELATDWQFWTGQPAEPVLFGPTLEHLLSSGPHLLVEAGPGQSLTALARRTPAVARGD
AKALALLPARAGEPDADIEAVRAALKQLATCGCDPLSPDF
selected fasta
>acyl-ACP thioesterase [putative acyl transferase EncL]
ATGGATGCCCCCACCCCACACCCCTGTCGGCCGCGCCCCAGAGTCGTTCTCACCTTCCCC
GGCCAAGGGGCACAGCACGCCCGCATGGCCGCCGGCCTCTACGGCGTCTCCAAGTCCTTC
ACCTCCACGATGGACCACGCCTTCGACGCCTTCGGACCGGCGGGACGCACACTGCGCGAA
GGATGGCTCGCGGCCACACCACCCGCGGCCTTCGACGACATCTCCTATGCCCAGCCCCTG
CTGTACGCGGTCAACTGCGCGATGGGCGCCATGGTCACCGAGGCCGGTCTGCGCCCCGAC
GTCCTGCTGGGCCACAGTGTGGGGGAACTGGCCGCCGCCACCCTGGCCGGCGTGTTCTCC
TTCGACTGCGGCCTGCGCTACCTGTCCGAATACATCGGCGTCTACCGGCACGCCCCGCGC
GGCGGCATGCTTGCCGTGGCCGCCAGCCCCAGGGAGGTCGAAGCCCACCTGGTGCCGGGC
GTGGTCATCGGCGCCGTCAACGCACCGCGCCAGGTTCTGCTCTCCGCCCCGGAAGAGGCC
CTGGCCGACGTGGAAGCCGCCCTCCGTGGTGCCGGTATCACCTGTTCCCGCGCCCGCGCC
CTGCAGCCCTTCCACCACCCGGTGATGCGCGACGTCGTCACGACCTACGCGGGCTTGCTC
ACCCGTCCGCCCCTCCACCCGCCTCACACCACCCTCTACTCCGCCTACACCGGGCAGGAA
CTTGCCAACGAGCTCGCCACCGACTGGCAGTTCTGGACCGGTCAGCCCGCCGAGCCGGTC
CTGTTCGGCCCCACCCTGGAGCATCTGCTGAGCAGTGGCCCTCACCTCTTGGTCGAGGCA
GGCCCTGGACAGAGCCTGACCGCCCTGGCACGGCGCACGCCCGCGGTTGCCCGCGGTGAC
GCGAAGGCCCTCGCCCTGCTGCCGGCCCGCGCGGGCGAGCCGGACGCCGATATCGAAGCC
GTACGGGCCGCCCTGAAGCAACTCGCCACCTGCGGATGCGACCCGCTGTCTCCGGACTTC
TGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[11-138] 6.80000000000006e-44 G3DSA:3.40.366.10 [202-296] 6.80000000000006e-44 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[18-327] 6.19999999999994e-38 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[14-294] 1.40000506907309e-42 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[139-193] 3.70000251046782e-09 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP
[1-27] 0.456 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-27] 0.46 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
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