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Medem_00130 : CDS information

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Organism
StrainAM-7161
Entry nameMedermycin
Contig
Start / Stop / Direction11,536 / 12,252 / + [in whole cluster]
11,536 / 12,252 / + [in contig]
Location11536..12252 [in whole cluster]
11536..12252 [in contig]
TypeCDS
Length717 bp (238 aa)
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Category1.4 Other
Productputative phosphopantetheinyl transferase
Product (GenBank)phosphopantetheinyl transferase
Gene
Gene (GenBank)med-ORF24
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • GTG start codon
Reference
ACC
PmId
[12855716] Cloning, sequencing and heterologous expression of the medermycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces sp. AM-7161: towards comparative analysis of the benzoisochromanequinone gene clusters. (Microbiology. , 2003)
comment
entire medermycin(med) biosynthetic gene clusterの報告。
Streptomyces coelicolor CH999でmed clusterを発現してmedermycin産生を確認している。

ORF24: Phosphopantetheinyl transferase

配列解析のみ。med-ORF24タンパクはphosphopantetheinyl transferaseをコードすると提唱されているjadM産物に似ている。
JadMは、jadomycin B生合成でholo-ACP synthaseとして機能するとされる。
gra-ORF32は、med-ORF24やjadMのfamilyに属する。
Related Reference
ACC
Q9L7M4
NITE
Jado_00180
PmId
[11390684] Cloning and functional analysis of a phosphopantetheinyl transferase superfamily gene associated with jadomycin biosynthesis in Streptomyces venezuelae ISP5230. (Microbiology. , 2001)
comment
Blast 4th, id57%, 1e-43, gapあり
Streptomyces venezuelae_jadM
Phosphopantetheinyl transferase

jadomycin B 生産菌Streptomyces venezuelae ISP5230にあるjadMをE.coliにて発現、クローニング。

jadM欠損株は、jadomycin生産がwild-typeの2-5%程度に落ちた。
また、この欠損株の生育は良く、chloramphenicolの生産には変化がなかったことから、jadMがコードしているholo-ACP synthaseはjadomycin B合成の初期段階に関与しているのではないかと言っている。

holo-ACP synthaseであるというのは配列解析(その他PPTaseとのalignment、系統樹）から。
ACC
Q9RFL1
NITE
Myxo_00010
PmId
[10601310] New lessons for combinatorial biosynthesis from myxobacteria. The myxothiazol biosynthetic gene cluster of Stigmatella aurantiaca DW4/3-1. (J Biol Chem. , 1999)
[11134965] The mtaA gene of the myxothiazol biosynthetic gene cluster from Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 encodes a phosphopantetheinyl transferase that activates polyketide synthases and polypeptide synthetases. (J Biochem. , 2001)
comment
Blast 99th, id32%, 3e-13, gapあり
Stigmatella aurantiaca_mtaA
MtaA
[Myxo_00010]phosphopantetheinyl transferase

--
[PMID: 10601310](1999)
Myxothiazol生合成gene clusterの同定論文。
MtaA: Ppant transferase
Ppant=4'-phosphopantetheinyl

4'-phosphopantetheinyl transferase MtaAによってmyxothiazol合成は活性化される。
mtaAへのkanamycin resistance geneの挿入はmyxothiazol合成を阻害する。
MtaB-MtaGのACP, PCP domainは4'-phosphopantetheine cofactorのためのputative binding siteのProsite consensus signatureを含んでいる。

--
[PMID: 11134965](2001)
MtaAをACP, PCPと異種性発現して、4'-phosphopantetheinyl transferases機能があることを確認。
MtaAは他種のACP, PCPも同様に加工でき、基質特異性がゆるい。
Family/Domain
FD
IPR008278
comment
[IPR008278] 4'-phosphopantetheinyl transferase (Domain)
function; magnesium ion binding, holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity

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selected fasta
>putative phosphopantetheinyl transferase [phosphopantetheinyl transferase]
MTRVRLDVWLVRTNETRPDTAALALEELDGRERERAERFVAPGDRLRYLAAHIALRRVLA
LHTGTAPGDLRFTRATCPRCGGPHGRPELAVGTPPVHFSLSHSHGRVLIAVAAAPVGADI
QRSPGGGTVEACLPALHPAERAEVERRPASARPAEFGRLWTRKEAYLKGIGTGLAHGMST
EYLGTDARGRPPGWTVLDLDLAEDPAYAAAVAVRAEGVRPPEVRERGASFLRAAVPAV
selected fasta
>putative phosphopantetheinyl transferase [phosphopantetheinyl transferase]
GTGACGCGGGTCCGGCTCGACGTCTGGCTGGTGCGGACGAACGAGACGCGGCCGGACACC
GCGGCCCTGGCCCTGGAGGAGCTGGACGGCCGGGAGCGGGAGCGGGCCGAACGGTTCGTC
GCCCCGGGCGACCGGCTCCGCTACCTCGCCGCCCACATCGCGCTCCGCCGGGTCCTGGCG
CTGCACACCGGGACGGCCCCGGGGGACCTGCGGTTCACCCGGGCCACCTGCCCCCGGTGC
GGCGGCCCGCACGGCCGTCCCGAACTGGCGGTGGGCACACCGCCCGTCCACTTCTCCCTC
TCCCACAGCCACGGACGGGTGCTCATCGCCGTCGCCGCCGCCCCGGTGGGAGCCGACATC
CAGCGCTCACCGGGCGGCGGCACCGTCGAAGCGTGCCTCCCGGCACTCCACCCGGCCGAG
CGGGCCGAGGTGGAGCGCCGTCCCGCGAGCGCCCGGCCGGCCGAGTTCGGCCGGCTCTGG
ACCCGTAAGGAGGCCTATCTCAAGGGAATCGGCACGGGCCTGGCGCACGGCATGTCCACC
GAGTACCTGGGGACCGACGCCCGCGGCAGGCCGCCCGGCTGGACGGTCCTCGACCTCGAT
CTCGCCGAGGACCCCGCGTACGCGGCGGCCGTGGCCGTACGTGCCGAAGGGGTCCGGCCG
CCGGAGGTGCGGGAGCGCGGCGCCTCCTTCCTCAGGGCCGCCGTCCCCGCCGTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR008278 4'-phosphopantetheinyl transferase (Domain)
[6-120] 1e-27 SSF56214 [114-235] 1.70000295590054e-20 SSF56214
SSF56214   4-PPT_transf
[135-213] 5.6e-10 G3DSA:3.90.470.20
G3DSA:3.90.470.20   G3DSA:3.90.470.20
[116-185] 1.1e-06 PF01648
PF01648   ACPS
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Medem_00120 Medem_00120   Medem_00140 Medem_00140
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