Cosmo_00060 Cosmo_00060   Cosmo_00080 Cosmo_00080

Cosmo_00070 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainDAUFPE 5622
Entry nameCosmomycin
Contig
Start / Stop / Direction4,710 / 5,978 / + [in whole cluster]
4,710 / 5,978 / + [in contig]
Location4710..5978 [in whole cluster]
4710..5978 [in contig]
TypeCDS
Length1,269 bp (422 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
Product (GenBank)CosB
Gene
Gene (GenBank)cosB
EC number
Keyword
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
  • ketosynthase - alpha subunit
Reference
ACC
PmId
[16810496] Insights in the glycosylation steps during biosynthesis of the antitumor anthracycline cosmomycin: characterization of two glycosyltransferase genes. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2006)
comment
cosmomycinsを含むanthracycline複合体retamycinの産生株Streptomyces olindensisの染色体14kb領域から、cosmomycin生合成に関連した13genesを同定。

cosB: Ketosynthase alpha

minimal PKSは20C anthracycline骨格形成を担うと考えられる。
ふつうはKS-CLFの下流にACPがあるが、シークエンスされた領域にACPなし。
類似した状況として、S. peucetiusにおけるdaunorubicin生合成clusterが挙げられている。このclusterではKS-CLFと離れてACPがある。

cosB不活化mutantで、cosmomycinやその中間体は非産生。
よってcosBはcosmomycin生合成に関連する。
Related Reference
ACC
Q9L551
NITE
Acla_00070
PmId
[12137949] Cloning and characterization of Streptomyces galilaeus aclacinomycins polyketide synthase (PKS) cluster. (Gene. , 2002)
comment
Blast 4th, id73%, 1e-176
Streptomyces galilaeus_aknB
AknB
[DoBISCUIT]polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit

aclacinomycin PKSを含んだ13.5kb領域のクローニング、シークエンス報告論文。

AknB: ketosynthase I (KS-alpha)
active siteを保存している。

plasmid pSgsPCR6(aknBCDE2F)は、S.galilaeusのminimal PKS不全mutant H071を相補し、anthracyclinone産生を回復。
S.lividans TK24 and A.coelicolor CH999において、pMC10aM導入でauramycinone産生。
pMC10aMのminimal PKS genes(snoa123)をaclacinomycin clusterのminimal PKS genes(aknBCDE2F)で置換して導入するとaklavinone産生。

aknB単独での機能確認はされていない。
ACC
Q55223
NITE
Dauno_00160
PmId
[9098068] Minimal Streptomyces sp. strain C5 daunorubicin polyketide biosynthesis genes required for aklanonic acid biosynthesis. (J Bacteriol. , 1997)
comment
Blast 20th, id72%, 1e-166
Streptomyces sp.(Strain C5)_dauA
Polyketide synthase

cos cluster論文で挙げられているように、ACPがKS-CLFから離れて存在する。

daunorubicin (DNR), doxorubicin (DXR)の前駆体であるaklanonic acidを異種性ホストで産生するために必要な最小遺伝子は、dpsG (ACP), dauI (regulatory activator), dpsA (KS alpha), dpsB (KS beta), dpsF (aromatase), dpsE (polyketide reductase), and dauG (putative deoxyaklanonic acid oxygenase)であるということを実証している。

dpsA(KS alpha)がこのentryに相当。

close this sectionPKS/NRPS Module

KS3..374

close this sectionSequence

selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [CosB]
MTRRVVITGIGVVAPGGIGTKQFWETVTGGRTATRTISLFDPAPFRSRIAAECDFDAAEQ
GLSPEDAERLDRAAQFALVALREAVTDSGLEPDPDTAHRTGVSLGSAVGCTQKLEEEYVA
LSGGGQEWLVDHTAAGAHLYDHFVPSSMAAELAWEAGAEGPCTVVSAGCTSGLDSVGHAA
ALIREGTADVMIAGATDAPISPITVACFDAIRATSPRNDDPATALRPFDRTRNGFVLGEG
AAVLVLEELTAARRRGAHVYAEIAGYASRGNAYHMTGLRTDGRELAAAVDAALDEARLAP
EALGYVNAHGTATKQNDVHETAALKRSLGSHAHRVPVSSIKSMIGHSLGAIGSIEVAATA
LALEHGVIPPTANLTDPDPDLDLDYVPLHARERTMSAALTVGSGFGGFQSAVVLRRPEGR
AA
selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [CosB]
ATGACCCGGCGGGTCGTGATCACCGGCATCGGGGTGGTGGCCCCCGGCGGCATCGGCACC
AAGCAGTTCTGGGAGACCGTCACCGGCGGCCGCACCGCGACCCGGACCATCAGCCTGTTC
GACCCCGCCCCGTTCCGCTCCCGGATCGCGGCCGAGTGCGACTTCGACGCCGCGGAGCAG
GGCCTGAGCCCCGAGGACGCCGAACGGCTCGACCGGGCGGCGCAGTTCGCCCTGGTCGCG
CTGCGCGAGGCCGTCACCGACAGCGGCTTGGAGCCCGACCCCGACACCGCCCACCGCACC
GGCGTCAGCCTCGGCAGCGCGGTCGGCTGCACCCAGAAACTCGAAGAGGAGTACGTCGCC
CTGAGCGGCGGCGGACAGGAGTGGCTCGTCGACCACACCGCCGCCGGCGCGCACCTCTAC
GACCACTTCGTGCCCAGCTCCATGGCCGCCGAACTCGCCTGGGAGGCCGGCGCCGAAGGC
CCCTGCACCGTCGTCTCCGCCGGCTGCACCTCCGGCCTCGACTCGGTCGGGCACGCGGCC
GCCCTCATCCGCGAGGGCACCGCCGACGTGATGATCGCCGGGGCCACCGACGCCCCCATC
TCCCCGATCACCGTGGCCTGCTTCGACGCCATCCGCGCCACCTCGCCCCGCAACGACGAC
CCGGCGACCGCGCTGCGCCCCTTCGACCGCACCCGCAACGGCTTCGTCCTCGGCGAGGGC
GCCGCCGTCCTGGTCCTGGAGGAGCTGACGGCGGCCCGGCGCCGGGGCGCCCACGTGTAC
GCCGAGATCGCCGGCTACGCCTCCCGGGGCAACGCGTACCACATGACCGGGCTGCGCACC
GACGGACGCGAGCTCGCCGCCGCCGTCGACGCCGCCCTCGACGAGGCCCGGCTCGCCCCC
GAGGCACTCGGGTACGTCAACGCCCACGGCACCGCCACCAAGCAGAACGACGTGCACGAG
ACGGCGGCCCTCAAGCGCAGCCTCGGATCCCACGCCCACCGCGTCCCGGTCAGCTCCATC
AAGTCGATGATCGGGCACTCGCTCGGCGCCATCGGCTCCATCGAGGTCGCCGCCACCGCC
CTGGCCCTCGAACACGGCGTCATCCCGCCCACCGCCAACCTGACCGACCCCGACCCCGAC
CTCGACCTGGACTACGTCCCCCTGCACGCCAGGGAGCGGACCATGTCGGCCGCGCTCACC
GTGGGCAGCGGCTTCGGCGGCTTCCAGAGCGCGGTGGTGCTGCGCCGGCCCGAGGGGCGG
GCCGCATGA
KS3..374
KS7..1122

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR014030 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal (Domain)
[3-251] 2.19999999999997e-61 PF00109
PF00109   ketoacyl-synt
IPR014031 Beta-ketoacyl synthase, C-terminal (Domain)
[260-374] 4.2e-37 PF02801
PF02801   Ketoacyl-synt_C
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[2-265] 3.19999999999996e-65 G3DSA:3.40.47.10 [270-418] 2.4e-51 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[2-257] 2.0000139277205e-67 SSF53901 [219-418] 1e-63 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
IPR018201 Beta-ketoacyl synthase, active site (Active_site)
[160-176] PS00606
PS00606   B_KETOACYL_SYNTHASE
SignalP
[1-19] 0.555 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Cosmo_00060 Cosmo_00060   Cosmo_00080 Cosmo_00080
Page top