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Vanco_00010 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction175 / 1,215 / + [in whole cluster]
175 / 1,215 / + [in contig]
Location175..1215 [in whole cluster]
175..1215 [in contig]
TypeCDS
Length1,041 bp (346 aa)
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Category4.4 resistance
Productputative D-lactate dehydrogenase
Product (GenBank)D-lactate dehydrogenase
Gene
Gene (GenBank)vanH
EC number
Keyword
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、報告論文なし。
Related Reference
ACC
O33805
NITE
A4793_00310
PmId
[10387095] Molecular mechanism of VanHst, an alpha-ketoacid dehydrogenase required for glycopeptide antibiotic resistance from a glycopeptide producing organism. (Biochemistry. , 1999)
comment
BLAST id72%
Streptomyces toyocaensis NRRL 15009_DLDHStoy
D-lactate dehydrogenase

abstract:
vancomycin耐性酵素VanHはalpha-ketoacid dehydrogenaseであり、pyruvateをdepsipeptide D-alanine-D-lactateの合成に必要なD-lactateへと立体特異的に還元する。

Streptomyces toyocaensis NRRL 15009由来 VanH homologue VanHstがE.coliで過剰発現、精製され、その基質特異性とメカニズムがsteady-state kinetic methods と site-directed mutagenesisによって探索された。

VanHstはpyruvate還元で高く効率的で、VRE由来VanHよりも制限されたalpha-ketoacid基質特異性を持つ。NADPHを好むVRE由来VanHと異なり、NADH and NADPHの間の優先度を示さない。

触媒や結合に関する残基も示されている。
ACC
Q05709
PmId
[1931965] ( , )
[1503450] ( , )
[9605319] ( , )
comment
BLAST id60%
Enterococcus faecium BM4147_vanH
D-specific alpha-keto acid dehydrogenase (EC 1.1.1.-)

---
[PMID:1931965](1991) abstract
VanHをD-specific alpha-keto acid dehydrogenaseとして特徴づけし、Leuconostoc mesenteroides and Lactobacillus leichmanii由来D-lactate dehydrogenasesと比較している。

合成修飾されたpeptidoglycan類似体N-acetyl-D-alanyl-D-2-hydroxybutyrateのvancomycin結合定数は、N-acetyl-D-alanyl-D-alanineの結合定数より1000倍以上高い。

---
[PMID:1503450](1992)
vanHが挿入不活化された株の培地にDL-lactateを加えるとvancomycin耐性が回復した。

---
[PMID:9605319](1998)
vanHをthioredoxin fusion proteinとして発現、精製し、kinetic studies and crystallization trialsに使用。
ACC
R4SKG0
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id80%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_ldhA(AORI_1471)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1471(vanH): D-lactate dehydrogenase

このORFに関しては配列解析のみ。

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selected fasta
>putative D-lactate dehydrogenase [D-lactate dehydrogenase]
MTYSEPAPAADSRTRSLASASSSAVLAMGITIYGCGQDEAALFREMAPRFGVLPTIVDAP
VSEANIDLVAGNRCISVGHKNRITNSTLRALSEAGVVYVSTRSIGFNHIDVDYAASVGIT
VGNVSYSPDSVADFTLMLMLMAIRNAKSIIRRADVHDYRLQDVRGKELRDLTVGVIGTGR
IGVAVLQRLRGFGCEVLAYDKYPQADADYVALDELLRRSDIVTLHAPLDADTHHLLDRHK
IEEMKHGAFVINTGRGALIETEALIAALDSGKLGGAALDVVEGEEGIFYADCSDKAIDSK
PLLRLQELPNVLISPHTAYYTDHALSDTVENSIVNCLKFESGKQHG
selected fasta
>putative D-lactate dehydrogenase [D-lactate dehydrogenase]
ATGACCTACAGCGAACCAGCACCGGCCGCGGACAGCCGCACGCGTTCGCTGGCGTCCGCG
TCCTCCTCGGCCGTCCTGGCAATGGGGATCACGATTTACGGATGCGGACAGGACGAGGCC
GCCTTGTTCCGGGAGATGGCACCCCGTTTCGGTGTGCTGCCCACCATCGTGGACGCGCCG
GTATCCGAGGCCAATATCGATCTGGTGGCCGGAAACCGGTGCATCAGTGTGGGTCACAAG
AATCGAATCACGAACTCCACGCTTCGCGCGCTCAGCGAGGCGGGCGTGGTGTATGTCTCC
ACGAGGAGCATCGGGTTCAACCATATCGACGTGGACTACGCCGCGAGCGTCGGTATCACC
GTCGGAAACGTCTCCTATTCGCCGGACAGTGTCGCCGACTTCACGTTGATGCTGATGCTG
ATGGCGATCCGGAACGCGAAATCCATCATCCGCAGGGCGGATGTGCACGACTACCGGCTG
CAGGACGTACGCGGGAAAGAACTGCGCGATCTGACGGTCGGCGTGATCGGCACCGGGCGC
ATCGGCGTCGCTGTCCTCCAACGACTTCGAGGCTTCGGCTGCGAGGTGCTGGCCTACGAC
AAGTACCCCCAGGCCGACGCCGATTACGTTGCCCTCGACGAATTGCTGCGGCGGAGCGAC
ATCGTCACGCTCCATGCCCCACTCGACGCGGATACCCACCATCTCCTCGATCGTCACAAG
ATCGAGGAGATGAAGCACGGCGCGTTCGTCATCAACACGGGACGCGGTGCGCTGATCGAA
ACCGAGGCCCTCATCGCGGCCTTGGACAGCGGCAAACTGGGCGGTGCGGCGCTCGATGTC
GTCGAAGGAGAGGAAGGGATTTTCTACGCCGACTGCAGCGACAAGGCCATCGACAGCAAG
CCGTTGCTGCGGTTGCAGGAGCTGCCGAACGTGCTCATCAGTCCGCATACCGCCTATTAC
ACGGATCACGCACTGAGTGACACCGTTGAAAACTCTATCGTCAATTGCCTGAAATTTGAA
AGCGGGAAACAGCATGGGTAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006139 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain (Domain)
[37-344] 2.2e-18 PF00389
PF00389   2-Hacid_dh
IPR006140 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (Domain)
[244-260] PS00671
PS00671   D_2_HYDROXYACID_DH_3
[136-318] 5.4e-54 PF02826
PF02826   2-Hacid_dh_C
[215-237] PS00670
PS00670   D_2_HYDROXYACID_DH_2
[173-200] PS00065
PS00065   D_2_HYDROXYACID_DH_1
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[28-143] 1.5e-23 G3DSA:3.40.50.720 [144-318] 1.4e-55 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   no description
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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