Jado_00020 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces venezuelae
Strain	ISP5230 (=NBRC 13096)
Entry name	Jadomycin B
Contig	U24659
Start / Stop / Direction	1,139 / 2,086 / + [in whole cluster] 1,139 / 2,086 / + [in contig]
Location	1139..2086 [in whole cluster] 1139..2086 [in contig]
Type	CDS
Length	948 bp (315 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	JadW2
Gene
Gene (GenBank)	jadW2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	dehydrogenase; repressor
Reference	ACC Q934T2 PmId [12904539] Control of growth, secondary metabolism and sporulation in Streptomyces venezuelae ISP5230 by jadW(1), a member of the afsA family of gamma-butyrolactone regulatory genes. (Microbiology. , 2003) [17653711] Engineering a regulatory region of jadomycin gene cluster to improve jadomycin B production in Streptomyces venezuelae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2007) [25116816] A gamma-butyrolactone-sensing activator/repressor, JadR3, controls a regulatory mini-network for jadomycin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2014) comment [PMID:12904539](2003) jadW1, jadW2, jadW3の分離をしている。 jadW2については特に検討していない。 --- [PMID:17653711](2007) jadW2のC末272bp, jadW3, jadR2, jadR1とjadJの上流にあるpromoter Pj を ermEp* promoterで置換すると、ストレス処理なしにjadomycin Bを産生、ストレスありwild株より収量増加。 introにjadW2破壊mutantsで表現型に影響したとの記述があるが由来が不明。正確な機能はわかっていないとも書いてある。 --- [PMID: 25116816](2014) 参照している配列はS. venezuelae ATCC 10712のFR845719であるが、実験にはS. venezuelae ISP5230を使用している。また、NRRCカタログによると、NBRC 13096 = ATCC 10712 = ISP 5230 であるが、FR845719由来UniProt entry F2RC05と当entry Q934T2のAA配列は完全一致はしない(BLAST id96%)。 jadW123の上流に逆向きで隣接するjadR3についての報告。 JadR3はjadR1, jadR2, jadW1, jadR3の上流領域に結合し、 jadR1を活性化、jadR2, jadW123, jadR3を抑制する。 jadomycin生合成におけるgamma-butyrolactone生合成遺伝子と推定されたjadW1, jadW2, jadW3の役割を特定するため、各遺伝子のmutantを作成してjadomycin産生を調査した。 ΔjadW2とΔjadW123 mutantは完全にjadomycin産生が消失した。 ΔjadW3 mutantはjadomycin産生が30%まで減少した。 ΔjadW1による影響は少なかったため、JadW1 homologues(SVEN_4183, SVEN_5093)も破壊したmutantを作成したところ、ΔjadW1/SVEN_5093でほぼ完全にjadomycin産生が消失した。よって、S. venezuelaeでのautoregulator生合成は複数のAfsA-like proteinsの関与によって複雑化される。 promoterからのJadR3の解離がwild株とΔjadW123 mutantで異なるので、JadW123のうち1つ以上がJadR3の結合を抑制するautoregulatorの産生に関与する。培養液から精製されたjadR3の特異的リガンドSVB1の構造は、S. coelicolor由来gamma-butyrolactone SCB3と一致した。ΔjadW123 mutantにSVB1を加えるとjadomycin産生が回復した。低かったjadR1転写も回復し、jadR3転写は拡大した。また、S. venezuelaeはSCB3を、S. coelicolorはSVB1を相互に利用できた。 --- 参考）[PMID: 25200025](2014) 異なる種間での細胞外シグナルを共有するというPMID: 25116816の結果を受けて、今後の展望などを述べている。
Related Reference	ACC Q9LBV2 NITE Virg_00320 PmId [18034227] Identification by gene deletion analysis of barS2, a gene involved in the biosynthesis of gamma-butyrolactone autoregulator in Streptomyces virginiae. (Arch Microbiol. , 2008) comment BLAST id48% Streptomyces virginiae_orf5 Orf5 barS2の機能解析報告。本論文にてORF名をorf5からbarS2へ変更している。 BarS2はNAD-dependent epimerase/dehydratase familyに属すると予測。 barS2欠損株はvirginiae butanolide生合成に影響を与えた。 BarS2はdehydration stepを触媒するNAD-dependent dehydrataseとして機能するかもしれないと考察している。

Sequence

>hypothetical protein [JadW2]
MGPRILITGATGFIGGRVAAAAATAREPAHVRLLARGPLTGPAAAAGPRTETAVGDLRDP
ASLRRACEGVDVLIHCASAIGGDAELARAVNDEGTRNLVDAAVRAGATRIVGPEHRLRTR
RGPFRAAAPGTLPLAPGSVTSSTRAAGERHVMDAGGTVLRPHLVYGTGDRRLLPGLVRLL
AALPGPLDGGSSLHSLIDVDSLAGALLGAALSPATEPGPYYVDHPEPVPVGDLLAAAESL
LTRTGLPRGRAVDLPTARRLLAGLPFAGHHLDMLATDHWFADDRPWRELGCDPGPGLPRG
SRTTRRGTTDSSTIP

>hypothetical protein [JadW2]
ATGGGCCCTCGCATCCTGATCACCGGCGCCACCGGATTCATCGGCGGCCGCGTGGCCGCC
GCGGCCGCCACCGCGCGGGAGCCCGCCCACGTACGGCTGCTCGCCCGCGGCCCGCTCACC
GGCCCGGCCGCGGCCGCCGGACCGCGGACCGAGACCGCCGTCGGCGACCTCCGCGACCCC
GCGTCCCTGCGCCGCGCCTGCGAGGGCGTCGACGTACTGATCCACTGCGCCTCCGCGATC
GGCGGGGACGCGGAACTGGCCCGGGCGGTCAACGACGAGGGCACCCGGAACCTCGTCGAC
GCCGCCGTCCGCGCCGGGGCGACCCGGATCGTCGGCCCTGAGCACCGCCTCCGTACACGG
CGCGGCCCCTTCCGCGCCGCCGCCCCCGGCACCTTGCCGCTCGCCCCCGGCTCGGTGACC
AGCAGCACCCGGGCGGCCGGCGAGCGGCACGTCATGGACGCCGGCGGGACCGTACTGCGA
CCGCACCTGGTGTACGGCACCGGGGACCGCCGGCTGTTGCCCGGCCTGGTCCGGCTCCTC
GCCGCGCTGCCGGGACCGCTCGACGGCGGGTCCTCGCTGCACTCCCTGATCGACGTCGAC
AGCCTGGCGGGCGCGCTGCTCGGCGCGGCCCTCTCCCCGGCGACGGAGCCGGGACCGTAC
TACGTCGACCATCCCGAACCGGTGCCGGTCGGCGACCTCCTCGCGGCCGCCGAGTCCCTG
CTGACCCGCACGGGCCTCCCCCGGGGACGGGCCGTGGACCTCCCGACCGCCCGCAGGCTG
CTCGCCGGCCTCCCCTTCGCGGGGCACCACCTGGACATGCTCGCCACCGACCACTGGTTC
GCCGACGACCGCCCCTGGCGGGAGCTCGGCTGCGACCCGGGGCCGGGCTTACCACGGGGT
TCGCGGACCACGCGGCGTGGTACCACGGACTCCTCGACCATTCCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd
SignalP	Bacteria, Gram-negative Bacteria, Gram-positive Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Jado_00010 Jado_00030