Bena_00120 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	A2991200
Entry name	Benastatin
Contig	AM501485
Start / Stop / Direction	9,698 / 10,537 / + [in whole cluster] 9,698 / 10,537 / + [in contig]
Location	9698..10537 [in whole cluster] 9698..10537 [in contig]
Type	CDS
Length	840 bp (279 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase/hypothetical protein
Product (GenBank)	BenH protein
Gene
Gene (GenBank)	benH
EC number
Keyword	1st and 2nd ring unreduced polyketide
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC B1GSN4 PmId [17439117] Molecular analysis of the benastatin biosynthetic pathway and genetic engineering of altered fatty acid-polyketide hybrids. (J Am Chem Soc. , 2007) comment Benastatin A and B生合成をコードする全遺伝子座のクローニング、シークエンス。 flanking regionsの削除とS. albus, S. lividansでの異種性発現によってclusterが同定されている。 BenH: bifunctional cyclase-monooxygeanse 配列解析のみ。 cyclase domain(pfam03364)とmonooxygenase domain(pfam03992)から成る。似た構造がRubF, GrhT, TcmNで報告されており、これらのN末には同じtypeのpolyletide cyclase domainがある。C末は不定。保存されたN末cyclase/dehydrase domainは新生直線polyketide中間体の最初の折りたたみと、続くC9 and C14間の環化を担うかもしれない。
Related Reference	ACC P16559 PmId [1548230] Nucleotide sequence of the tcmII-tcmIV region of the tetracenomycin C biosynthetic gene cluster of Streptomyces glaucescens and evidence that the tcmN gene encodes a multifunctional cyclase-dehydratase-O-methyl transferase. (J Bacteriol. , 1992) [8692863] Deciphering the mechanism for the assembly of aromatic polyketides by a bacterial polyketide synthase. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1996) [9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997) [18388203] Crystal structure and functional analysis of tetracenomycin ARO/CYC: implications for cyclization specificity of aromatic polyketides. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2008) comment <For N-terminal> -- 14th(P16559) 53%, 8e-40, N末同士の部分hit Streptomyces glaucescens_tcmN Multifunctional cyclase-dehydratase-3-O-methyl transferase tcmN -- [PMID: 1548230](1992) S.glaucescens由来の抗生剤tetracenomycin C (Tcm C)合成に関わる遺伝子の一つ、tcmNに関する実験論文。 Tcm C のC-3およびC-8 O-methylationをブロックするmutantでは、tcmNおよびtcmOが欠損。 DNAシークエンス解析やrecombinantタンパク(MBPとのfusionタンパク)の発現解析、相補試験などを行っている。 PKS genesとtcmN-N末domain(1-177)をplasmidに組み込み、産物解析をしている。この結果をふまえ、tcmNのN末domainは1つ以上の早期環化と、部分的に環化された中間体(Tcm F2)を導く付随したdehydrationsをおそらく担うと提唱。 -- [PMID: 8692863](1996) minimal PKS TcmJKLMによって形成されるdecaketideは、TcmNがないと自発的環化によってSEK15などの異常産物を形成。 TcmNを添加するとtetracenomycin Cの正常前駆体であるTcm F2産生を回復、拡大。形成されたTcm F2はきつくPKSに結合されている。 -- [PMID: 9195917](1997) TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。 monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。 didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。 -- [PMID: 18388203](2008) Tcm ARO/CYCの結晶構造解析。 Docking, mutagenesis, in vivo assay実施。 2つのpocket残基R69 and Y35が1st- and 2nd-ring cyclization特異性に必須であることがわかった。最初の2環の位置特異的なcyclizationsと、続くaromatizationsは内部pocketで起こることが強く示唆されている。

Sequence

>putative cyclase/hypothetical protein [BenH protein]
MAGRTDNSVVIDAPVQLVWDMTNDVSQWAVLFEEYAESEVLAVDGDTVRFRLTTQPDEDG
KQWSWVSERTRDLENRTVTARRLDNGLFEYMNIRWEYTEGPDGVRMRWIQEFSMKPSAPV
DDSGAEDHLNRQTVKEMARIKKLIEEAAARAGVDGGIPAEGKDSVRDATGNGDPGPVFRV
LLRAEIADGKEKEFEDAWREIGQVITGQPANLGQWLMRSHDEPGVYYIISDWTDEERFRA
FERSEEHVGHRSTLQPFRTKGSMVTTDVVAAMTKAGQTW

>putative cyclase/hypothetical protein [BenH protein]
ATGGCCGGCCGTACCGACAACTCCGTTGTCATCGACGCCCCCGTGCAACTGGTCTGGGAC
ATGACCAACGACGTTTCCCAGTGGGCTGTCCTGTTCGAGGAGTACGCCGAGTCGGAGGTG
CTCGCCGTCGATGGCGACACGGTCCGGTTCCGGCTCACGACCCAGCCGGACGAGGACGGG
AAGCAGTGGAGCTGGGTCTCCGAGCGGACTCGCGACCTCGAGAACCGTACAGTCACCGCA
CGCCGGCTCGACAACGGCTTGTTCGAGTACATGAACATCCGCTGGGAGTACACCGAGGGC
CCGGACGGCGTCCGTATGCGCTGGATCCAGGAGTTCTCCATGAAACCGTCCGCGCCCGTG
GACGACTCCGGCGCCGAAGATCATCTGAACCGGCAGACGGTCAAGGAAATGGCGCGCATC
AAGAAGCTGATCGAAGAGGCCGCCGCCCGGGCCGGCGTCGACGGCGGGATTCCGGCGGAG
GGGAAGGACAGCGTGAGGGACGCGACGGGGAACGGCGACCCCGGGCCGGTGTTCAGGGTG
CTGCTGCGAGCCGAGATCGCCGATGGCAAGGAGAAGGAGTTCGAGGACGCATGGCGGGAG
ATCGGTCAGGTCATCACCGGCCAGCCCGCCAACCTCGGCCAATGGCTCATGCGCAGCCAC
GATGAGCCCGGCGTCTACTACATCATCAGCGACTGGACCGACGAAGAGCGCTTCCGCGCG
TTCGAGCGCAGCGAGGAGCACGTCGGACACCGGAGCACGCTGCAGCCGTTCCGGACGAAG
GGCTCCATGGTGACCACTGACGTCGTGGCGGCGATGACGAAGGCAGGGCAGACGTGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005031 Streptomyces cyclase/dehydrase (Family) PF03364 Polyketide_cyc IPR007138 Antibiotic biosynthesis monooxygenase (Domain) PF03992 ABM IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain) SSF54909 Dimer_A_B_barrel IPR023393 START-like domain (Domain) G3DSA:3.30.530.20 G3DSA:3.30.530.20
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Bena_00110 Bena_00130