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Medem_00090 : CDS information

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Organism
StrainAM-7161
Entry nameMedermycin
Contig
Start / Stop / Direction8,973 / 7,948 / - [in whole cluster]
8,973 / 7,948 / - [in contig]
Locationcomplement(7948..8973) [in whole cluster]
complement(7948..8973) [in contig]
TypeCDS
Length1,026 bp (341 aa)
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Category5.1 general function
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)enoyl reductase
Gene
Gene (GenBank)med-ORF29
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • GTG start codon
Reference
ACC
PmId
[12855716] Cloning, sequencing and heterologous expression of the medermycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces sp. AM-7161: towards comparative analysis of the benzoisochromanequinone gene clusters. (Microbiology. , 2003)
comment
entire medermycin(med) biosynthetic gene clusterの報告。
Streptomyces coelicolor CH999でmed clusterを発現してmedermycin産生を確認している。

ORF29: enoyl reductase

配列解析のみ。actVI-ORF2 homologue.
act clusterでの提唱[PMID: 10805574]を参照している。
Related Reference
ACC
Q59I44
PmId
[15781461] 2-Haloacrylate reductase, a novel enzyme of the medium chain dehydrogenase/reductase superfamily that catalyzes the reduction of a carbon-carbon double bond of unsaturated organohalogen compounds. (J Biol Chem. , 2005)
comment
Blast 164th, id35%, 2e-32
Burkholderia sp. WS_caa43
2-haloacrylate reductase

CAA43 geneは2-chloroacrylate存在下で細胞が成長するとき、誘導的に合成された。精製されたCAA43 proteinはE.coliで強発現され、 2-chloroacrylateのC-C二重結合のNADPH-dependentな分解を触媒し、(S)-2-chloropropionateを生成した。

反応前と後の物質量の変化をモニタ。精製の際に活性測定もあり。
E.coliのNADPH-dependent quinone oxidoreductaseと配列は似ているが、1,4-benzoquinone と 1,4-naphthoquinoneでCAA43は働かない。
ACC
Q53927
NITE
Actino_00040
PmId
[7929165] DNA sequence and functions of the actVI region of the actinorhodin biosynthetic gene cluster of Streptomyces coelicolor A3(2). (J Biol Chem. , 1994)
[10805574] Chemical characterisation of disruptants of the Streptomyces coelicolor A3(2) actVI genes involved in actinorhodin biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2000)
comment
Blast 391st, id38%, 1e-28
Streptomyces coelicolor_actVI-ORF2
ORF2 protein
[Actino_00040]putative oxidoreductase

---
[PMID: 7929165](1994)
actinorhodin biosynthetic gene clusterのactVI regionに関する報告。

ORF2: Alcohol dehydrogenase

ORF2の挿入不活化でactinorhodin合成欠損。
ORF2とORF4の産物は似ている。
enoyl reductasesに似ていて、高保存cofactor-binding domainもある。

--
[PMID: 10805574](2000)
ORF2破壊株は、actinorhodin産生なし、中間体(S)-DNPAを蓄積。
actVI-ORF4破壊株はactinorhodin産生ができる(量は減ってwildの18%)。

(S)-DNPAに含まれる部分構造(C-14, 15の二重結合含む)は、enoyl reductaseの基質motifに似ている。

以上から、actVI-ORF2が必須なC-15での還元を担うreductaseであると提唱している。
この反応はその後に続く異性化とcoupled stepsであるとも言っている。

このようにして15S 立体構造ができると言っているが、異性化を担うORFは不明。
ActVI-ORF4は異性化を補助すると提唱している。

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selected fasta
>putative oxidoreductase [enoyl reductase]
MLSVVMEEFGGPEVLRARQVEDPEPGPGQVLVDVAYASVTFVETQVRSGNGPFGRPALPR
VPGNGVGGRVVALGPGADPALLGTVVVTTTGGEGGYAERALARADEVVPVPPGLALKDAV
ALLADGRTALLLFRQAEVKPGEKVLVEAAAGGVGSLLVQLAVHAGARVVGAARGDRKAEL
VVSLGASYVDYSREAWLRQVRETAGGGDLDVVFDGVGGAIGTAAAGALRPGGRISLYGMA
SGADATLDEDDLAARGIRTLGLFAAPGPAETHPLIGEALRLAADGVLAPVVGQVFPLAAA
AEAHAAIEARATVGKTLLAVGAQEGDTYGTGAAGGATNGDR
selected fasta
>putative oxidoreductase [enoyl reductase]
GTGCTGTCCGTGGTGATGGAGGAGTTCGGAGGACCGGAGGTCCTGCGGGCTCGACAGGTG
GAGGATCCGGAGCCCGGCCCCGGCCAGGTGCTGGTCGACGTGGCGTACGCGAGCGTCACC
TTCGTCGAGACCCAGGTGCGCTCCGGCAACGGCCCCTTCGGCCGCCCCGCGCTCCCCCGG
GTGCCGGGCAACGGTGTGGGCGGCCGCGTCGTCGCCCTCGGCCCGGGTGCGGACCCCGCC
CTGCTCGGCACGGTCGTGGTCACCACGACCGGCGGCGAGGGCGGCTACGCCGAACGCGCC
CTGGCCCGGGCCGACGAGGTCGTCCCGGTCCCGCCCGGCCTCGCCCTCAAGGACGCGGTC
GCCCTGCTCGCCGACGGCCGCACCGCTCTCCTGCTCTTCCGTCAGGCGGAGGTCAAGCCG
GGCGAGAAGGTCCTCGTGGAGGCCGCGGCCGGCGGTGTCGGCAGCCTCCTGGTCCAGCTG
GCCGTGCACGCCGGCGCCCGCGTGGTCGGTGCCGCGCGCGGCGACCGGAAGGCCGAGCTG
GTCGTCTCCCTCGGCGCCTCCTACGTCGACTACTCGCGGGAGGCGTGGCTCCGCCAGGTC
CGGGAGACGGCCGGCGGCGGCGACCTCGACGTCGTCTTCGACGGGGTGGGCGGCGCCATC
GGCACCGCGGCGGCGGGCGCGCTGCGCCCCGGAGGGCGCATCAGCCTGTACGGCATGGCG
AGCGGCGCGGACGCCACGCTCGACGAGGACGACCTCGCCGCCCGGGGCATCCGCACCCTC
GGGCTCTTCGCCGCGCCGGGCCCCGCCGAGACCCACCCCCTCATCGGAGAGGCCCTGCGG
CTCGCGGCGGACGGCGTCCTCGCGCCGGTCGTCGGCCAGGTCTTCCCGCTCGCCGCGGCG
GCCGAGGCGCACGCGGCCATCGAGGCGCGGGCCACCGTGGGGAAGACCCTGCTCGCCGTC
GGCGCCCAGGAGGGCGACACGTACGGCACCGGCGCCGCCGGCGGCGCGACGAACGGCGAC
CGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR011032 GroES-like (Domain)
[1-150] 1.89999859865865e-31 SSF50129
SSF50129   GroES_like
IPR013149 Alcohol dehydrogenase, C-terminal (Domain)
[152-274] 4.80000000000001e-24 PF00107
PF00107   ADH_zinc_N
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[145-285] 6.80000000000006e-35 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
SignalP
[1-17] 0.093 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Medem_00080 Medem_00080   Medem_00100 Medem_00100
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