Lydi_00010 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	TP-A0598 (=NBRC 110027)
Entry name	Lydicamycin
Contig	BBNO01000003part
Start / Stop / Direction	1,413 / 1 / - [in whole cluster] 1,413 / 1 / - [in contig]
Location	complement(1..1413) [in whole cluster] complement(1..1413) [in contig]
Type	CDS
Length	1,413 bp (470 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative carboxylic acid--CoA ligase putative acyl-CoA synthetase
Product (GenBank)	acyl-CoA synthetase
Gene	TPA0598_03_00650
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A0A0P4R3M5 PmId [26380643] Draft genome sequence of marine-derived Streptomyces sp. TP-A0598, a producer of anti-MRSA antibiotic lydicamycins. (Stand Genomic Sci. , 2015) comment Streptomyces sp. TP-A0598におけるputative lydicamycin biosynthetic gene clusterの報告。このclusterが実際にlydicamycin産生に関わるかどうかの実験的な確認はされていない。 TPA0598_03_00650(473aa): acyl-CoA ligase ECO-02301生合成gene clusterでのstarter 4-aminobutyryl-CoA(γ-aminobutyryl-CoA)形成に割り当てられたORFsと比較し、amidinohydrolaseに相当するORFだけが存在しないことから、このclusterでのpolyketide組み立てにおけるstarterは4-guanidinobutyryl-CoAであると提唱している。配列解析のみ。
Related Reference	ACC Q52V65 PmId [15844935] ( , ) comment BLAST id72% Streptomyces aizunensis Acyl CoA ligase ORF26に相当するentry ゲノムマイニングを利用したStreptomyces aizunensis NRRL B-11277からの新規抗真菌抗生物質ECO-02301の分離同定。 4つのORFs(18, 26, 27, 32) は、arginine → γ-aminobutyryl-CoAへと変換し、活性化されたγ-aminobutyryl-CoAをPKSシステムのLMのACP domainにロードする能力のある酵素をコードする遺伝子であると述べられている。これら遺伝子については配列解析のみ。 arginine ↓ ORF27: amine oxidase ↓ ORF26: acyl-CoA ligase ↓ ORF32: amidinohydrolase γ-aminobutyryl-CoA ↓ ORF18: transacylase starterとしてPKS LM(module 0)のACPへ付加される。
Related Reference	ACC Q52V67 PmId [15844935] ( , ) [20394362] ( , ) comment BLAST id29% Streptomyces aizunensis Acyl CoA ligase ORF35に相当するentry [DoBISCUIT]5-aminolevulinate--CoA ligase (5-aminolevulinyl-CoA synthetase) --- [PMID: 15844935](2005) ゲノムマイニングを利用したStreptomyces aizunensis NRRL B-11277からの新規抗真菌抗生物質ECO-02301の分離同定。 ORF35は、ORF34によって形成された5-aminolevulinateをCoA esterにするacyl-CoA ligaseである、と配列解析から述べられている。 --- [PMID: 20394362](2010) C(5)N形成とそのアミド結合に関与するORF33-35の詳細解析。 ORF35は5-aminolevulinate(ALA)を基質とし、ALA-AMPを経てALA-CoAへと変換するacyl-CoA ligaseとして機能できることが確認されている。ALAよりも中鎖FAに基質特異性が高く、これはORF35の祖先がFA acyl-CoA ligaseであることを示すかもしれないとのこと。
Family/Domain	FD IPR000873 comment [IPR000873] AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)

Sequence

>putative carboxylic acid--CoA ligase [acyl-CoA synthetase]
MNAKIFAPDSVRTLSEFEHDALRIAQVLGERGVGPGDRVMLKAGNSPAWVATLLGLMHIG
ASIVLVDQQEHAEPTRRIILRTGTKLVLSDEDSPLDSSQEAVHLYELLVSAAGRQVADER
LTVDTWCELPDGLIMWTSGSTGTPKGVVKSGRKFLKNLERNAAQVGHREDDVLLPLLPFA
HQYGLSMVLIAWLKRCSLVIAPYRRLDRALRMAEESGVTVIDATPSSYRSMLNLASRKPS
LRPGLARARMFCVGAAPLDDPLVGQYEAEFGRPLLDSYGSTELGNIAFATPDNPVACGQA
MDGIQVRVVDDEGRTVPTGEPGEVEVNTPDALEGYLAEDGTLQPAPQGWQRTGDLGRLDA
DGNLIVLGRKYAVHRKGYTLYPELIERSVASQGCSVRIVALPDERRGAQLVFFVEDDEGQ
EDAYWRERLCGMLAAYEHPDRVVVLEHFPLNRNGKPDKRQLEHLARARGR

>putative carboxylic acid--CoA ligase [acyl-CoA synthetase]
GTGAACGCAAAGATCTTTGCCCCTGACTCGGTGCGGACCCTGTCCGAATTCGAGCACGAC
GCACTCCGCATCGCGCAGGTGCTCGGCGAGCGGGGCGTCGGCCCCGGGGACCGGGTCATG
CTCAAGGCCGGCAACTCGCCCGCCTGGGTGGCCACGCTGCTCGGGCTGATGCACATAGGC
GCCTCGATCGTGCTGGTCGACCAGCAGGAGCATGCGGAGCCGACGCGCAGGATCATCCTG
CGGACCGGTACCAAGCTGGTCCTCAGTGACGAGGACTCGCCGCTCGACAGCAGCCAGGAG
GCCGTGCACCTCTACGAGTTGCTGGTGTCCGCCGCCGGCCGGCAGGTCGCGGACGAGCGG
CTGACCGTCGACACCTGGTGCGAGCTCCCCGACGGCCTGATCATGTGGACCTCCGGCTCG
ACCGGCACCCCCAAGGGCGTGGTCAAGTCCGGCCGCAAGTTCCTGAAGAACCTCGAACGG
AACGCCGCGCAGGTCGGGCACCGGGAGGACGACGTCCTGCTGCCGCTGCTGCCGTTCGCC
CACCAGTACGGCCTCTCCATGGTGCTGATCGCCTGGCTGAAACGGTGCTCGCTGGTGATC
GCCCCGTACCGGCGGCTGGACCGCGCGCTGCGGATGGCGGAGGAGTCGGGGGTCACGGTC
ATCGACGCCACGCCCTCCAGCTACCGCAGCATGCTCAACCTCGCCTCGCGGAAGCCGAGT
CTGCGCCCCGGGCTGGCGCGGGCGCGGATGTTCTGCGTCGGCGCGGCGCCGCTGGACGAT
CCGCTGGTCGGCCAGTACGAGGCGGAGTTCGGGCGGCCGCTGCTGGACAGCTACGGCAGC
ACGGAGCTGGGCAATATCGCCTTCGCGACACCGGACAACCCGGTGGCGTGCGGGCAGGCG
ATGGACGGTATCCAGGTGCGCGTCGTCGACGACGAGGGGCGGACGGTCCCCACGGGCGAG
CCCGGCGAGGTAGAGGTGAACACCCCTGACGCACTGGAGGGGTATCTCGCCGAGGACGGC
ACCCTCCAGCCCGCCCCCCAGGGCTGGCAGCGCACCGGCGATCTGGGCCGGCTCGACGCG
GACGGCAATCTCATCGTCCTCGGCCGCAAGTACGCGGTGCACCGCAAGGGTTACACCCTC
TACCCCGAACTGATCGAACGCAGCGTGGCGTCGCAGGGCTGCTCCGTCAGGATCGTCGCC
CTGCCCGACGAGCGGCGTGGCGCCCAGCTCGTCTTCTTCGTGGAGGACGACGAGGGCCAG
GAGGACGCGTACTGGCGCGAGCGGCTCTGTGGCATGCTGGCGGCCTACGAGCACCCCGAC
CGGGTCGTCGTGCTCGAACACTTCCCGCTCAACCGCAACGGCAAGCCGGACAAACGGCAG
TTGGAGCATCTCGCCCGAGCCCGCGGCCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain) PF00501 AMP-binding IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site) PS00455 AMP_BINDING
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

first Lydi_00020