Jado_00040 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces venezuelae
Strain	ISP5230 (=NBRC 13096)
Entry name	Jadomycin B
Contig	U24659
Start / Stop / Direction	3,543 / 2,953 / - [in whole cluster] 3,543 / 2,953 / - [in contig]
Location	complement(2953..3543) [in whole cluster] complement(2953..3543) [in contig]
Type	CDS
Length	591 bp (196 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	TetR family transcriptional repressor
Product (GenBank)	JadR2
Gene
Gene (GenBank)	jadR2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	pseudo gamma-butyrolactone receptor; repressor for jadomycin biosynthesis
Reference	ACC Q56153 PmId [7592375] Regulation of jadomycin B production in Streptomyces venezuelae ISP5230: involvement of a repressor gene, jadR2. (J Bacteriol. , 1995) [20562102] "Pseudo" gamma-butyrolactone receptors respond to antibiotic signals to coordinate antibiotic biosynthesis. (J Biol Chem. , 2010) [23832247] JadR and jadR2 act synergistically to repress jadomycin biosynthesis. (Sci China Life Sci. , 2013) [25116816] A gamma-butyrolactone-sensing activator/repressor, JadR3, controls a regulatory mini-network for jadomycin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2014) comment [PMID:7592375](1995) jadR2の破壊や置換をすると、wildでjadomycin B産生に必要なストレス処理なしにjadomycin Bを産生できる。jadR2 破壊mutantsをストレス処理すると抗生物質過剰産生。よって、jadomycin B 生合成遺伝子の発現はjadR2によってnegativeに調節される。 -- [PMID:20562102](2010) putative GBL receptor homologueであるJadR2のN末はregulatory domain、C末はDNA binding domin. JadR2はjadR1 promoterに結合する。 jadR2破壊mutantではストレス処理なしにjadJ, jadR1発現が見られ、jadR1発現が特に増加。 jadJはJadR1配下にあるので、JadR2はjadomycin産生のpositive regulatorをコードするjadR1のrepressorである。同じ株で産生されるchloramphenicolとjadomycinの量は相対的。 JadR2はchloramphenicolとjadomycinを結合でき、相互作用はjadR1の抑制解除を導く。 gamma-butyrolactone(GBL)を結合しないGBL receptor homologuesを"pseudo" GBL receptorと命名。 pseudo GBL receptorsは抗生物質シグナルへの結合と応答により抗生物質生合成を調和させる新しい役割をする。 -- [PMID:23832247](2013) jadomycin biosynthetic gene clusterにある3つのcluster-situated regulators (CSRs)について、mutantsを作成し、転写解析をしている。 JadRは、既に報告のあるJadR2によるjadR1転写抑制とJadR1によるjadR1転写抑制に相乗的効果を与えた。また、JadR2 と JadRはお互いのpromoterへの直接結合により、相互に抑制した。結果からはJadR1によるjadR2の活性化も示されている。これまでの研究でjadR2のpromoterへのJadR1の直接結合は観察されていないので、この活性化は間接的であると推測した。 --- [PMID: 25116816](2014) 参照している配列はS. venezuelae ATCC 10712のFR845719であるが、実験にはS. venezuelae ISP5230を使用している。また、NRRCカタログによると、NBRC 13096 = ATCC 10712 = ISP 5230 であるが、FR845719由来UniProt entry F2RC07と当entry Q56153のAA配列は完全一致はしない(BLAST id97%)。 jadW123の上流に逆向きで隣接するjadR3についての報告。 JadR3はjadR1, jadR2, jadW1, jadR3の上流領域に結合し、 jadR1を活性化、jadR2, jadW123, jadR3を抑制する。

Sequence

>TetR family transcriptional repressor [JadR2]
MTKQERATRTRDALIKSAAREFDEHGYALAKLSAISSGAGVSPGALHFHFENKVAAAVEI
DASTTLRRTARIVYHQRSNALQNLADTTHALARLVREDVVVRAGFRLSCSQLCGTDLNLR
QEWQSCVQQRLAEAADEGLLASDIGGQQDLARTIVAATIGLEALCRDNGEWLSPGTVTGL
WRTLLPIVAAPGRSPP

>TetR family transcriptional repressor [JadR2]
GTGACCAAACAAGAGCGGGCCACACGGACGCGCGACGCCCTGATCAAGTCGGCGGCCAGA
GAATTCGACGAGCACGGCTACGCCCTGGCCAAGTTGTCGGCGATCAGTTCGGGAGCGGGC
GTGAGCCCCGGCGCCCTCCACTTCCACTTCGAGAACAAGGTGGCCGCAGCCGTCGAGATC
GACGCGTCCACCACACTGCGCCGGACCGCCAGGATCGTGTACCACCAGCGGTCGAACGCC
CTGCAGAACCTCGCCGACACCACCCATGCGCTGGCCCGGCTCGTCCGCGAGGACGTCGTC
GTGCGCGCGGGGTTCCGGCTGAGCTGCTCCCAGCTCTGCGGTACGGACCTCAACCTGCGC
CAGGAATGGCAGAGCTGCGTCCAGCAGCGGCTCGCGGAGGCCGCCGACGAGGGCCTGCTC
GCCTCGGACATCGGTGGTCAACAGGACCTCGCCCGCACGATCGTGGCCGCCACCATCGGC
CTGGAGGCCCTCTGCCGGGACAACGGCGAATGGCTGTCGCCCGGCACCGTCACCGGCCTG
TGGCGGACCCTCCTCCCCATCGTCGCGGCCCCCGGGCGCTCGCCGCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001647 DNA-binding HTH domain, TetR-type (Domain) PR00455 HTHTETR PS50977 HTH_TETR_2 PF00440 TetR_N IPR009057 Homeodomain-like (Domain) SSF46689 Homeodomain_like IPR011075 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-related, C-terminal (Domain) SSF48498 TetR_like_C IPR015893 Tetracycline transcriptional regulator, TetR-like, C-terminal (Domain) G3DSA:1.10.357.10 TetR_C
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Jado_00030 Jado_00050