Polk_00120 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces diastatochromogenes
Strain	Tü6028
Entry name	Polyketomycin
Contig	FJ483966
Start / Stop / Direction	14,350 / 13,829 / - [in whole cluster] 14,350 / 13,829 / - [in contig]
Location	complement(13829..14350) [in whole cluster] complement(13829..14350) [in contig]
Type	CDS
Length	522 bp (173 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative NADH-dependent FMN reductase
Product (GenBank)	PokU2
Gene
Gene (GenBank)	pokU1
EC number	1.5.1.42
Keyword	two-component system
Note
Note (GenBank)	dimerase
Reference	ACC C0JWA7 PmId [19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009) comment polyketomycin生合成clusterの解析論文。機能推定は配列解析から。 pokU1: dimerase -- UniProt Product nameがPokU2になっている。Gene nameはpokU1。登録ミスと思われる。
Related Reference	ACC Q02058 NITE Actino_00230 PmId [7615536] Identification of a flavin:NADH oxidoreductase involved in the biosynthesis of actinorhodin. Purification and characterization of the recombinant enzyme. (J Biol Chem. , 1995) [18245777] Mechanism and regulation of the Two-component FMN-dependent monooxygenase ActVA-ActVB from Streptomyces coelicolor. (J Biol Chem. , 2008) [19246012] Biosynthesis of actinorhodin and related antibiotics: discovery of alternative routes for quinone formation encoded in the act gene cluster. (Chem Biol. , 2009) [22086671] Epoxyquinone formation catalyzed by a two-component flavin-dependent monooxygenase involved in biosynthesis of the antibiotic actinorhodin. (Chembiochem. , 2011) comment Blast 3rd, id45%, 2e-28 Streptomyces coelicolor_actVB Actinorhodin polyketide dimerase [DoBISCUIT]NADH-dependent FMN reductase -- [PMID:7615536](1995) ActVB の機能同定論文。 ActVB proteinはflavin:NADH oxidoreductaseであると示されている。 -- [PMID:18245777](2008) ActVA-ORF5/ActVB systemの論文を複数出しているValton J.らの報告。 ActVA-ORF5はActVBとFMN-dependent two-component monooxygenase systemを構成する。 ActVA-ORF5は還元型flavinを利用するmonooxygenase。 AvtVBはNADH:flavin oxidoreductaseで、ActVA-ORF5に還元型FMNを供給する。 ActVA-ORF5/ActVB systemはdihydrokalafunginのhydroxylationを触媒。 ActVBが還元型FMNの移動を調節して、monooxygenase活性を調節しうる。 -- [PMID:19246012](2009) actinorhodinで多く論文を出しているIchinose K.らの報告。 deletion mutantでvivo表現型確認。 emodinanthroneを基質としてvitro活性測定。 ActVA-ORF6よりActVA-ORF5/ActVBのほうがKm値が低い＝親和性高い。 ActVA-ORF5/ActVB systemはC-8 hydroxylationに関与すると考えられていたが、BIQs生合成clustersに共通する遺伝子であることから、共通の反応であるquinone形成におけるC-6 oxygenationを担うことが示されている。 ActVA-ORF6もこの反応を担うが、ActVA-ORF5/ActVB systemがメインルート。 6-deoxy-dihydrokalafungin → dihydrokalafungin(DHK) また、ActVA-ORF5/ActVB systemはkalafunginを基質として化合物X, Yを形成。分子量からoxygenated moleculesと推定される。よって、actinorhodin生合成経路における正しい基質は不明だが、追加的oxygenation活性がある。この結果もふまえ、C-8 hydroxylaseとしての割り当ては反証されない。 -- [PMID:22086671](2011) vitroでActVA-ORF5/ActVB systemは、dihydrokalafungin (actinorhodin生合成中間体)から酸化的ラクトン化を通して自発的に形成されるkalafunginに対し、追加的epoxyquinone-forming activityを持つ。反応産物として、(5S,14R)-epoxykalafungin and (5R,14S)-epoxykalafunginが形成される。

Sequence

>putative NADH-dependent FMN reductase [PokU2]
MTTASTGVDRTLLRDSLSRWPSGVAVVTTVDESRAPRGFTATAFSSLSMDPPMVLVCLDR
GADCRPAFETAGVMAVHLLREDQAHLAQRFATKDIDKYEGLPVSAGLGGVPLLGGVVARI
ECVLDRRIDAGDHVILVGLVHRCESFTGAPLVYFARSFHGLQPPTHHREADPS

>putative NADH-dependent FMN reductase [PokU2]
ATGACCACCGCGTCCACCGGCGTCGACCGGACCCTCCTGCGCGACTCGCTGTCCCGGTGG
CCCAGCGGGGTCGCCGTGGTGACCACGGTGGACGAGTCCCGGGCGCCGCGCGGCTTCACC
GCGACGGCCTTCTCGTCACTGTCGATGGACCCGCCGATGGTGCTGGTCTGTCTGGACCGG
GGAGCCGACTGCCGCCCGGCGTTCGAGACGGCCGGCGTGATGGCCGTGCATCTGCTGCGC
GAGGACCAGGCACACCTGGCGCAGCGCTTCGCCACCAAGGACATCGACAAGTACGAAGGG
CTGCCGGTCTCCGCGGGCCTGGGCGGAGTGCCGCTGCTGGGCGGCGTGGTGGCCCGCATC
GAATGCGTGCTCGACCGCCGGATCGATGCCGGGGACCACGTGATCCTCGTCGGTCTGGTG
CACCGCTGTGAGTCGTTCACGGGTGCTCCGCTGGTGTATTTCGCGCGGTCGTTCCACGGC
CTGCAGCCCCCGACCCACCACAGAGAGGCGGACCCCTCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002563 Flavin reductase-like, FMN-binding (Domain) SM00903 Flavin_Reduct PF01613 Flavin_Reduct IPR009002 FMN-binding split barrel-related (Domain) SSF50475 FMN_binding IPR012349 FMN-binding split barrel (Domain) G3DSA:2.30.110.10 PNPOx_FMN_bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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