Ansam_00110 : CDS information

Location

Organism	Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum
Strain	ATCC 31565
Entry name	Ansamitocin
Contig	AF453501
Start / Stop / Direction	25,523 / 26,302 / + [in whole cluster] 57,224 / 56,445 / - [in contig]
Location	25523..26302 [in whole cluster] complement(56445..57224) [in contig]
Type	CDS
Length	780 bp (259 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative amide synthase
Product (GenBank)	amide synthase
Gene
Gene (GenBank)	asm9
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KUF7 PmId [12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002) comment Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。 <cluster I> Asm09(259aa) : Amide synthase asm9はRifFに高度に類似したタンパクをコードする。RifFはrifamycin生合成のchain-terminating, cyclizing enzymeである。よって、完全に伸長されたpolyketide鎖のC末はAsmDからAsm9のCys-73へ移され、続いてaromatic amino基と分子内amide結合を形成し、19員環macrocyclic lactamであるproansamitocinを放出すると提唱されている。
Related Reference	ACC O52547 NITE Rifam_00260 PmId [9512878] Biosynthesis of the ansamycin antibiotic rifamycin: deductions from the molecular analysis of the rif biosynthetic gene cluster of Amycolatopsis mediterranei S699. (Chem Biol. , 1998) [10430893] Direct evidence that the rifamycin polyketide synthase assembles polyketide chains processively. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1999) [11812235] Expression and purification of the rifamycin amide synthase, RifF, an enzyme homologous to the prokaryotic arylamine N-acetyltransferases. (Protein Expr Purif. , 2002) comment Blast 13th, id37%, 4e-38 Amycolatopsis mediterranei_rifF [Rifam_00260]amide synthase UniProt(O52547)でのproduct nameは3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthase(AHBA synthase)とされているが、これは論文に出てくるものと配列が異なる。 --- [PMID: 9512878](1998) ansamycin系抗生物質rifamycinの生合成gene clusterの報告。 RifF(260aa): amide synthase(N-acetyl transferase) RifFは哺乳類のarylamine:acetyl-CoA acetyltransferase(EC 2.3.1.5)に明らかな相同性がある。この反応への化学的類似性から、RifFがPKSから完成したpolyketideを放出する intramolecular amide formationを担い、macrolactam構造を持つproansamycin Xが生成されることが考えられる。このORFの上流に隣接しているRifamycin PKSをコードするORFにはTE domainが含まれておらず、このORFがその代わりにpolyketide放出に関連している。 --- [PMID: 10430893](1999) 同じ著者らのPKSに関する報告。 rifF inactivation mutant作成して中間体を検出。 mutantではmacrocyclic lactamとして完成したundecaketideではなく、tetra-からdecaketideにわたる直鎖状polyketidesを産生し、rifamycin B非産生であった。 --- [PMID: 11812235](2002) 実験には上記論文著者Floss HG.から提供されたplasmidをtemplateとして使用している。タンパクの配列比較、3D構造予測。

Sequence

>putative amide synthase [amide synthase]
MYDTNTYLARLGVEVTRPDRAALTALHRAHLRALHYDNTAAATQDGPVPDNLADLDVDAT
FDGLVTAGRGGICFELNLLFHRLLTDLGFTTTVLSAGVADEEGGFSPDLAHRFTAVHLDG
EVLLADVGFAGPSYLDPIRLAPDEQVQHGCAFRVVEQDGRHLVLRRSRTTDWRPLYEFAT
TPRTLSDWDGFTPRLRRYLDRAVIAGTTLLCRAVDDGHRALVGKRHLVVRDGHETVTTLL
DPAEHARVSAEIRTGICAD

>putative amide synthase [amide synthase]
GTGTACGACACCAACACCTACCTGGCCCGGCTCGGCGTCGAGGTCACCCGCCCCGACCGG
GCCGCGCTGACCGCGCTGCACCGCGCCCACCTGCGGGCGCTGCACTACGACAACACCGCC
GCCGCCACTCAGGACGGCCCCGTTCCCGACAACCTCGCCGACCTGGACGTGGACGCGACC
TTCGACGGGCTCGTCACGGCCGGGCGGGGCGGCATCTGCTTCGAGCTGAACCTGCTGTTC
CACCGGCTGCTCACCGACCTCGGCTTCACCACGACCGTGCTGTCGGCGGGCGTGGCCGAC
GAGGAGGGCGGCTTCAGCCCCGACCTGGCGCACCGGTTCACCGCCGTGCACCTGGACGGC
GAGGTGCTGCTGGCCGACGTGGGCTTCGCCGGACCGTCCTACCTGGACCCGATCAGGCTG
GCCCCGGACGAGCAGGTCCAGCACGGGTGCGCGTTCCGGGTGGTGGAGCAGGACGGCAGG
CACCTCGTGCTGCGCAGGAGCCGCACCACCGACTGGCGCCCGCTCTACGAGTTCGCCACC
ACCCCCAGGACGCTGTCCGACTGGGACGGCTTCACCCCGAGACTGCGCCGCTACCTGGAC
CGCGCGGTGATCGCGGGCACCACCCTGCTGTGCCGCGCGGTCGACGACGGCCACCGGGCC
CTGGTGGGCAAGCGGCACCTCGTGGTCCGTGACGGCCACGAGACGGTGACCACCCTGCTG
GACCCGGCCGAGCACGCGCGCGTGAGCGCCGAGATCCGCACCGGGATCTGCGCCGACTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001447 Arylamine N-acetyltransferase (Family) PF00797 Acetyltransf_2
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

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