Jado_00005 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces venezuelae
Strain	ISP5230 (=NBRC 13096)
Entry name	Jadomycin B
Contig	U24659
Start / Stop / Direction	48 / 1 / - [in whole cluster] 48 / 1 / - [in contig]
Location	complement(1..48) [in whole cluster] complement(1..48) [in contig]
Type	CDS
Length	48 bp (15 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	TetR family transcriptional regulator(fragment) gamma-butyrolactone receptor(fragment)
Product (GenBank)
Gene	jadR3
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	PmId [25116816] A gamma-butyrolactone-sensing activator/repressor, JadR3, controls a regulatory mini-network for jadomycin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2014) comment 相当するUniProt entryなし。 [PMID: 25116816](2014) 参照している配列はS. venezuelae ATCC 10712のFR845719であるが、実験にはS. venezuelae ISP5230を使用している。また、NRRCカタログによると、NBRC 13096 = ATCC 10712 = ISP 5230 であるが、UniProtでFR845719由来entriesとATCC 10712由来entriesは完全一致しない。ただし、FR845719由来UniProt entry F2RC03のN末と当ORFのAA配列は完全一致している。 jadW123の上流に逆向きで隣接するjadR3についての報告。 JadR3はjadR1, jadR2, jadW1, jadR3の上流領域に結合し、 jadR1を活性化、jadR2, jadW123, jadR3を抑制する。 jadomycin生合成におけるgamma-butyrolactone生合成遺伝子と推定されたjadW1, jadW2, jadW3の役割を特定するため、各遺伝子のmutantを作成してjadomycin産生を調査した。 ΔjadW2とΔjadW123 mutantは完全にjadomycin産生が消失した。 ΔjadW3 mutantはjadomycin産生が30%まで減少した。 ΔjadW1による影響は少なかったため、JadW1 homologues(SVEN_4183, SVEN_5093)も破壊したmutantを作成したところ、ΔjadW1/SVEN_5093でほぼ完全にjadomycin産生が消失した。よって、S. venezuelaeでのautoregulator生合成は複数のAfsA-like proteinsの関与によって複雑化される。 promoterからのJadR3の解離がwild株とΔjadW123 mutantで異なるので、JadW123のうち1つ以上がJadR3の結合を抑制するautoregulatorの産生に関与する。培養液から精製されたjadR3の特異的リガンドSVB1の構造は、S. coelicolor由来gamma-butyrolactone SCB3と一致した。ΔjadW123 mutantにSVB1を加えるとjadomycin産生が回復した。低かったjadR1転写も回復し、jadR3転写は拡大した。また、S. venezuelaeはSCB3を、S. coelicolorはSVB1を相互に利用できた。 --- 参考）[PMID: 25200025](2014) 異なる種間での細胞外シグナルを共有するというPMID: 25116816の結果を受けて、今後の展望などを述べている。
Related Reference	ACC F2RC03 PmId [25116816] A gamma-butyrolactone-sensing activator/repressor, JadR3, controls a regulatory mini-network for jadomycin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2014) comment BLAST id100%, 部分hit Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 etc.)_SVEN_5968 Transcriptional regulator, TetR family この論文でjadR3として参照されている遺伝子。実験にはS. venezuelae ISP5230を使用している。

Sequence

>TetR family transcriptional regulator(fragment)
MAQQARAIRTRRLILE

>TetR family transcriptional regulator(fragment)
TTGGCACAGCAAGCGCGTGCAATCCGAACCCGCCGGTTGATCCTCGAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	No significant hit
InterPro	No significant hit
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

first Jado_00010