DBRPとは
生物資源データプラットフォーム(略称:
DBRP
)は、NBRC(NITE)が2019年から運営する微生物のデータプラットフォームです。DBRPの表示はパソコンに最適化されておりますので、是非パソコンで「DBRP」を検索してご利用ください。
トップページ
https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/top
DBCLSが運営しているTogoTVでの紹介動画
NITE公式Youtubeでの紹介動画
DBRPの特徴
無料で利用可能
①データの検索・閲覧・ダウンロードに料金はかかりません。
②アカウントの登録も無料で可能です。
③データ登録も無料です。
日本語に対応
①日本語での検索が可能です。
②英語での検索も可能であり、同義語検索(※)にも対応しています。
※例)「ワイン」で検索すると、「wine」の検索結果も併せて表示
バイオ初心者から専門家まで
以下の例をはじめとして、用途に応じて幅広くお使いいただけます。
①バイオ初学者の学生
②専門家ほど詳しくない開発部門の方
③ベテランの研究者
他機関のデータも登載
NBRCが保有する生物資源のデータに加え、
企業・大学・公的機関等のデータも登載しています。(※)
※一部のデータには閲覧制限があり、閲覧には申請が必要です。
詳細は、
こちら
のページをご確認ください。
DBRPの利用規約・個人情報の取扱いについて
DBRPの利用規約・個人情報の取扱いについては、
こちら
をご覧ください。
DBRPでできること
生物資源に関連する情報をワンストップで利用可能
生物資源に関連する情報には、分離源や採取地などの情報、文献情報、物質の生産能といった生物の特性に関する情報、ゲノム情報などのオミックス情報等、様々な種類があり、これらの情報は様々なデータベースで公開されています。DBRPでは、情報をリンクづけし集約することで、生物の基本情報だけでなくその関連情報もワンストップで収集することができます。また、NBRCが保有する生物資源のデータだけでなく、企業・大学・公的機関等が登録しているデータも利用可能です。
日本語での検索が可能
DBRPでは、登録データの日本語化を推進しており、日本語での検索が可能です。また、微生物の特性、原産地、分離源について、日本語のカテゴリ画面を用意しています。例えば、微生物の特性の“乳酸菌”のタグをクリックすると、「乳酸菌に分類される微生物」の検索結果の一覧が確認できます。これにより、簡便に生物情報の検索・収集が可能です。
DBRPを介したビジネスマッチングが可能
DBRPは、微生物等の生物資源を使ってもらいたい機関と利用したい人とを結ぶ役割を担っております。多様な生物資源の情報をお探しの方は是非ともDBRPをお使いください。また、保有する貴重な生物資源の利活用やビジネス機会創出をお考えの方も、DBRPを介した情報提供を積極的にご活用下さい。DBRPでは、企業・大学・公的機関等からの
生物資源情報の登録
を受け付けております。データ登録についてのお問い合わせや、データ登録をご希望の方は、
お問い合わせフォーム
からご連絡ください。
登録データへの閲覧制限の設定が可能
DBRPでは、プロジェクトデータ等のデータの秘密保持に対応するため、特定のユーザーのみ閲覧可能な制限公開データの登録が可能です。制限公開データに該当するデータは、
登録プロジェクトリスト
をご覧ください。また、閲覧のために必要なお手続きにつきましては
制限公開データの閲覧手続き
をご覧ください。制限公開データの閲覧、登録についてのお問い合わせやご希望は、
お問い合わせフォーム
からご連絡ください。
塩基配列やアミノ酸配列の相同性検索が可能
DBRPでは、BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)を利用した塩基配列やアミノ酸配列の検索が可能です。独立行政法人 製品評価技術基盤機構(NITE)のバイオテクノロジーセンター(NBRC)が保有する微生物株(NBRC株)のゲノムや
NBRC株オンライン分譲依頼サービス
に掲載している遺伝子の塩基配列と、
微生物遺伝子機能検索DB(MiFuP)
に掲載しているCDS(タンパク質のコード領域)のアミノ酸配列、スクリーニング株(RD株)のリボソーマルRNA遺伝子配列に対して、相同性を検索することができます。
DBRPで得られる情報
DBRPでは、以下の10種類の情報を収録しており、各情報は、下図のとおり対応するその外の情報とリンクしています。各情報に掲載している項目は、ヘルプページで確認できます。 また、すべての情報をファイルとしてダウンロードすることができます。 加えて、
API
での情報取得も可能です。
微生物株情報を閲覧時の一例です。“*”マークかつ青枠が表示されている情報が現在閲覧している情報であり、
その情報にリンクしている情報の数が確認できます。
微生物株情報
微生物の培養培地や来歴などの情報です。微生物の保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。
微生物種情報
微生物の種の学名やシノニムなどの情報です。
NCBI Taxonomy database
から情報収集しています。
Taxonomy情報
微生物の分類情報です。
NCBI Taxonomy database
から情報収集しています。
微生物属性情報
微生物の特性(物質生産、薬剤耐性など)、原産地(国名、地名)、分離源(食品由来など)についての情報です。微生物の保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。
文献情報
微生物についての論文、学会要旨、特許の情報です。
NCBI PubMed
、
CiNii
、
J-PlatPat
、
Google Patents
、
astamuse
から情報収集しています。
解析情報
微生物の解析結果や画像などの情報です。解析情報の保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。
実験情報
微生物の解析を行った際の実験についての情報です。実験情報の保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。
プロジェクト情報
微生物のプロテオーム解析などのプロジェクトについての情報です。プロジェクト情報の保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。 プロジェクト情報の一覧は
登録プロジェクトリスト
、または
カテゴリページ
をご覧ください。
コレクション情報
微生物のコレクションについての利用条件、連絡先などの情報です。コレクションの保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。 コレクション情報の一覧は
登録コレクションリスト
、または
カテゴリページ
をご覧ください。 該当コレクションの生物資源の利用に関するお問い合わせはコレクション情報ページの連絡先まで御連絡ください。
提供機関情報
微生物のコレクションを提供している機関についての情報です。コレクションの保有機関からデータ提供を受けて掲載しています。