C1027_00140 C1027_00140   C1027_00160 C1027_00160

C1027_00150 : CDS information

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Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction19,188 / 18,031 / - [in whole cluster]
19,188 / 18,031 / - [in contig]
Locationcomplement(18031..19188) [in whole cluster]
complement(18031..19188) [in contig]
TypeCDS
Length1,158 bp (385 aa)
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Category3.4 other modification
Productepoxide hydrolase
Product (GenBank)epoxide hydrolase
GenesgcF
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • enediyne core
  • inverting type
Note
Note (GenBank)
  • ORF17
Reference
ACC
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
[19856960] Characterization of the SgcF epoxide hydrolase supporting an (R)-vicinal diol intermediate for enediyne antitumor antibiotic C-1027 biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2009)
[23844627] Predictive model for epoxide hydrolase-generated stereochemistry in the biosynthesis of nine-membered enediyne antitumor antibiotics. (Biochemistry. , 2013)
comment
[PMID:12183628](2002)
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

SgcF: epoxide hydrolase
機能解析はしていない。

---
[PMID:19856960](2009)
SgcFの機能解析の報告

sgcFはepoxide hydrolases familyが保存するモチーフをほとんど保存しているが、2つの保存されているTyrの1つがTrp236に変異していた。
sgcF不活性株は、C-1027の生産ができず生物活性もなくなったことから不可欠だとしている。

sgcFをcloning,大腸菌にて発現させ精製。精製酵素を用いて、酵素活性を見ている。
カイネティクス解析より、SgcFは(R)-styrene oxideより効率的に(S)-styrene oxideを加水分解することを示した。

エナンチオ特異性的活性により、SgcFは(S)-styrene oxideのC1位をアタックし(R)-1-phenyl-1,2-ethanediolを形成した。また(R)-styrene oxideのC2位をアタックし優先的に(R)-1-phenyl-1,2-ethanediolを形成するが、C1位をアタックすることで(S)-1-phenyl-1,2-ethanediolの形成ができることを示した。

---
[PMID: 23844627](2013)
9員環enediyne抗がん性抗生物質の立体化学は、異なる位置選択性を持つepoxide hydrolasesによってもたらされる。

・inverting epoxide hydrolases (SgcF)
(S)-epoxideを加水分解して(R)-diolを得る。

・retaining epoxide hydrolases (NcsF2, KedF)
(S)-epoxideを加水分解して(S)-diolを得る。

SgcF(W236Y)はretaining activityが3倍に増える。
NcsF2様変異のあるSgcF(W236Y/Q237M)はretaining activityが20倍に増える。

W236に相当する残基を持つepoxide hydrolasesにinverting epoxide hydrolase activityがあることを確認している。

SgcF(W236Y)とSgcF(W236Y/Q237M)はNcsF2様のR選択性になるが、同じ残基を保存しているKedFは反対のS選択性である。

系統発生解析あり。

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selected fasta
>epoxide hydrolase [epoxide hydrolase]
MRPFRIEIDQSDIDDLNRRIDATRWPSEIPGSGWDRGVPLSYLKELTDHWRHGYDWRAAE
AELNAFPQFVTTIDGADVHFLHVRSPEPDAIPLILTHGWPGSVAEFLDVIGPLSDPRAHG
GDPADAFHVVVPSMPGYGFSGPTAEPGWDVRRIARAWAELMNRLGYERYVAQGGDWGKVV
SLELGLADPEHVAGVHLNMLVTFPPQDAPEAIGRLDESDLGKLAHSGEFADTGIGWQRIQ
ATRPQTLAYGLTDSPVGQLAWILDKFQEWSGGKNVEEAISRDRLLTHVMIYWLTATAGSS
AQLYYESARGMADFARTWGGPWPLTAPVGVAVFPDDATRPIRSFAEGILPTLTRWTEFDR
GGHFAAMEQPQLLIEDVRAFTRPLR
selected fasta
>epoxide hydrolase [epoxide hydrolase]
GTGCGTCCCTTCCGTATCGAGATCGACCAGTCCGACATCGACGACCTGAACCGCCGGATC
GACGCGACCCGGTGGCCGTCGGAGATACCCGGATCCGGATGGGACCGCGGAGTGCCGCTG
TCCTACCTCAAGGAGCTCACCGACCACTGGCGCCACGGCTACGACTGGCGTGCCGCGGAG
GCCGAGCTGAACGCGTTCCCCCAGTTCGTCACCACGATCGACGGCGCCGACGTGCACTTC
CTTCACGTGCGTTCGCCCGAGCCGGACGCGATCCCGCTGATCCTCACCCACGGCTGGCCG
GGCTCGGTCGCCGAGTTCCTCGACGTCATCGGGCCGCTGAGCGACCCGCGCGCGCACGGC
GGCGACCCGGCGGACGCCTTCCACGTCGTCGTCCCCTCCATGCCGGGCTACGGCTTCTCC
GGCCCGACTGCCGAGCCGGGCTGGGACGTGCGGCGGATCGCACGCGCCTGGGCGGAGCTG
ATGAACCGCCTCGGCTACGAGCGTTACGTCGCCCAGGGCGGCGACTGGGGAAAGGTCGTC
TCGCTGGAGCTGGGGCTGGCCGACCCCGAGCACGTGGCCGGCGTCCACCTGAACATGCTG
GTGACCTTCCCGCCCCAGGACGCCCCGGAGGCCATCGGGCGCCTGGACGAGAGCGACCTG
GGCAAGCTGGCGCACAGCGGGGAGTTCGCCGACACCGGCATCGGCTGGCAGCGCATCCAG
GCCACCCGCCCGCAGACCCTGGCCTACGGCCTCACCGACTCCCCGGTCGGCCAGCTCGCC
TGGATTCTCGACAAGTTCCAGGAGTGGAGCGGCGGCAAGAACGTGGAGGAGGCCATCTCC
CGGGACCGGCTGCTCACCCACGTGATGATCTACTGGCTGACCGCGACGGCCGGTTCCAGC
GCTCAGTTGTACTACGAGTCGGCTCGCGGCATGGCGGACTTCGCCCGCACCTGGGGCGGG
CCCTGGCCGCTGACGGCCCCCGTCGGCGTCGCGGTGTTCCCGGACGACGCCACCCGGCCG
ATCCGGTCGTTCGCCGAGGGCATCCTGCCGACCCTGACGCGGTGGACCGAGTTCGACCGC
GGCGGGCACTTCGCGGCCATGGAGCAGCCGCAGCTCCTCATCGAGGACGTACGGGCGTTC
ACCCGTCCGCTCCGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000073 Alpha/beta hydrolase fold-1 (Domain)
[127-201] 2e-07 PF00561
PF00561   Abhydrolase_1
IPR000639 Epoxide hydrolase-like (Family)
[97-115] 4.09999599045784e-16 PR00412 [126-141] 4.09999599045784e-16 PR00412 [171-184] 4.09999599045784e-16 PR00412 [185-198] 4.09999599045784e-16 PR00412 [358-380] 4.09999599045784e-16 PR00412
PR00412   EPOXHYDRLASE
IPR010497 Epoxide hydrolase, N-terminal (Domain)
[2-110] 6.6999999999999e-43 PF06441
PF06441   EHN
IPR016292 Epoxide hydrolase (Family)
[1-385] 2.2999842048857e-122 PIRSF001112
PIRSF001112   Epoxide_hydrolase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00140 C1027_00140   C1027_00160 C1027_00160
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