Ansam_00450 Ansam_00450   Ansam_00470 Ansam_00470

Ansam_00460 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainATCC 31565
Entry nameAnsamitocin
Contig
Start / Stop / Direction87,308 / 86,298 / - [in whole cluster]
4,562 / 3,552 / - [in contig]
Locationcomplement(86298..87308) [in whole cluster]
complement(3552..4562) [in contig]
TypeCDS
Length1,011 bp (336 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)unknown
Geneasm42
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF5; similar to transmembrane proteins EpiH and GdmH
Reference
ACC
PmId
[12060743] The biosynthetic gene cluster of the maytansinoid antitumor agent ansamitocin from Actinosynnema pretiosum. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Actinosynnema pretiosum ssp. auranticum ATCC 31565のcosmid libraryから、ansamitocin生合成に必要な2つのgene clustersをクローニング。

cluster II を削除するとansamitocinsの産生がなくなるが、AHBAを補充すると産生は回復するので、cluster II はAHBA形成のみに必要な遺伝子を含む。

<cluster II>
Asm42(336aa) : Transmembrane protein(Function of homologue)

本文にコメントなし。
Related Reference
ACC
O07474
PmId
[9150266] ( , )
[11229936] ( , )
comment
358th, id33%, 5e-23
Staphylococcus gallinarum_gdmH
GdmH

---
[PMID:9150266](1997) abstract
lantibiotics epidermin and galliderminそれぞれの産生株から、epiH and epiT/gdmH and gdmT を同定。
EpiT and GdmT は、タンパクやペプチドの分泌に関連するone-component ABC transportersに似ている。
EpiH and GdmH は、他のタンパクに顕著な類似性のない疎水性タンパクである。

gdmT and gdmHを異種発現すると、epidermin産生レベルがとても増えた(7-10倍)。この効果のためには両遺伝子が必須であった。
gdmT and gdmHはtranscriptional regulator EpiQによって活性化された。

---
[PMID:11229936](2001)
上記論文を引用して、GdmHはATP-binding cassette transporter GdmTのaccessory factorとして働くとの記載あり。

ATP-binding cassette ABC exporterのsubunitsをコードするFEG genesとともにgdmH, gdmTを組み合わせて、MICとepidermin産生量を測定している。gdmHのみでgalliderminのMICを2倍に増やした。分泌に関する結果と違い、この結果はgdmTの存在と無関係である。

Asm42とのalignmentを見ている。

close this sectionSequence

selected fasta
>hypothetical protein [unknown]
MGALIVAVVLLVVFLVQLKREPRRLGNGVYLLMSLAFLALWLLTLAEPQTRVLVVGAVVL
IAPVFVVVIALFLIANGVTLLRREGFKPGNALSFGAGTAILGVVGGLLLVLLSALREGSP
EPWVLAAAGSLFLLAGYLGFAFTLFLLYSVLYGRVRKRTGHTAIVVLGAGVPGGRVTPLL
AGRLDRALKLYRRAAAKGASPLVVASGGQGPDEPASEAEVMANYLRERGIPDEALLEERE
STSTWENLRLSSALLAERGVTGRLLVVTSSYHVPRAAILSRRAGLKADVRGGRTAWYFVP
NAFLREFAALLVQYRALNALAACTALSVFPLLAYGV
selected fasta
>hypothetical protein [unknown]
ATGGGGGCTCTGATCGTCGCGGTGGTGCTGCTCGTCGTCTTCCTGGTGCAGCTCAAGCGG
GAGCCCAGACGACTGGGCAACGGCGTGTACCTGCTGATGAGCCTGGCGTTCCTCGCGCTC
TGGCTGCTCACCCTGGCCGAACCGCAGACCAGGGTGCTGGTGGTCGGCGCCGTGGTGCTG
ATCGCCCCGGTGTTCGTCGTCGTGATCGCGCTCTTCCTGATCGCCAACGGCGTGACCCTG
CTGCGGCGCGAGGGTTTCAAGCCGGGCAACGCCCTCTCCTTCGGCGCGGGCACGGCCATC
CTGGGCGTGGTGGGCGGCCTGCTCCTGGTCCTGCTGTCCGCGCTGCGCGAGGGCTCCCCC
GAGCCGTGGGTGCTGGCGGCGGCCGGTTCGCTGTTCCTGCTCGCGGGCTACCTCGGCTTC
GCCTTCACCCTCTTCCTGCTCTACTCAGTGCTCTACGGCCGCGTCCGCAAGCGCACCGGC
CACACCGCCATCGTCGTCCTGGGCGCGGGCGTCCCCGGAGGCCGCGTCACCCCGCTCCTC
GCGGGCCGCCTGGACCGCGCGCTGAAGCTCTACCGCCGCGCCGCGGCCAAGGGCGCTTCC
CCCCTGGTGGTCGCCTCCGGCGGCCAGGGCCCCGACGAGCCCGCCTCCGAGGCCGAGGTC
ATGGCGAACTACCTGCGCGAGCGCGGCATCCCGGACGAGGCGCTCCTGGAGGAGCGCGAG
TCCACCTCCACCTGGGAGAACCTCCGCCTCTCCTCCGCCCTGCTCGCCGAGCGCGGCGTC
ACCGGCAGGCTCCTCGTGGTCACCAGCAGCTACCACGTCCCCCGAGCCGCGATCCTGTCC
CGCCGCGCGGGCCTGAAGGCGGACGTCCGGGGCGGTCGCACCGCCTGGTACTTCGTCCCG
AACGCCTTCCTCCGCGAGTTCGCCGCGCTCCTGGTCCAGTACCGCGCCCTCAACGCCCTG
GCCGCCTGCACCGCGCTGTCCGTCTTCCCGCTGCTGGCCTACGGCGTCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003848 Domain of unknown function DUF218 (Domain)
[162-289] 6.49999999999992e-38 PF02698
PF02698   DUF218
IPR014729 Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (Domain)
[161-296] 3.09999999999998e-34 G3DSA:3.40.50.620
G3DSA:3.40.50.620   Rossmann-like_a/b/a_fold
SignalP No significant hit
TMHMM
[4-18] Transmembrane (o-i) [25-44] Transmembrane (i-o) [59-81] Transmembrane (o-i) [93-115] Transmembrane (i-o) [130-152] Transmembrane (o-i) [311-333] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 6   
Ansam_00450 Ansam_00450   Ansam_00470 Ansam_00470
Page top