Teicp2_00290 : CDS information

Location

Organism	Actinoplanes teichomyceticus
Strain	ATCC 31121 (=NBRC 13999)
Entry name	Teicoplanin
Contig	AJ605139
Start / Stop / Direction	56,063 / 57,259 / + [in whole cluster] 56,063 / 57,259 / + [in contig]
Location	56063..57259 [in whole cluster] 56063..57259 [in contig]
Type	CDS
Length	1,197 bp (398 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	cytochrome P450
Product (GenBank)	OxyB protein
Gene	tcp20 oxyB
Gene (GenBank)	tcp20
EC number
Keyword	1st cross-linking C-O-D ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q70AY8 PmId [11386360] Teicoplanin biosynthesis genes in Actinoplanes teichomyceticus. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000) [14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004) [25686610] X-domain of peptide synthetases recruits oxygenases crucial for glycopeptide biosynthesis. (Nature. , 2015) [26549530] Sequential In Vitro Cyclization by Cytochrome P450 Enzymes of Glycopeptide Antibiotic Precursors Bearing the X-Domain from Nonribosomal Peptide Biosynthesis. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2015) [27213615] Regulation of the P450 Oxygenation Cascade Involved in Glycopeptide Antibiotic Biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2016) comment [PMID: 11386360, 14702401] ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tcp ORF20: OxyB, cross-linking aa 4-6 balhimycin生合成cluster gene(OxyB)と高い相同性があることから、AA4-6間の架橋形成が割り当てられている。 --- [PMID: 25686610](2015) SUPPLEMENTARY INFORMATION内のリストでATCC 31121株由来UniProt entryの記載があるが、同グループの他論文(PMID: 20974107, 25358800, 25586301)ではDSM43866株を使用してATCC 31121株由来のgene nameを採用している混乱があるため、同様の可能性あり。 X-domainの結晶構造解析や相互作用の実験から、X-domainがcytochrome P450(oxy genesでコードされる)による架橋形成に関与することがわかった。OxyA-CはX-domainと相互作用するが、OxyEはしない。OxyAとOxyBによる架橋形成には、X-domainを含む基質を必要とする。 --- [PMID: 26549530](2015) abstract + supporting information PMID: 25686610の続報。同様にsupporting informationでこのUniProt entryの記載あり。その他タンパクもATCC 31121株のentriesを採用している。
Related Reference	ACC Q6ZZI6 NITE Teicp_00220 PmId [15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004) [25358800] Cytochrome P450 OxyBtei catalyzes the first phenolic coupling step in teicoplanin biosynthesis. (Chembiochem. , 2014) comment [PMID: 15113000](2004) DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tei orf7: P450 monooxygenase 遺伝子破壊実験がなされているbalhimycin生合成genesとの配列比較から、Orfs 5, 7, 9 はそれぞれ OxyA, OxyB, OxyC に関連があり、残基2-4, 4-6, 5-7間の架橋を担うと提唱している。 --- [PMID: 25358800](2014) DSMZ 43866株を使用しているが、gene nameはATCC 31121株由来のtcp20を採用している。 OxyBをコードするtcp20とPCP7 domainをクローニング、発現し、特徴づけをしている。代替ペプチド基質にも寛容なvancomycinのOxyBと違い、teicoplaninタイプのペプチドを強く好む。
Related Reference	ACC Q8KLL9 NITE A4793_00070 PmId [17884639] The biosynthesis of teicoplanin-type glycopeptide antibiotics: assignment of p450 mono-oxygenases to side chain cyclizations of glycopeptide a47934. (Chem Biol. , 2007) comment BLAST id82% Streptomyces toyocaensis StaH teicoplanin-type glycopeptide A47934生合成cluster gene 架橋形成に関するP450 monooxygenasesの調査。 mutants(ΔstaF, ΔstaG, ΔstaH, ΔstaJ）に蓄積した中間体の解析により、各架橋形成は特異的なoxygenaseへ明白に割り当てられ、環化の順番も決定された。 1) C-O-D by StaH 2) F-O-G by StaG 3) D-O-E by StaF 4) AB by StaJ

Sequence

>cytochrome P450 [OxyB protein]
MSGDGSPPIHTRRQGFDPADELRAAGTLTKISIGSGADAETTWLAAGHAVVRQVLGDHKR
FSTRRRFDRRDEIGGTGVFRPRELVGNLMDYDPPEHTRLRHLLTPGFTQRRMRRLAPRIE
EIVTDRLDAMEQAGPPADLIELFADEVPGAVLCELIGVPRDDQAMFLQLCHRHLDASLSA
RKRAAAGEAFARYLVAMMARERKDPGDGFIGSIVAEHGDTITDEELRGVCVQLMLAGDDN
VSGMIGLGVLALLRHPEQIAALRGDDQSADRAVDELIRYLTVPYAPTPRTAVEDVMVADQ
VIKEGETVLCSLPMANRDRALLPDADRLDVTRTPVPHVAFGHGIHHCLGAALTRLQLRIA
YTALWRRFPALQLADPAQEIMFRTSTPAYGLTSLLVAW

>cytochrome P450 [OxyB protein]
TTGAGTGGTGACGGCTCGCCTCCGATCCACACCCGCCGGCAGGGTTTCGATCCGGCCGAC
GAACTGCGCGCCGCCGGAACGCTGACGAAGATTTCCATCGGCTCCGGAGCGGACGCCGAG
ACCACCTGGCTGGCGGCCGGGCACGCCGTCGTGCGCCAGGTTCTGGGCGATCACAAGCGA
TTCAGCACCCGGCGCCGCTTCGACCGACGTGACGAGATCGGCGGGACGGGCGTCTTCCGC
CCGCGTGAGCTGGTCGGCAACCTGATGGACTACGACCCACCGGAGCACACCCGGCTCCGG
CACCTGCTGACCCCGGGATTCACCCAGCGCCGGATGCGTCGTCTGGCGCCGCGCATCGAA
GAGATCGTGACCGACCGCCTCGACGCCATGGAGCAGGCGGGGCCGCCGGCGGACCTGATC
GAGCTGTTCGCCGACGAGGTGCCCGGAGCCGTGCTGTGCGAGCTGATCGGAGTACCCCGC
GACGATCAGGCCATGTTCCTGCAGCTGTGTCACCGGCATCTCGACGCCTCGCTGAGTGCC
AGGAAACGGGCGGCCGCCGGGGAGGCGTTCGCCCGCTACCTGGTGGCCATGATGGCCAGG
GAACGCAAGGACCCCGGCGACGGGTTCATCGGCTCGATCGTCGCCGAACACGGCGACACG
ATCACGGATGAGGAGCTGAGAGGCGTCTGTGTGCAGCTGATGCTGGCCGGTGACGACAAC
GTCTCCGGCATGATCGGGCTGGGGGTGCTGGCGTTGCTGCGACATCCCGAGCAGATCGCC
GCGTTGCGCGGGGACGATCAGTCGGCGGATCGAGCTGTCGACGAGCTGATCCGGTACCTG
ACGGTCCCATACGCCCCGACACCGCGGACCGCCGTGGAGGACGTCATGGTTGCCGACCAG
GTGATCAAGGAGGGCGAGACGGTTCTCTGCTCTCTCCCGATGGCCAACCGTGACCGCGCC
CTGCTGCCGGATGCCGACCGCCTCGACGTGACCCGTACGCCCGTTCCGCATGTCGCGTTC
GGACACGGTATCCATCACTGTCTGGGCGCCGCTCTGACGCGCCTGCAACTGCGAATCGCC
TATACCGCCCTGTGGCGGCGCTTTCCCGCTTTGCAACTGGCGGACCCCGCCCAGGAAATA
ATGTTCCGGACGAGTACCCCGGCGTATGGATTAACCAGTCTGCTGGTTGCCTGGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001128 Cytochrome P450 (Family) G3DSA:1.10.630.10 Cyt_P450 SSF48264 Cytochrome_P450 PF00067 p450 IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family) PR00359 BP450 IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site) PS00086 CYTOCHROME_P450
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Teicp2_00280 Teicp2_00300