トップページもしくは左メニューの「カテゴリを探す」リンクをクリックすることで、コレクション・微生物の特性・原産地・分離源から微生物株を探すことができます。

トップページもしくは左メニューの「相同性検索（BLAST）から探す」のリンクをクリックすることでご利用いただけます。塩基配列、またはアミノ酸配列で、相同性のある配列を検索することができます。

相同性検索（BLAST）のページでは、相同性検索機能とリクエストID検索機能がご利用いただけます。相同性検索機能の詳細については下記のA～Dを、リクエストID検索機能については下記のEをご覧ください。

1. クエリ配列について

   クエリ配列の項目では、解析したい塩基配列やアミノ酸配列を指定することができます。クエリ配列を直接入力するか、参照ボタンからクエリ配列が入力されたファイルを指定して検索を行ってください。

   
   

   ・クエリ配列は、FASTA形式で入力してください。

   ・クエリ配列は、複数の配列をmulti-FASTA形式で指定することができます。

   ・最大で約8Mbpまでの長さの配列をクエリ配列として検索することができます。

   ・FASTA形式のヘッダ行のID部分（“>”のすぐ後ろから最初に出てくるスペースまでの文字列）に括弧は使用することはできません。

   ・クエリ配列には、全角文字は使用することはできません。

2. データセットについて

   相同性検索で選択できるデータセットは、4種類の塩基配列のデータセットと1種類のアミノ酸配列のデータセットがあります。

   塩基配列のデータセットとして、NBRC株のゲノム塩基配列のデータセットと、NBRC株オンライン分譲依頼サービスに掲載している遺伝子配列情報のデータセット、NBRCが保有する国内産RD株の同定に用いた遺伝子領域のデータセット、味の素株の16S rDNA配列のデータセットがあります。

   アミノ酸配列のデータセットとして、微生物遺伝子機能検索DB（MiFuP）に掲載しているNBRC株のゲノム配列上にコードされた遺伝子領域（CDS）のアミノ酸配列のデータセットがあります。

   
   

   ・複数のデータセットを選択して相同性検索することができます。

   ・複数のデータセットを選択する場合、塩基配列のデータセットとアミノ酸配列のデータセットを一緒に選択することはできません。

3. プログラムについて

   クエリ配列の種類とデータセットの配列の種類の組合せによって、6種類のプログラムから選んで検索することができます。使用できるプログラムは、下記の通りです。

   
   

   プログラム名	説明
   blastn	塩基配列をクエリ配列として、選択した塩基配列のデータセットから相同性を持つ配列を検索します。
   megablast	塩基配列をクエリ配列として、選択した塩基配列のデータセットから同種か近縁種において非常に高い割合で相同性を持つ配列を検索します。長い配列を検索する時に高速で検索結果が得られます。
   tblastx	塩基配列をクエリ配列として6通りの読み枠でアミノ酸配列に翻訳し、選択した塩基配列のデータセットを同様にアミノ酸配列に翻訳した上で、データセットから相同性を持つ配列を検索します。
   blastx	塩基配列をクエリ配列として6通りの読み枠でアミノ酸配列に翻訳し、選択したアミノ酸配列のデータセットから相同性を持つ配列を検索します。
   tblastn	アミノ酸配列をクエリ配列として、選択した塩基配列のデータセットを6通りの読み枠で翻訳したアミノ酸配列から相同性を持つ配列を検索します。
   blastp	アミノ酸配列をクエリ配列として、選択したアミノ酸配列のデータセットから相同性を持つ配列を検索します。

4. オプションについて

   相同性検索（BLAST）のオプションの設定を変更して検索をすることができます。設定を変更できるオプションは下記の通りです。

   
   

   オプション名	説明
   SCORES	検索して得られた配列を相同性スコア順に並べた時、リスト部にいくつまで表示されるかを指定するオプションです。初期値は50です。検索結果に期待される配列が表示されない場合、この値を大きくすることで改善されることがあります。
   ALIGNMENTS	クエリ配列と検索して得られた配列とのアライメントが、リスト部の下にいくつまで表示されるかを指定するオプションです。初期値は50です。検索結果に期待される配列が表示されない場合、この値を大きくすることで改善されることがあります。
   EXPECT	出力される配列の数について偶然に一致する配列がいくつあり得るかという統計的な期待値（E-Value）を設定します。初期値は10です。より多くの配列を出力させたい場合は値を大きく設定し、相同性がより高い配列のみを検索したい場合は値を小さく設定します。
   FILTER	ONに設定することで、一般的に構造的な偏りがあるproline-rich領域やpoly-A tailなどの異常に高いスコアで一致する傾向のある領域を、検索結果から除くことができます。初期設定はOFFです。
   WORD SIZE	プログラムごとに設定している数値です。初期値は、megablastの場合は28、blastnの場合は11、tblastx、blastx、tblastn、blastpの場合は3です。blastnの場合は値を11から変更しない方がよいです。

5. リクエストID検索機能について

   相同性検索を実行すると発行されるリクエストIDを検索することによって、相同性検索の検索ステータスと検索結果を確認することができます。リクエストIDを検索すると、相同性検索を実行中の場合は、検索ステータスの状態の項目が検索実行待ちで、検索結果がNow in progressと表示されます。検索が完了している場合は、検索ステータスの状態の項目が検索終了となり、検索結果が表示されます。

   相同性検索ステータス相同性検索の結果は、実行日から30日間はリクエストID検索機能で検索することができます。

検索が完了すると、検索ステータスの状態の項目が検索終了となり、検索結果が表示されます。

1. 検索結果画面のクエリ項目について

   検索に使用したクエリ配列のFASTAのヘッダ情報を表示します。クエリ配列にmulti-FASTA形式で入力した場合、プルダウンから検索に使用した各FASTA配列を選択することができ、選択したFASTA配列を検索して得られた配列のリストとアライメントの一覧を表示します。

2. 検索結果のダウンロード機能について

   検索結果画面のリスト部の左端でチェックされた配列の情報をダウンロードできます。ダウンロードするファイルの形式は、CSVかFATSAのどちらかを選択することができます。

   ダウンロードできる配列情報の項目は、以下の通りです。

   
   

   項目名	説明
   query acc.ver	ヘッダ情報を表示します。
   subject microbe name	微生物株の名前を表示します。
   subject sequence id	DBRP配列データIDを表示します。
   subject unique id	配列ID/配列名を表示します。
   % identity	相同性を百分率で表示します。
   alignment length	アライメント部で表示される配列の長さを表示します。
   mismatches	アライメント部で、クエリ配列と検索して得られた配列でマッチしない配列の長さを表示します。
   gap opens	アライメント部で「-」と表示される、クエリ配列と検索して得られた配列のどちらかの配列に挿入または欠失が起こった部分の長さを表示します。
   q. start	クエリ配列で、アライメント部で表示される配列が開始する位置を表示します。
   q. end	クエリ配列で、アライメント部で表示される配列が終了する位置を表示します。
   s. start	検索で得られた配列で、アライメント部で表示される配列が開始する位置を表示します。
   s. end	検索で得られた配列で、アライメント部で表示される配列が終了する位置を表示します。
   evalue	E-Valueの値を表示します。
   bit score	計算されたスコア値をビット数で表示します。

3. 検索結果のリスト部について

   相同性検索（BLAST）を実施した際に設定したSCORESの値の数だけ、検索して得られた配列の一覧をリスト部に表示します。

   表示される配列の項目は、以下の通りです。

   項目名	説明
   微生物株	微生物株の名称を表示します。DBRPで株情報が公開されている場合、該当する微生物株情報ページへのリンクを表示します。
   DBRP配列データID	DBRPの解析情報のデータIDを表示します。DBRPで解析情報が公開されている場合、該当する解析情報ページへのリンクを表示します。
   配列ID/配列名	検索して得られた配列のIDまたは名前を表示します。配列ID/配列名のリンクをクリックすると、検索をして得られた配列をFATSA形式でポップアップウィンドウ上で表示します。
   Ident	検索に用いたクエリ配列と検索して得られた配列の相同性を百分率で小数点第3位まで表示します。
   Score	検索結果のスコア値のビット数を表示します。
   E-Value	E-Valueの値を指数表記で表示します。
   Align.	検索結果のアライメント部へのリンクを表示します。

   

4. 検索結果のアライメント部について

   検索結果ページ下部で、検索して得られた配列のリスト部の下にアライメント部が表示されます。

   

   
   

   1. アライメント部のSubjectについて

      検索結果のアライメントのSubjectでは、検索で得られた配列のヘッダ情報が表示されます。ヘッダ情報では、DBRPで該当する微生物株情報のIDと、検索結果のリスト表示の項目の内の、微生物株、DBRP配列データID、配列ID/配列名の4つの項目が「_」区切りで表示されます。項目に該当するデータがない場合は、ヘッダ情報では空欄で表示されます。

   2. 配列IDについて

      検索して得られた配列がDBRPで公開されている場合、DBRPの解析情報のIDがリンクとして表示されます。リンクをクリックすると、該当するDBRPの解析情報ページへ飛びます。

   3. アライメント部で表示される各項目について

      各検索結果のアライメント部では、下記の項目が表示されます。

      
      

      項目名	説明
      Length	検索して得られた配列の長さを表示します。
      Score	算出されたスコア値を表示します。
      Expect	E-Valueの値を指数表記で表示します。
      Indentities	検索に用いたクエリ配列と検索して得られた配列の相同性を百分率で小数点第3位まで表示します。
      Gaps	アライメント部で「-」と表示される、クエリ配列と検索して得られた配列のどちらかの配列に挿入または欠失が起こった部分の長さを表示します。
      Strand	クエリ配列と検索して得られた配列が正鎖（Plus）であるか、その相補鎖（Minus）であるかを表示します。例えば、Plus/Minusと表示されていたら、クエリ配列の正鎖と検索して得られた配列の相補鎖を比較していることになります。

   4. アライメントについて

      アライメントでは、上段にクエリ配列を、下段に検索して得られた配列を表示しています。

      上段と下段がマッチする場合は、中段に「｜」（縦棒）か「+」が表示されます。「｜」の場合は上・中・下段の配列が赤色の背景で表示され、「+」の場合は上・中・下段の配列が黄色の背景で表示されます。上段と下段がマッチしない場合は中段に何も表示されず、背景は白色です。