ヘルプ

はじめに
  1. DBRPの情報について

DBRP(Data and Biological Resource Platform)は、生物資源とその関連情報(生物の特性情報、オミックス情報など)が利用できるデータプラットフォームです。これにより、微生物名だけでなく、様々な観点から目的の微生物やその関連情報を検索することができます。また、様々な機関の生物資源データを登録することが可能で、逐次情報を追加する予定です。

詳しくはDBRPとはをご参照下さい。

検索の使い方について
  1. トップページについて

目的や用途に合わせた様々な条件の検索機能をご利用いただけます。

  1. 全文検索

    全文検索では、DBRPに収録している全てのデータに対してキーワード検索を行うことができます。


    1. トップページ上部の検索窓にキーワードを入力し、検索ボタンをクリックすることで検索を行うことができます。

      ※複数のキーワードをスペース区切りで入力した場合、AND検索を行います。

    2. 検索後、該当するデータがあった場合は結果がリスト形式で表示されます。データタイトルをクリックすることで、各データの内容が表示されます。各種データ表示画面についての説明は「各種情報ページについて」をご参照ください。

  2. 微生物を探す

    トップ画面の「微生物を探す」より、微生物株をさまざまな観点から検索することができます。


    1. キーワード検索

      キーワードから微生物を検索できます。

      1. フリーワード、もしくは微生物の関連項目欄にキーワードを入力することで、微生物の検索を行います。

        ※複数の項目にキーワードを入力した場合、AND検索を行います。また、同じ入力欄内に複数のキーワードをスペース区切りで入力した場合も、AND検索を行います。

      2. 検索後、該当するデータがあった場合は結果がリスト形式で表示されます。データタイトルをクリックすることで、各データの内容が表示されます。各種データ表示画面についての説明は「各種情報ページについて」をご参照ください。

    2. 相同性(BLAST)から探す

      「相同性(BLAST)から探す」では、塩基配列、またはアミノ酸配列で、相同性のある配列や相同性のある配列を持つ微生物を検索することができます。

      相同性検索(BLAST)についての詳細な説明は、「4.相同性検索(BLAST)ページについて」「5.相同性検索結果ページについて」をご参照ください。


      1. トップページで「相同性(BLAST)から探す」の文字列をクリックすると、相同性検索(BLAST)画面が表示されます。「クエリ配列(FASTA形式)」の項目では、検索したい配列をFASTA形式で直接入力するか、「参照...」ボタンを押してFASTA形式のファイルをアップロードすることでクエリ配列を指定してください。

      2. データセットの項目では、検索で用いる配列のデータセットを指定します。各データセットにマウスでカーソルを当てると、説明が表示されます。

      3. プログラムの項目では、検索で使用するプログラムを指定します。各プログラムにマウスでカーソルを当てると、説明が表示されます。

      4. オプションの項目では、検索のオプションの設定を変更することができます。各オプションにマウスでカーソルを当てると、説明が表示されます。

      5. クエリ配列、データセット、プログラムを指定して「BLAST実行」のボタンを押すと、相同性(BLAST)検索が実行され、相同性検索結果画面が表示されます。

      6. 相同性(BLAST)検索を実行した際に発行されるリクエストIDを検索することで、検索のステータスや検索結果を確認することができます。

      7. 「リクエストID」の欄に相同性(BLAST)検索を実行した際に発行されるリクエストIDを入力して「検索」ボタンを押すと、検索ステータスや検索結果を確認することができます。

    3. 分類群(Taxonomy)から探す

      「分類群(Taxonomy)から探す」では、生物の分類群(Taxonomy)から、微生物株、ゲノム、画像、その他データの情報を検索できます。


      1. 「分類群(Taxonomy)から探す」の文字列をクリックすることで、Taxonomy画面が表示されます。各ノード(白い三角)をクリックすることで、下位の階層が表示されます。

      2. 生物種情報の右側にその階層にひもづいている微生物株、ゲノム、画像およびその他データの件数が表示されます。

      3. 件数をクリックすることで対象データのリストが表示されます。データタイトルをクリックすることで、各データの内容が表示されます。各種データ表示画面についての説明は「各種情報ページについて」をご参照ください。

        ※件数が5000件を超えると、対象データのリスト表示に非常に時間がかかってしまうため、クリックできる件数を5000件以下としております。

  3. 解析データを探す

    トップページの「解析データを探す」では、微生物の解析データをさまざまな観点から検索することができます。


    1. キーワードを入力することで解析データの検索を行います

      ※複数のキーワードをスペース区切りで入力した場合、AND検索を行います。

    2. 「データタイプ」の「ゲノム」、「画像」、「その他データ」のチェックボックスにチェックを入れることで検索対象のデータを絞り込むことができます。チェックが入っていない場合はすべてのデータタイプについて検索を行います。

    3. 検索後、該当するデータがあった場合は結果がリスト形式で表示されます。検索結果画面についての説明は「2.B.I.ii 検索結果画面の説明」をご参照ください。データタイトルをクリックすることで、各データの内容が表示されます。

      各種データ表示画面についての説明は「各種情報ページについて」をご参照ください。

  4. その他の情報を探す

    トップページの「その他の情報を探す」では、微生物の関連情報について、選択した項目毎に検索することができます。


    1. プルダウンから検索したい項目を選択し、入力欄にキーワードを入力して検索ボタンをクリックすることで、各項目への検索をかけることができます。

      ※複数のキーワードをスペース区切りで入力した場合、AND検索を行います。

    2. 「文献」の検索では「論文」、「学会要旨」、「特許」のチェックボックスにチェックを入れることで検索対象のデータを絞り込むことができます。チェックが入っていない場合はすべての文献について検索を行います。

    3. 検索後、該当するデータがあった場合は結果がリスト形式で表示されます。検索結果画面についての説明は「2.B.I.ii 検索結果画面の説明」をご参照ください。データタイトルをクリックすることで、各データの内容が表示されます。

      各種データ表示画面についての説明は「各種情報ページについて」をご参照ください。

  1. タグリストページについて

画面上部の「タグリスト」リンクをクリックすることで、コレクション・微生物の特性・原産地・分離源から微生物株を探すことができます。


  1. プロジェクトから探す
    1. プロジェクト名をクリックすることで、プロジェクト情報が表示されます。

    2. プロジェクト情報ページについての説明は、「13.プロジェクト情報ページ」をご参照ください。

  2. コレクションから探す
    1. コレクション名をクリックすることで、コレクション情報が表示されます。

    2. コレクション情報ページについての説明は、「14.コレクション情報ページ」をご参照ください。

  3. 微生物の特性から探す
    1. 微生物の特性の名称をクリックすることで、その特性を有することが知られている微生物がリスト形式で表示されます。

    2. データタイトルをクリックすることで、微生物の株情報が表示されます。微生物株情報ページについての説明は、「6.微生物株情報ページ」をご参照ください。

  4. 原産地から探す
    1. 原産地の地域名をクリックすると、各地域に対応する地名が表示されます。その中から、お探しの地名をクリックすることで、その地域を原産地とする微生物がリスト形式で表示されます。

    2. データタイトルをクリックすることで、微生物の株情報が表示されます。微生物株情報ページについての説明は、「6.微生物株情報ページ」をご参照ください。

  5. 分離源から探す

    1. 分離源情報を表します。各ノード(白い三角)をクリックすることで、下位の階層が表示されます。

    2. 分離源情報の右側に対象の微生物株、ゲノム、画像およびその他データの件数が表示されます。

    3. 件数の上にマウスをフォーカスすると、対応するデータラベルが表示されます。データタイトルをクリックすることで、各データの内容が表示されます。各種データ表示画面についての説明は「各種情報ページについて」をご参照ください。

      ※件数が5,000件を超えると、対象データのリスト表示に非常に時間がかかってしまうため、クリックできる件数を5,000件以下としております。

  1. 相同性検索(BLAST)ページについて

画面上部の「相同性検索」のリンクをクリック、またはトップページの「微生物を探す」の検索枠の「相同性(BLAST)から探す」のリンクをクリックすることでご利用いただけます。塩基配列、またはアミノ酸配列で、相同性のある配列を検索することができます。


相同性検索(BLAST)のページでは、相同性検索機能とリクエストID検索機能がご利用いただけます。相同性検索機能の詳細については下記のA~Dを、リクエストID検索機能については下記のEをご覧ください。



  1. クエリ配列について

    クエリ配列の項目では、解析したい塩基配列やアミノ酸配列を指定することができます。クエリ配列を直接入力するか、参照ボタンからクエリ配列が入力されたファイルを指定して検索を行ってください。


    ・クエリ配列は、FASTA形式で入力してください。

    ・クエリ配列は、複数の配列をmulti-FASTA形式で指定することができます。

    ・最大で約8Mbpまでの長さの配列をクエリ配列として検索することができます。

    ・FASTA形式のヘッダ行のID部分(“>”のすぐ後ろから最初に出てくるスペースまでの文字列)に括弧は使用することはできません。

    ・クエリ配列には、全角文字は使用することはできません。

  2. データセットについて

    相同性検索で選択できるデータセットは、3種類の塩基配列のデータセットと1種類のアミノ酸配列のデータセットがあります。

    塩基配列のデータセットとして、NBRC株のゲノム塩基配列のデータセットと、NBRC株オンライン分譲依頼サービスに掲載している遺伝子配列情報のデータセット、NBRCが保有する国内産のスクリーニング株(RD株)の遺伝子領域のデータセットがあります。RD株の遺伝子領域のデータセットは、細菌の16SリボソーマルRNA遺伝子領域、カビと酵母のLSU(28Sまたは26S)リボソーマルRNA遺伝子領域(D1/D2)、真核微生物の18SリボソーマルRNA遺伝子領域、真核微生物のITS領域(ITS-5.8S_rDNA-ITS2)から構成されます。

    アミノ酸配列のデータセットとして、微生物遺伝子機能検索DB(MiFuP)に掲載しているNBRC株のゲノム配列上にコードされた遺伝子領域(CDS)のアミノ酸配列のデータセットがあります。


    ・複数のデータセットを選択して相同性検索することができます。

    ・複数のデータセットを選択する場合、塩基配列のデータセットとアミノ酸配列のデータセットを一緒に選択することはできません。

  3. プログラムについて

    クエリ配列の種類とデータセットの配列の種類の組合せによって、6種類のプログラムから選んで検索することができます。使用できるプログラムは、下記の通りです。


      プログラム名説明
      blastn 塩基配列をクエリ配列として、選択した塩基配列のデータセットから相同性を持つ配列を検索します。
      megablast 塩基配列をクエリ配列として、選択した塩基配列のデータセットから同種か近縁種において非常に高い割合で相同性を持つ配列を検索します。長い配列を検索する時に高速で検索結果が得られます。
      tblastx 塩基配列をクエリ配列として6通りの読み枠でアミノ酸配列に翻訳し、選択した塩基配列のデータセットを同様にアミノ酸配列に翻訳した上で、データセットから相同性を持つ配列を検索します。
      blastx 塩基配列をクエリ配列として6通りの読み枠でアミノ酸配列に翻訳し、選択したアミノ酸配列のデータセットから相同性を持つ配列を検索します。
      tblastn アミノ酸配列をクエリ配列として、選択した塩基配列のデータセットを6通りの読み枠で翻訳したアミノ酸配列から相同性を持つ配列を検索します。
      blastp アミノ酸配列をクエリ配列として、選択したアミノ酸配列のデータセットから相同性を持つ配列を検索します。
  4. オプションについて

    相同性検索(BLAST)のオプションの設定を変更して検索をすることができます。設定を変更できるオプションは下記の通りです。


      オプション名説明
      SCORES 検索して得られた配列を相同性スコア順に並べた時、リスト部にいくつまで表示されるかを指定するオプションです。初期値は50です。検索結果に期待される配列が表示されない場合、この値を大きくすることで改善されることがあります。
      ALIGNMENTS クエリ配列と検索して得られた配列とのアライメントが、リスト部の下にいくつまで表示されるかを指定するオプションです。初期値は50です。検索結果に期待される配列が表示されない場合、この値を大きくすることで改善されることがあります。
      EXPECT 出力される配列の数について偶然に一致する配列がいくつあり得るかという統計的な期待値(E-Value)を設定します。初期値は10です。より多くの配列を出力させたい場合は値を大きく設定し、相同性がより高い配列のみを検索したい場合は値を小さく設定します。
      FILTER ONに設定することで、一般的に構造的な偏りがあるproline-rich領域やpoly-A tailなどの異常に高いスコアで一致する傾向のある領域を、検索結果から除くことができます。初期設定はOFFです。
      WORD SIZE プログラムごとに設定している数値です。初期値は、megablastの場合は28、blastnの場合は11、tblastx、blastx、tblastn、blastpの場合は3です。blastnの場合は値を11から変更しない方がよいです。
  5. リクエストID検索機能について

    相同性検索を実行すると発行されるリクエストIDを検索することによって、相同性検索の検索ステータスと検索結果を確認することができます。リクエストIDを検索すると、相同性検索を実行中の場合は、検索ステータスの状態の項目が検索実行待ちで、検索結果がNow in progressと表示されます。検索が完了している場合は、検索ステータスの状態の項目が検索終了となり、検索結果が表示されます。

    相同性検索ステータス相同性検索の結果は、実行日から30日間はリクエストID検索機能で検索することができます。

  1. 相同性検索結果ページについて

相同性検索(BLAST)ページでBLAST実行のボタンを押すと、相同性検索結果ページが表示されます。相同性検索を実行中の場合は、検索ステータスの状態の項目が検索実行待ちとなり、検索結果がNow in progressの画像が表示されます。


検索が完了すると、検索ステータスの状態の項目が検索終了となり、検索結果が表示されます。



  1. 検索結果画面のクエリ項目について

    検索に使用したクエリ配列のFASTAのヘッダ情報を表示します。クエリ配列にmulti-FASTA形式で入力した場合、プルダウンから検索に使用した各FASTA配列を選択することができ、選択したFASTA配列を検索して得られた配列のリストとアライメントの一覧を表示します。

  2. 検索結果のダウンロード機能について

    検索結果画面のリスト部の左端でチェックされた配列の情報をダウンロードできます。ダウンロードするファイルの形式は、CSVかFATSAのどちらかを選択することができます。

    ダウンロードできる配列情報の項目は、以下の通りです。


      項目名説明
      query acc.ver ヘッダ情報を表示します。
      subject microbe name 微生物株の名前を表示します。
      subject sequence id DBRP配列データIDを表示します。
      subject unique id 配列ID/配列名を表示します。
      % identity 相同性を百分率で表示します。
      alignment length アライメント部で表示される配列の長さを表示します。
      mismatches アライメント部で、クエリ配列と検索して得られた配列でマッチしない配列の長さを表示します。
      gap opens アライメント部で「-」と表示される、クエリ配列と検索して得られた配列のどちらかの配列に挿入または欠失が起こった部分の長さを表示します。
      q. start クエリ配列で、アライメント部で表示される配列が開始する位置を表示します。
      q. end クエリ配列で、アライメント部で表示される配列が終了する位置を表示します。
      s. start 検索で得られた配列で、アライメント部で表示される配列が開始する位置を表示します。
      s. end 検索で得られた配列で、アライメント部で表示される配列が終了する位置を表示します。
      evalue E-Valueの値を表示します。
      bit score 計算されたスコア値をビット数で表示します。
  3. 検索結果のリスト部について

    相同性検索(BLAST)を実施した際に設定したSCORESの値の数だけ、検索して得られた配列の一覧をリスト部に表示します。

    表示される配列の項目は、以下の通りです。

      項目名説明
      微生物株 微生物株の名称を表示します。DBRPで株情報が公開されている場合、該当する微生物株情報ページへのリンクを表示します。
      DBRP配列データID DBRPの解析情報のデータIDを表示します。DBRPで解析情報が公開されている場合、該当する解析情報ページへのリンクを表示します。
      配列ID/配列名 検索して得られた配列のIDまたは名前を表示します。配列ID/配列名のリンクをクリックすると、検索をして得られた配列をFATSA形式でポップアップウィンドウ上で表示します。
      Ident 検索に用いたクエリ配列と検索して得られた配列の相同性を百分率で小数点第3位まで表示します。
      Score 検索結果のスコア値のビット数を表示します。
      E-Value E-Valueの値を指数表記で表示します。
      Align. 検索結果のアライメント部へのリンクを表示します。
  4. 検索結果のアライメント部について

    検索結果ページ下部で、検索して得られた配列のリスト部の下にアライメント部が表示されます。


    1. アライメント部のSubjectについて

      検索結果のアライメントのSubjectでは、検索で得られた配列のヘッダ情報が表示されます。ヘッダ情報では、DBRPで該当する微生物株情報のIDと、検索結果のリスト表示の項目の内の、微生物株、DBRP配列データID、配列ID/配列名の4つの項目が「_」区切りで表示されます。項目に該当するデータがない場合は、ヘッダ情報では空欄で表示されます。

    2. 配列IDについて

      検索して得られた配列がDBRPで公開されている場合、DBRPの解析情報のIDがリンクとして表示されます。リンクをクリックすると、該当するDBRPの解析情報ページへ飛びます。

    3. アライメント部で表示される各項目について

      各検索結果のアライメント部では、下記の項目が表示されます。


        項目名説明
        Length 検索して得られた配列の長さを表示します。
        Score 算出されたスコア値を表示します。
        Expect E-Valueの値を指数表記で表示します。
        Indentities 検索に用いたクエリ配列と検索して得られた配列の相同性を百分率で小数点第3位まで表示します。
        Gaps アライメント部で「-」と表示される、クエリ配列と検索して得られた配列のどちらかの配列に挿入または欠失が起こった部分の長さを表示します。
        Strand クエリ配列と検索して得られた配列が正鎖(Plus)であるか、その相補鎖(Minus)であるかを表示します。例えば、Plus/Minusと表示されていたら、クエリ配列の正鎖と検索して得られた配列の相補鎖を比較していることになります。
    4. アライメントについて

      アライメントでは、上段にクエリ配列を、下段に検索して得られた配列を表示しています。

      上段と下段がマッチする場合は、中段に「|」(縦棒)か「+」が表示されます。「|」の場合は上・中・下段の配列が赤色の背景で表示され、「+」の場合は上・中・下段の配列が黄色の背景で表示されます。上段と下段がマッチしない場合は中段に何も表示されず、背景は白色です。

各種情報ページについて

DBRPでは、検索結果として微生物やその関連データについての情報ページを見ることができます。各情報ページでは、ページ下部にDBRP内における関連情報へのリンクが表示されます。


  1. 微生物株情報ページ

    微生物株情報ページでは、微生物の種名、菌株番号(同等株含む)、微生物カタログへのURL、来歴、分離源、培養条件等の情報を参照できます。 ページ下部には、表示している微生物株の関連情報へのリンクが表示されます。 ページ上部のアイコンはそれぞれ微生物分類、分離源、生育温度、同種保有株数(NBRC、JCM)、BSL(バイオセーフティーレベル)について表示しています。

    ※微生物分類のアイコンは、TogoTV (c2016 DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0) の画像を使用しております。
    ※生育温度のアイコンは、TEMPURA (Database of growth TEMPeratures of Usual and RAre prokaryotes) (参考論文:Sato et al. (2020) Microbes Environ. 35(3)) のデータを使用しております。
    ※同種保有株数のアイコンは、NBDC RDF portal (CC-BY-4.0) のJCMとNBRCのデータを使用しております。
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    菌株番号 微生物所有機関の菌株番号です。
    他機関での菌株情報 微生物の所有機関以外の保存機関における菌株番号です。
    カタログURL 微生物の所有機関の微生物カタログ(オンラインカタログ)のURL(リンク)です。
    生物種名 学名です。
    生物種名(著者名含) 学名とその著者名です。
    親株(変異株の場合) 微生物が変異株の場合、親株の菌株番号を表示し、親株の詳細ページへリンクしています。
    遺伝子型 微生物の遺伝子型です。
    基準株 タイプ株(基準種、タイプ由来株)ならYes、異なる場合はNoと表示します。
    来歴 微生物の所有機関に移管されるまでの来歴です。
    分離源 微生物の分離源です。
    分類 微生物の大まかな分類です。
    培養温度 培養に適した温度です。
    培養培地 培地(培養基)情報へのリンクです。
    復元液 復元液の情報へのリンクです(L-乾燥アンプルの場合のみ)。
  1. 微生物種情報ページ

    微生物種情報ページでは、NCBI TaxonomyデータベースへのURLや、シノニム(生物種の異名)、アナモルフ(不完全世代)、テレオモルフ(完全世代)の学名の情報を参照できます。ページ下部には、表示している微生物種の関連情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    NCBI Taxonomy データベース NCBI TaxonomyデータベースのURL(リンク)です。
    生物種名 学名です。
    シノニム 生物種の異名です。
    アナモルフ 不完全世代の学名です。
    テレオモルフ 完全世代の学名です。
  1. Taxonomy情報ページ

    Taxonomy情報ページでは、分類情報について、上位分類も含めて参照できます。ページ下部には、表示しているTaxonomyの関連情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    生物種名 学名です。
    ランク 分類階級です。
    Taxonomy ID NCBIのTaxonomy ID です。NCBI Taxonomy データベースにリンクしています。
    Taxonomyの階層 上位分類階層を表示します。
  1. 微生物属性情報ページ

    微生物属性情報ページでは、微生物の特性や原産地、分離源についての情報を参照できます。ページ下部には、表示している微生物属性の関連情報へのリンクが表示されます。

  1. 特性
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    特性の名称 微生物が有する特性の名称です。
    化合物名または特性の概要 特性の対象となる化合物名、または特性の概要です。
    関連URL 該当化合物または特性の概要に関連するURLです。
  2. 原産地
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    地域区分 原産地の地域区分です。
    原産地 原産地の地名の情報です。
    地図情報 google mapにおける原産地の地図情報へのリンクです。
  3. 分離源
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    MEO ID MEO(Metagenome and Microbes Environmental Ontology)でつけた分離源に対応する固有のIDです。
    分離源 分離源の名称です。
    分離源の階層 分離源の上位分類を階層表示します。
  1. 文献情報ページ

    文献情報ページでは、微生物に関連する論文、学会要旨、特許に関する情報を参照できます。ページ下部には、表示している文献の関連情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    URI 文献のURIです。
    タイトル 文献のタイトルです。
    著者または発明者・考案者 論文・学会要旨の場合は著者、特許の場合は発明者・考案者です。
    出版者または出願人・権利者 論文・学会要旨の場合は出版者、特許の場合は出願人・権利者です。
    刊行物名 文献が掲載されている刊行物の名称です。
    ISSN 刊行物を識別するための国際的なコード番号です。
    掲載されている刊行物の巻数です。
    掲載されている刊行物の号数です。
    開始ページ 掲載されている刊行物のページ情報です。
    終了ページ 掲載されている刊行物のページ情報です。
    ページ範囲 掲載されている刊行物のページ情報です。
    出版年月日または登録日 刊行物の出版年月日または特許の登録日です。
    DOI 電子文献の識別子です。
  1. 解析情報ページ

    解析情報ページでは、微生物のゲノム情報、画像、その他データを参照できます。ページ下部には、表示している解析データの関連情報へのリンクが表示されます。

  1. ゲノム
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    生物種名 ゲノム解読の対象生物の学名です。
    アクセッション番号またはID 国際塩基配列データベース(INSD)のアクセッション番号、またはNCBI RefSeqのIDです。左記のIDがない場合は、任意のIDです。
    コメント 当該ゲノム解析についての簡単な記載です。
    ゲノム配列のバージョン 配列のバージョンを含むINSDのアクセッション番号または、NCBI RefSeqのIDです。
    登録日または更新日 配列情報がINSDに登録または更新された日付です。
    配列取得用URL 配列情報を入手可能なデータベースへのリンクです。
    配列ファイルダウンロード 配列ファイルをダウンロードできます。
    配列長(bp)または配列数(rc) 配列長(bp)または配列数(rc)です。
    形態 ゲノムの微生物内における形態です。
    BioProject BioProject IDです。
    BioSample BioSample IDです。
    配列の種類 解読された配列の種類です。
    strain 株名です。
    分離源 ゲノム解析された微生物(試料)の分離源です。
    plasmid ゲノムに含まれるプラスミドの名前です。
    備考 ゲノム情報に関する備考です。
    菌株へのコメント ゲノム解析された微生物についての情報です。
    参照 ゲノムに関する参照情報の番号です。
      タイトル 該当ゲノムに関する参照情報(参考文献)のタイトルです。
      雑誌名/登録機関名 文献が掲載されている雑誌名もしくはゲノムを登録した機関名です。
      出版年月 雑誌の出版年月です。
      巻・号・ページ 雑誌における掲載巻数、号数、ページ情報です。
      著者 文献の著者名もしくはゲノム登録者名です。
      PubMed 文献のPubMed IDです。
  2. 画像
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    説明 画像の説明です。
    ダウンロード 画像ファイルをダウンロードできます。
      画像の名前 上記でダウンロード可能な画像の名前です。
      画像の説明 上記でダウンロード可能な画像の説明です。
    培養培地 画像に使用された培地です。
    培養温度 画像の培養を行った際の培養温度です。
  3. その他データ
    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    実施機関名 解析を実施した機関名です。
    概要 データの概要です。
    実施日 解析の実施日です。
    URL 関連するURLです。
    ダウンロード データファイルをダウンロードできます。
      ファイルの名前 ダウンロードファイルの名称です。
      ファイルの説明 ダウンロードファイルの説明です。
  1. 実験情報ページ

    実験情報ページでは、解析に用いられた実験手法について確認できます。実験に関する詳細な情報へのリンクやサンプル調製プロトコル、測定プロトコル、データ解析プロトコル等を確認できます。ページ下部には、表示している実験情報の関連情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    実施機関名 実験を実施した機関名です。
    実験に関するURL 実験に関する詳細な情報へのURLです。
    【サンプル調製プロトコル】 実験に用いたサンプルを調製した際のプロトコルです。
      概要 サンプル調製プロトコルの概要です。
      培養温度 サンプル調製時の微生物の培養温度です。
    酸素要求性 サンプルに用いた微生物の酸素要求性です。
    培養時間 サンプル調製時の微生物の培養時間です。
    【測定プロトコル】 実験の測定プロトコルです。
      測定方法 測定方法についての記述です。
      測定ツール 測定に用いたツールです。
    【データ解析プロトコル】 データ解析のプロトコルです。
      解析方法 解析方法についての記述です。
      解析ツール 解析に用いたツールです。
  1. プロジェクト情報ページ

    プロジェクトの情報ページでは、プロテオーム解析などのプロジェクトの名称、概要、関連URL、BioProject ID等が確認できます。ページ下部には、表示しているプロジェクトに関連する実験情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    機関名 プロジェクトに携わった機関名です。
    概要 プロジェクトの概要です。
    プロジェクトURL プロジェクトの関連URLです。
    BioProject ID BioProjectのIDです。
    アクセス制限 該当プロジェクトのデータのアクセス制限についての記述です。
  1. コレクション情報ページ

    コレクション情報ページでは、微生物を利用する際の機関の情報を確認できます。微生物の利用料、利用条件、担当部署の連絡先、ホームページ等の情報を参照できます。ページ下部には、表示しているコレクションの関連情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    利用料 コレクションから提供している微生物の利用料です。
    利用条件 コレクションの利用条件です。
    コレクション名 コレクションの名称です。
    連絡先(担当部署) コレクションの担当部署です。
    連絡先(電話番号) コレクションの連絡先です。
    連絡先(FAX番号) コレクションの連絡先です。
    連絡先(E-mail) コレクションの連絡先です。
    ホームページ コレクションのホームページです。
    保有株数 コレクションで保有している微生物の株数です。
    概要 コレクションの概要です。
  1. 提供機関情報ページ

    提供機関情報ページでは、微生物のコレクションを提供している機関の情報を参照できます。提供機関名、住所、連絡先、概要等を確認できます。ページ下部には、表示している提供機関に関連するコレクション情報へのリンクが表示されます。

    項目名説明
    データID DBRP固有のIDです。
    データタイトル 当該ページで表示している情報のタイトルです。
    提供機関名 コレクションを提供している機関の名称です。
    略称 機関の略称です。
    準拠しているISO規格 機関が準拠しているISOの規格番号です。
    郵便番号 機関の所在地情報です。
    住所 機関の所在地情報です。
    連絡先(電話番号) 機関の連絡先です。
    連絡先(FAX番号) 機関の連絡先です。
    連絡先(E-mail) 機関の連絡先です。
    連絡先(URL) 機関のホームページです。
    代表者名 機関の代表者です。
    予算及びスポンサー 機関の資金源です。
    概要 機関の概要です。
生物資源情報の登録・閲覧について
  1. 生物資源情報の登録について

DBRPでは様々な機関の生物資源のデータを登録可能です。また、登録データについては、DBRPがアカウントを発行した特定のユーザーのみ閲覧できるよう閲覧制限を設定することができます。生物資源データのご登録はお問い合わせフォームから受け付けています。

  1. ログイン機能について

トップページ上部の「ログイン」では、ログイン機能が利用できます。DBRPが発行したユーザーアカウントをお持ちの場合、ログインすることで、ログインユーザーのみが閲覧可能な制限公開データへのアクセスが可能となります。制限公開データ閲覧のためには閲覧申請が必要となります。お手続きの詳細につきましては制限公開データの閲覧手続きをご参照ください。

  1. ログイン

    1. ログインID(メールアドレス)を入力します。

    2. パスワードを入力します。パスワードはマスキングされます。

      ログインボタンをクリックし、ログインに成功するとトップページへ遷移します。認証が失敗するとエラーメッセージが表示されます。

      ※5回ログインに失敗すると、15分間アカウントがロックされます。