C1027_00350 C1027_00350   C1027_00370 C1027_00370

C1027_00360 : CDS information

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Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction46,162 / 47,166 / + [in whole cluster]
46,162 / 47,166 / + [in contig]
Location46162..47166 [in whole cluster]
46162..47166 [in contig]
TypeCDS
Length1,005 bp (334 aa)
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Category3.2 modification methylation
Productputative O-methyltransferase
Product (GenBank)O-methyltransferase
GenesgcD4
Gene (GenBank)
EC number2.1.1.-
Keyword
  • benzoxazolinate
Note
Note (GenBank)
  • ORF28
Reference
ACC
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
[18182490] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 involves a new branching point in chorismate metabolism. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2008)
comment
[PMID:12183628]
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

sgcD to sgcD6, encoding benzoxazolinate biosynthesis.
機能解析はしていない。
O-methyl transferase (SgcD4)としている。


[PMID:18182490]
benzoxazolinate生合成推定経路が示されている。この論文のdiscussion内で、O-methylationに関与するORFだと推定している。SgcD4の機能解析はしていない。
Related Reference
ACC
Q84HC8
NITE
Ncarz_00050
PmId
[18387946] Regiospecific O-methylation of naphthoic acids catalyzed by NcsB1, an O-methyltransferase involved in the biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic neocarzinostatin. (J Biol Chem. , 2008)
[19702337] Molecular basis of substrate promiscuity for the SAM-dependent O-methyltransferase NcsB1, involved in the biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic neocarzinostatin. (Biochemistry. , 2009)
[20735485] In vivo characterization of NcsB3 to establish the complete biosynthesis of the naphthoic acid moiety of the neocarzinostatin chromophore. (FEMS Microbiol Lett. , 2010)
comment
[PMID:18387946]
NcsB1の酵素学的解析論文。

in vitroで、O-methylation activity、反応速度論的解析、基質特異性など酵素学的解析をしている。その結果、NcsB1は2,7-dihydroxy-5-methyl-1-naphthoic acidを2-hydroxy-7-methoxy-5-methyl-1-naphthoic acidにするSAM-dependent O-methyltransferaseだとしている。しかしこの酵素は、様々なortho-hydoxynaphthoic acidsのhydroxy moietyを位置特異的にアルキル化することも可能であると示した。


[PMID:19702337]
NcsB1の結晶構造解析論文。

結晶構造解析により酵素活性サイトの詳細な構造を解明し、基質の結合に酵素の再配向が関与する事がわかった。
また、基質認識に重要な残基を予測し、mutation株作製し生化学的な検討もしているようだ。


[PMID:20735485]
ncsB3の機能解析論文。

ncsB,B1,B3をS.lividans TK24で発現。これらの産物をHPLCにて解析。種々のortho-hydroxy naphthoic acidsのhydroxy moietyを位置特異的にアルキル化できることを示した。

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selected fasta
>putative O-methyltransferase [O-methyltransferase]
MLGDEDGKAAELWSMANLGTPMAVRVAATLRIADHITAGAHTAGEIAEAAAVHEESLDRL
LRYLTVRGLLDRDGLGRYTLTPLGRPLCEDHPAGVRAWFDMEGAGRGELSFVDLLHSVRT
GKAAFPLRYGRPFWEDLAEDPRRAESFNRLLGQDVATRAPAVVAGFDWASTGHVIDLGGG
DGSLLTALLTACPSLRGTVLDLPEAVQRAKESFAVSGLDDRANAVAGSFFDALPAGAGAY
VLSLVLHDWDDEASVAILRRCAEAAGQTGSVFVIESTGSAGDAPHTGMDLRMLCIYGAKE
RRVEEFEELAGRAGLRVVAVHPAGPSAIIQMSAV
selected fasta
>putative O-methyltransferase [O-methyltransferase]
GTGTTGGGCGATGAGGACGGCAAGGCCGCCGAGCTGTGGTCGATGGCGAACCTGGGTACA
CCGATGGCCGTGCGCGTCGCGGCGACCCTGCGCATCGCCGACCACATCACGGCCGGAGCG
CACACCGCCGGCGAAATCGCCGAAGCGGCCGCCGTGCACGAGGAATCCCTCGACCGGCTG
CTGCGCTACCTCACCGTCCGGGGCCTGCTGGACCGTGACGGGCTCGGCCGGTACACGCTG
ACCCCCCTGGGCCGGCCGCTGTGCGAGGACCACCCCGCCGGCGTCCGGGCCTGGTTCGAC
ATGGAGGGAGCGGGGCGGGGCGAGCTGTCGTTCGTCGACCTGCTGCACAGCGTACGGACC
GGGAAGGCCGCCTTCCCCCTGCGCTACGGCCGCCCCTTCTGGGAGGACCTGGCGGAGGAC
CCCCGCCGCGCGGAGTCCTTCAACCGGCTGCTCGGCCAGGACGTCGCCACTCGCGCCCCG
GCCGTGGTGGCCGGCTTCGACTGGGCGAGCACCGGTCATGTCATCGACCTCGGAGGCGGC
GACGGCTCCCTGCTGACCGCACTGCTGACCGCCTGTCCGTCACTGCGCGGCACGGTCCTG
GACCTGCCCGAAGCGGTGCAGCGTGCCAAGGAGTCGTTCGCCGTGTCCGGACTGGACGAC
CGGGCGAACGCGGTCGCGGGCAGCTTCTTCGACGCCCTCCCCGCCGGCGCGGGCGCCTAC
GTCCTGTCCCTGGTCCTGCACGACTGGGACGACGAGGCGTCCGTCGCGATCCTGCGGCGC
TGCGCCGAGGCGGCGGGGCAGACGGGATCGGTGTTCGTCATCGAGTCGACCGGCTCGGCG
GGGGACGCCCCGCACACAGGTATGGACCTGCGCATGCTGTGCATCTACGGAGCCAAGGAG
CGCCGCGTGGAGGAGTTCGAGGAACTCGCCGGCCGGGCCGGGCTCCGGGTCGTCGCCGTC
CACCCCGCGGGCCCTTCCGCGATCATCCAGATGTCCGCGGTCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[74-310] 1.6e-50 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[20-84] 2.1e-13 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[1-332] 2.00000075217456e-12 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00350 C1027_00350   C1027_00370 C1027_00370
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