Teicp2_00480 : CDS information

Location

Organism	Actinoplanes teichomyceticus
Strain	ATCC 31121 (=NBRC 13999)
Entry name	Teicoplanin
Contig	AJ605139
Start / Stop / Direction	82,573 / 83,325 / + [in whole cluster] 82,573 / 83,325 / + [in contig]
Location	82573..83325 [in whole cluster] 82573..83325 [in contig]
Type	CDS
Length	753 bp (250 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative type II thioesterase
Product (GenBank)	thioesterase
Gene
Gene (GenBank)	tcp39
EC number
Keyword	type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q6ZZG3 PmId [14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004) comment ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tcp ORF39: Type II thioesterase 配列解析のみ。ORF39はmisprimed or misacylated T domainsを加水分解するtype II thioesteraseをコードする。
Related Reference	ACC Q6ZZG3 NITE Teicp_00450 PmId [15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004) comment ATCC 31121株でのtcp ORF39とAA配列完全一致。 UniProt同一entry. --- DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tei orf30: Type II thioesterase 配列解析のみ。type II thioesterasesのhomologであるOrf30は、NRPSsのmisprimingを減らすことに関与するかもしれない。
	ACC Q7BUF9 NITE Rifam_00540 PmId [19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009) comment BLAST id41% Amycolatopsis mediterranei_rifR RifR [Rifam_00540]type II thioesterase RifRは、acyl-CoAsよりもacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsを加水分解する(Steady-state kinetics)。 helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。 RifRがCoA基質よりACP基質への反応を好むことは、type II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。
	ACC Q9ZGI1 NITE Pikro_00070 PmId [9770448] A gene cluster for macrolide antibiotic biosynthesis in Streptomyces venezuelae: architecture of metabolic diversity. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1998) [10421766] Elucidating the mechanism of chain termination switching in the picromycin/methymycin polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) [10676969] Alternative modular polyketide synthase expression controls macrolactone structure. (Nature. , 2000) [10713461] Genetic architecture of the polyketide synthases for methymycin and pikromycin series macrolides. (Gene. , 2000) [11223265] The Streptomyces venezuelae pikAV gene contains a transcription unit essential for expression of enzymes involved in glycosylation of narbonolide and 10-deoxymethynolide. (Gene. , 2001) [12368286] Biochemical evidence for an editing role of thioesterase II in the biosynthesis of the polyketide pikromycin. (J Biol Chem. , 2002) comment BLAST id35% Streptomyces venezuelae_pikAV [Pikro_00070]type II thioesterase --- [PMID: 9770448](1998) 12員環骨格を持つMethymycin and Neomethymycinと、14員環骨格を持つNarbomycin and Pikromycinの生合成で共有されるclusterの同定。 PikAV: TEII pikAV deletion/replacement mutantはmethymycin, neomethymycin or pikromycinを、wild-type S.venezuelaeと比べて5%以下しか産生しなかった。それらの中間体である10-deoxymethynolide or narbonolideの蓄積も検出されなかった。 --- [PMID: 10421766](1999) pikAI-AIVをS. lividansで異種性発現し、12員環前駆体10-deoxymethynolideと14員環前駆体narbonolideの産生を確認。Pik TEII thioesterase(pikAV)も同時に発現させると産生レベルは増加するが、2つの化合物の比率は変わらない。 --- [PMID: 10676969](2000) PikAIVのTE domain, TEII gene(pikAV)に関するmutantを作成。 TEII 単独ではpolyketide終結に十分でない。 --- [PMID: 10713461](2000) ・12員環＋14員環マクロライドを産生するS. venezuelae ATCC 15439 ・主に12員環マクロライドを産生するS. venezuelae ATCC 15068 ・14員環マクロライドのみを産生するS. narbonensis ATCC 19790 の3株のPKSの配列解析から、その産生調節の違いを検討している。 S. venezuelae ATCC 15439のpik clusterの5つの遺伝子座のうちPKSのpikAをシークエンスし、遺伝子構成を示している。 pik TEII 単独ではpolyketide鎖長を決定する因子になりえない。 --- [PMID: 11223265](2001) pikAV in-frame deletionするとaglycone formだがpolyketide産物量は正常のまま。このdeletion株にdesVIII-VI and desRをplasmidで発現させると、機能的なPikAVはなくてもglycosylated products産生を完全に回復。したがって、PikAV TE II はpolyketide生合成において重要な役割をしておらず、削除されたpikAV DNAの領域はdes genesの発現のために必須の転写unitを含む。 --- [PMID: 12368286](2002) 精製されたrecombinant TEIIでvitro enzyme assays. TEII(PikAV)はacyl-ACP thioestersを加水分解できる。長い半減期をもつ異常なacyl-ACP種を優先的に取り除く。
	ACC Q9LAS9 PmId [12055297] Type II thioesterase from Streptomyces coelicolor A3(2). (Microbiology. , 2002) comment BLAST id35% Streptomyces coelicolor A3(2)_scoT Thioesterase II Streptomyces coelicolor A3(2)におけるtype I PKS genes cluster中に存在するtype II thioesterases (TE IIs), scoTに関する文献。tylO(thioesterase II) mutantをscoTが相補すること(macrolideを産生)が示されており、tylOと同等の機能を持つことが示されている。

Sequence

>putative type II thioesterase [thioesterase]
MPVPWFSAPRPLAAPRLRLVCFPYAGGNAATYRSWAGLLPPGVELVAALLPGRAERLDEP
PLVDLDVLLSELVAAAGPLLGPVPLILFGHSLGATVAYEFGRALATEHGCVPAALLVSGA
PAPPVRRRRTGRGLSDDDLERILGKRTDLPAGWLTAELKPFVFPALRADLQLLDGYRWRP
GPLPGVPVVAFGGDADPDVSAADLRAWQRCTTGPARTHVLAGDHFFIAHQPFRELLAATV
GEFAASPIAR

>putative type II thioesterase [thioesterase]
ATGCCCGTACCTTGGTTCAGCGCGCCGCGCCCGCTCGCGGCCCCACGGTTGCGGCTGGTC
TGTTTCCCGTACGCCGGGGGCAACGCCGCCACCTACCGCTCCTGGGCCGGACTCCTGCCG
CCCGGGGTGGAGCTGGTCGCCGCGCTGCTGCCCGGCCGCGCCGAGCGCCTCGACGAGCCG
CCCCTGGTGGATCTGGACGTGCTGCTGTCCGAGCTGGTGGCGGCGGCCGGCCCGCTGCTC
GGCCCGGTCCCGCTGATCCTGTTCGGACACAGCCTCGGCGCGACCGTCGCGTACGAGTTC
GGCCGCGCCCTGGCCACCGAGCACGGTTGCGTGCCCGCGGCCCTGCTGGTCTCCGGCGCC
CCGGCGCCCCCGGTGCGCCGGCGCCGCACCGGCCGCGGCCTCTCCGACGACGACCTCGAA
CGGATCCTGGGCAAACGCACCGATCTCCCGGCCGGGTGGCTGACCGCCGAGCTCAAGCCG
TTCGTGTTCCCGGCCCTGCGGGCCGACCTGCAGCTGCTCGACGGCTACCGCTGGCGGCCC
GGCCCGCTTCCCGGCGTGCCGGTGGTCGCCTTCGGCGGGGATGCCGATCCGGACGTGTCC
GCCGCCGATCTGCGGGCGTGGCAGCGGTGCACGACCGGCCCGGCCCGCACCCACGTGCTG
GCCGGCGACCATTTCTTCATCGCGCACCAACCGTTCCGCGAGCTTCTCGCCGCCACGGTG
GGCGAGTTCGCCGCCAGCCCGATCGCCCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001031 Thioesterase (Domain) PF00975 Thioesterase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Teicp2_00470 Teicp2_00490