Vanco_00110 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction36,911 / 37,120 / + [in whole cluster]
36,911 / 37,120 / + [in contig]
Location36911..37120 [in whole cluster]
36911..37120 [in contig]
TypeCDS
Length210 bp (69 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category1.4 Other
ProductMbtH-like protein
Product (GenBank)putative MbtH like protein
Gene
Gene (GenBank)ORF127
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[21826462] Function of MbtH homologs in nonribosomal peptide biosynthesis and applications in secondary metabolite discovery. (J Ind Microbiol Biotechnol. , 2011)
[21890635] Role of MbtH-like proteins in the adenylation of tyrosine during aminocoumarin and vancomycin biosynthesis. (J Biol Chem. , 2011)
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。

---
[PMID: 21826462](2011)
mbtH homologsに関するレビュー。
いくつかのケースで、MbtH-like proteinsはそれらの同族ペプチドの生合成に必要とされ、非同族MbtH-like proteinsは部分的に相補的であることが示されている。
いくつかのMbtHタンパク(PacJなど)はアデニル化反応を促進することが生化学的に示されている。

Q8RN06の配列AAL90876は、vancomycin clusterのmbtH homologsとして配列解析に使用されている。

---
[PMID: 21890635](2011)
aminocoumarin抗生物質やグリコペプチド系抗生物質の生合成において、Tyrアデニル化酵素はその活性にモル比率1:1のMbtH-like proteinを必要とする。

MbtH-like proteinとして使用されているOrf1vanがこのORFに相当する。対応するTyrアデニル化酵素として使用されているのは、Chloroeremomycin cluster geneのPCZA361.18(Chlor_00200)である。
Related Reference
ACC
R4SKG8
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id88%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_mbtH(AORI_1481)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1481(mbtH): MbtH protein

mbtHに関しては配列解析のみ。
ACC
Q939Y8
NITE
Balhi_00100
PmId
[11932455] Nonribosomal biosynthesis of vancomycin-type antibiotics: a heptapeptide backbone and eight peptide synthetase modules. (Microbiology. , 2002)
[16907743] The small MbtH-like protein encoded by an internal gene of the balhimycin biosynthetic gene cluster is not required for glycopeptide production. (FEMS Microbiol Lett. , 2006)
[21826462] Function of MbtH homologs in nonribosomal peptide biosynthesis and applications in secondary metabolite discovery. (J Ind Microbiol Biotechnol. , 2011)
comment
BLAST id88%
Amycolatopsis balhimycina
Putative uncharacterized protein
orf1に相当するentry.

---
[PMID: 11932455](2002)
balhimycin生合成gene clusterにおけるbpsA, bpsB, bpsC, bpsD, orf1の同定。

orf1については配列解析のみ。orf1とそれに似たタンパクをコードする遺伝子はNRPSをコードするclusterにあり、bpsC/orf1は翻訳共役される。よって非リボソーム生合成での関与が示唆される。

---
[PMID: 16907743](2006)
orf1は、ほとんどすべてのNRPS生合成gene clustersにおいて同定されるmbtH-like geneである。すべてのグリコペプチド生合成gene clustersにおいて、orf1-like geneはいつもNRPSの最後のmoduleをコードする遺伝子の下流に位置する。

orf1 deletion mutantはbalhimycin産生に影響しなかった。これはOrf1がNRPSや複合体の安定化に関与しているからか、A. balhimycina染色体上に少なくともあと2つあるOrf1-like proteinが代替しているせいかもしれない。

---
[PMID: 21826462](2011)
mbtH homologsに関するレビュー。
orf1についても述べられ、配列解析に使用されている。
ACC
Q50EC7
PmId
comment
BLAST id68%
Streptomyces filamentosus (Streptomyces roseosporus)_dptG

DaptomycinはA21978C family天然産物の環状lipopeptideである。
ΔdptGHIJ mutantの相補実験でdptGHIJすべての存在がA21978Cの最大産生に必要とされることから、dptGはA21978Cの生合成でプラス効果を持つようだと述べている。
ACC
Q8GHC8
PmId
[21890635] Role of MbtH-like proteins in the adenylation of tyrosine during aminocoumarin and vancomycin biosynthesis. (J Biol Chem. , 2011)
comment
BLAST id62%
Streptomyces roseochromogenes subsp. oscitans_cloY
MbtH-like protein
clorobiocin生合成遺伝子

---
[PMID: 17464055](2007)
cloYのin-frame deletion株を作製。
宿主大腸菌のMbtH-like proteinも不活性化させ完全に欠損させるとclorobiocin合成は劇的に減少した。相補実験もされており、CloY(MbtH-like protein)は二次代謝産物生合成に関与することを示した。

また、宿主が持つMbtH-like proteinが相補できることから、異なるmbtH-like genesはお互いに機能を補えることも示した。CloYは、clorobiocin moleculeの3-amino-4,7-dihydroxy-coumarin moietyの形成を特異的に要求すると考察。

---
[PMID: 21890635](2011)
aminocoumarin抗生物質やグリコペプチド系抗生物質の生合成において、Tyrアデニル化酵素はその活性にモル比率1:1のMbtH-like proteinを必要とする。
ACC
E2EKP2
PmId
comment
BLAST id47%
Streptomyces coeruleorubidus_pac10(pacJ)
MbtH domain-containing protein
ACC
A0A0A0V1G6
PmId
comment
BLAST id89%
Amycolatopsis orientalis_vcm11
MbtH-like protein

vancomycin生合成gene clusterにおけるmbtH-like gene (vcm11)のdeletionはvancomycin産生を完全に廃止し、その相補株はvancomycin産生のほぼ完全な回復を示した。
同族(Vcm11)と非同族(CloY)のMbtH-like proteinの過剰発現で、vancomycin産生が増加した。

close this sectionSequence

selected fasta
>MbtH-like protein [putative MbtH like protein]
MTNPFDNEDGSFFVLVNDEGQHSLWPSFAEVPSGWTRVLGETTRQECLAYVEENWTDLRP
KSLIQEAGA
selected fasta
>MbtH-like protein [putative MbtH like protein]
ATGACCAACCCCTTCGACAACGAAGACGGTTCCTTTTTCGTTCTGGTCAACGACGAGGGG
CAGCACTCCCTGTGGCCGTCCTTCGCCGAGGTGCCGTCGGGCTGGACCCGGGTGCTCGGC
GAGACCACCCGCCAGGAATGCCTCGCCTATGTCGAGGAGAACTGGACGGACCTCCGGCCG
AAGAGCCTCATCCAGGAAGCGGGCGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09
show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005153 MbtH-like protein (Domain)
 [3-53]  1.79999754022375e-35 SM00923
SM00923   MbtH
 [1-53]  1.8e-29 PF03621
PF03621   MbtH
IPR015166 Protein of unknown function DUF1922 (Family)
 [11-66]  7.90000000000001e-30 G3DSA:3.90.820.10
G3DSA:3.90.820.10   DUF1922
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Page top