Conca_00130 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces neyagawaensis
Strain	ATCC 27449 (=NBRC 13477)
Entry name	Concanamycin A
Contig	DQ149987
Start / Stop / Direction	79,286 / 80,428 / + [in whole cluster] 79,286 / 80,428 / + [in contig]
Location	79286..80428 [in whole cluster] 79286..80428 [in contig]
Type	CDS
Length	1,143 bp (380 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein putative 1,3-bisphospho-D-glycerate phosphatase/glyceroyltransferase
Product (GenBank)	methoxymalonate biosynthesis protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note	ORF4*
Note (GenBank)	ORF7*
Reference	ACC Q3S888 PmId [16207901] Organization of the biosynthetic gene cluster for the macrolide concanamycin A in Streptomyces neyagawaensis ATCC 27449. (Microbiology. , 2005) comment ORF4* methoxymalonate biosynthesis ORF4*はmethoxymalonyl-ACPの生合成に関与が示唆されている遺伝子を含んだascomycin biosynthetic clusterにあるFkbHにhomologousである。
Related Reference	ACC Q1G727 NITE Oxzol_00080 PmId [16895402] The bifunctional glyceryl transferase/phosphatase OzmB belonging to the HAD superfamily that diverts 1,3-bisphosphoglycerate into polyketide biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2006) comment 11th, id72%, 1e-126 Streptomyces albus_ozmB Glyceroyl transferase/phosphatase OzmBは、まずD-3-phosphoglyceryl-S-OzmB中間体を形成するため、glycolytic poolからD-1,3-bisphosphoglycerateを隔離し、それからD-3-glyceryl-S-OzmB種を産出するためリン酸基を除去する（phosphataseとして働く）、そして最後にpolykeide生合成のためのステージをセットするためACPにglycoryl基を移動する（glyceryl transferaseとして働く）ことが実証された。・D-3-phosphoglycerate, ATP, Mg2+, and D-3-phosphoglycerate kinaseとOzmBのインキュベーションは、glyceryl-S-OzmBをもたらすことを質量分析で確認。・OzmBのglycerate付着部位はC(266)-R-V-V(270). ・tautomycin生合成gene cluster由来TtmDのholo-ACP変換型とglyceryl-S-OzmBからglyceryl-S-TtmDをもたらすので、glyceryl-S-OzmBはACPの4'-Ppant部分の-SH基へglycerylを移動できる。・脱リン酸化に重要であるaspartateを変異したOzmB(D14V)はD-3-phosphoglyceryl-S-OzmBをもたらし、phosphatase活性が廃止されている。
	ACC Q8KUG4 NITE Ansam_00180 PmId [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) [17076505] On the biosynthetic origin of methoxymalonyl-acyl carrier protein, the substrate for incorporation of "glycolate" units into ansamitocin and soraphen A. (J Am Chem Soc. , 2006) comment 15th, id68%, 1e-114 Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm16 Putative uncharacterized protein asm16 -- [PMID: 11996558](2002) S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6- deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。 -- [PMID: 17076505](2006) ansamitocin producerであるActinosynnema pretiosumと、soraphen producerであるSorangium cellulosumを使った追加のfeeding実験。ラベルした基質を用いた実験に基づき、1,3-bisphospho-D-glycerateからmehoxymalonyl-ACPが合成されると結論付けている。 methoxymalonyl-ACP生合成のproposed pathway: 1,3-bisphospho-D-glycetateは、Asm16によってACP(Asm14)のthiol基(-SH)へ移される。その結果できた3-phosphoglyceryl-ACPのphosphate ester基の切断もまた、Asm16によって触媒されるかもしれない。その理由→Asm16はタンパクレベルで少なくとも25-30%の相同性をaspartate-dependent hydrolasesのHAD superfamilyのIIIC subgroup(interpro IPR010033)のメンバーに示す。これらの酵素の多くの機能は不明だが、HAD III subfamilyの特徴付けられたメンバーは明らかに大きな基質(phosphorylated proteins)を使うphosphatases（脱リン酸化酵素）である。よってAsm16によって1,3-bisphospho-D-glycetate→glyceryl-ACPが形成される。
	PmId [17390589] ( , ) comment 相当するUniProt entryなし。 concanamycin Aを産生するStreptomyces sp. Go22/15で、立体特異的に13C標識したglycerol enantiomersを用いてglycolate unitsの生合成起源を調査している。 Streptomyces sp. Go22/15由来cocI, J, K, G, Hの配列データ(未発表)は、concanamycin産生株S. neyagawaensisのものにほとんど一致するとDiscussionで述べられている。 CocHとCon-ORF4*などとのAA配列alignmentあり。

Sequence

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [methoxymalonate biosynthesis protein]
MSDKTGADAPALVKCLVWDLDNTLWQGTLLEDAEVRLPDAIRAAIVELDARGILQSVCSR
NDHDLAWARLEELGVAEYFVLPEIGWGPKSDAVRRIAEGLNFAHRTIAFIDDQPAERAEV
AYHLPDVRCYPAEEASTLTGLPEFSPAVSTVDSRRRREMYQAGFRRETERSAYEGPDEEF
LRSLDLVMRIGRATEEEITRVEELTLRTSQMNATGVHYSDRTLRELSADPGHEVLVTTLA
DRFGPHGAVGVTLVEKHPAVWHLKLLATSCRVVSFGAGSVILNWLVDQAAAAGVHLVADF
RRTDRNRMMEVAYRFAGFDEEPCPCRDAVRTAQGAEEQETAEVERLHLVAAPRSASTTVQ
LIAPDLTERPAADPSVVAPA

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [methoxymalonate biosynthesis protein]
ATGAGCGACAAGACCGGCGCCGACGCGCCGGCCCTCGTGAAGTGCCTGGTCTGGGACCTG
GACAACACCCTCTGGCAGGGCACGCTGCTGGAGGACGCGGAGGTACGGCTGCCCGACGCG
ATACGGGCGGCGATCGTCGAACTCGACGCGCGCGGCATCCTGCAGTCCGTCTGCAGCCGC
AACGACCACGACCTGGCCTGGGCCCGTCTCGAAGAGCTGGGCGTCGCCGAGTACTTCGTC
CTGCCCGAGATCGGCTGGGGACCCAAGTCCGACGCGGTCCGGCGCATCGCCGAAGGACTG
AACTTCGCCCACCGGACCATCGCCTTCATCGACGACCAGCCCGCCGAACGGGCCGAGGTC
GCCTACCATCTCCCGGACGTCCGCTGCTACCCGGCCGAGGAGGCGTCCACCCTCACCGGC
CTGCCCGAGTTCAGCCCCGCCGTGAGCACGGTGGACTCCCGGCGCCGACGCGAGATGTAC
CAGGCCGGCTTCCGCAGGGAGACCGAACGGTCCGCCTACGAGGGCCCCGACGAGGAGTTC
CTCCGCTCCCTCGACCTGGTCATGCGCATCGGGCGGGCCACCGAGGAGGAGATCACCAGG
GTCGAGGAACTCACCCTGCGCACCAGCCAGATGAACGCCACCGGAGTGCACTACTCCGAC
CGGACGCTGCGCGAGCTGTCGGCGGACCCCGGCCACGAGGTCCTGGTCACCACCCTCGCC
GACCGGTTCGGACCGCACGGGGCCGTCGGCGTCACGCTGGTCGAGAAGCACCCCGCCGTA
TGGCATCTGAAGCTGCTCGCCACCTCCTGCCGCGTGGTGTCCTTCGGCGCCGGATCGGTC
ATCCTGAACTGGCTCGTGGACCAGGCCGCCGCGGCCGGGGTCCATCTCGTGGCCGACTTC
CGGCGGACGGACCGCAACCGCATGATGGAGGTCGCCTACCGGTTCGCGGGCTTCGACGAG
GAGCCCTGCCCCTGCCGCGACGCCGTGCGGACCGCGCAGGGAGCGGAAGAGCAGGAGACA
GCGGAGGTCGAGCGGCTGCATCTCGTCGCCGCACCCCGGTCCGCCTCCACGACCGTCCAG
TTGATCGCCCCCGACCTGACGGAGCGACCCGCCGCCGACCCCTCGGTCGTGGCCCCGGCG
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR010033 HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC (Domain) TIGR01681 HAD-SF-IIIC IPR010037 FkbH domain (Domain) TIGR01686 FkbH IPR016181 Acyl-CoA N-acyltransferase (Domain) G3DSA:3.40.630.30 Acyl_CoA_acyltransferase SSF55729 Acyl_CoA_acyltransferase IPR023214 HAD-like domain (Domain) G3DSA:3.40.50.1000 HAD-like_dom SSF56784 HAD-like_dom
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Conca_00120 Conca_00140