Asco_00080 Asco_00080   Asco_00100 Asco_00100

Asco_00090 : CDS information

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Organism
StrainATCC 14891 (=NBRC 13981)
Entry nameAscomycin
Contig
Start / Stop / Direction10,995 / 9,895 / - [in whole cluster]
10,995 / 9,895 / - [in contig]
Locationcomplement(9895..10995) [in whole cluster]
complement(9895..10995) [in contig]
TypeCDS
Length1,101 bp (366 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative oxidoreductase
Product (GenBank)FkbI
Gene
Gene (GenBank)fkbI
EC number
Keyword
  • methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)
  • acyl CoA dehydrogenase
Reference
ACC
PmId
[10863099] The FK520 gene cluster of Streptomyces hygroscopicus var. ascomyceticus (ATCC 14891) contains genes for biosynthesis of unusual polyketide extender units. (Gene. , 2000)
[14623185] Crystal structure of an Acyl-ACP dehydrogenase from the FK520 polyketide biosynthetic pathway: insights into extender unit biosynthesis. (J Mol Biol. , 2003)
[15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004)
comment
[PMID: 10863099](2000)
FK520 gene clusterの報告。
fkbI: glyceraldehyde-ACP C3 oxidation

fkbGHIJKは、extender unit mehoxymalonyl-ACPの合成に関与する、と相同性から提唱している。
fkbIはacyl-CoA dehydrogenaseをコードし、glyceraldehyde-ACPのC3にOを付加して、-CHO → -COOHにする。
実験的に確かめられてはいない。

---
[PMID: 14623185](2003)
FkbIの構造解析。foldはacyl-CoA dehydrogenasesと似ている。しかし他のacyl-CoA dehydrogenasesとのsurface and substrate-binding siteの違いから、acyl-CoAよりもacyl-ACPを基質に取るのかもしれないと言っている。

---
[PMID: 15179529](2004)
S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。
Related Reference
ACC
Q8KUG3
NITE
Ansam_00170
PmId
[11960423] Identification of a set of genes involved in the formation of the substrate for the incorporation of the unusual "glycolate" chain extension unit in ansamitocin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2002)
[11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002)
comment
14th(Q8KUG3) 65%, 1e-114
Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm15
Acyl-CoA dehydrogenase

---
[PMID:11960423](2002)
asm15不活化mutantはansamitocin非産生で、少量の10-desmethoxy-ansamitocin P-3を蓄積。
この化合物はPKSの3つめの鎖伸長stepで、珍しい伸長unitの代わりにmalonate unitを取り込んでいる。

よってasm15はester側鎖生成ではなく、ansamitocin骨格形成に必要とされる。
そしてasm15(たぶんasm13-17)が珍しい伸長unitの合成とPKSへの運搬に関連すると実証する。

また、CoAの代わりにSNACを使った2-hydroxymalonyl-SNAC or 2-methoxymalonyl-SNACでは、このmutantのansamitocin産生は回復しない。subclusterに含まれるasm14(ACPをコード)を不活化するとansamitocin産生や新規化合物蓄積なし。
よって鎖伸長反応の基質は、おそらく2-hydroxy- or 2-methoxymalonyl-ACPである。

---
[PMID:11996558](2002) abstract
S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。

また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。

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selected fasta
>putative oxidoreductase [FkbI]
MPERDALLTDLVGDRAAEWDTSGELPRDLLVRLGADGLLCAEVAAEHGGLGLGSRENGEF
TAHVGSLCSSLRSVMTSQGMAAWTVQRLGDAGQRATFLKELTSGKLAAVGFSERQAGSDL
SAMRTRVRLDGDTAVVDGHKVWTTAAAYADHLVVFGLQEDGSGAVVVVPADTPGVRVERV
PKPSGCRAAGHADLHLDQVRVPAGAVLAGSGASLPMLVAASLAYGRKSVAWGCVGILRAC
RTAAVAHARTREQFGRPLGDHQLVAGHIADLWTAEQIAARVCEYASDHWDEGSPEMVPAT
ILAKHVAAERAAAGAATAAQVLASAGAREGHVVERAYRDAKLMEIIEGSSEMCRVMLAQH
ALALPA
selected fasta
>putative oxidoreductase [FkbI]
ATGCCTGAGCGTGACGCGCTGCTGACCGACCTTGTCGGTGACCGGGCCGCCGAGTGGGAC
ACGTCCGGCGAACTGCCGCGCGACCTGCTCGTCCGGCTCGGCGCCGACGGCCTGCTCTGC
GCGGAAGTGGCGGCCGAGCACGGCGGTCTGGGACTCGGCAGCCGGGAGAACGGCGAGTTC
ACCGCACACGTCGGCAGCCTCTGCAGTTCGCTGCGCAGTGTCATGACGTCGCAGGGCATG
GCCGCGTGGACCGTGCAGCGGCTCGGCGACGCCGGTCAGCGGGCGACCTTCCTGAAGGAG
CTGACCAGCGGGAAACTCGCGGCCGTCGGCTTCAGTGAGCGGCAGGCGGGCAGCGATCTG
TCGGCGATGCGGACGCGGGTTCGGCTCGACGGGGACACCGCTGTCGTCGACGGCCACAAG
GTCTGGACGACTGCCGCCGCCTACGCGGACCACCTGGTCGTCTTCGGTCTCCAGGAGGAT
GGTTCCGGTGCGGTGGTGGTCGTGCCCGCCGACACCCCCGGCGTACGCGTCGAGCGCGTC
CCGAAGCCGTCCGGCTGCCGCGCCGCCGGCCACGCCGATCTGCACCTGGACCAGGTGCGT
GTGCCGGCCGGCGCGGTCCTGGCCGGCTCCGGCGCGTCACTGCCGATGCTGGTCGCGGCG
TCACTCGCCTACGGGCGCAAGTCGGTCGCCTGGGGCTGCGTCGGGATCCTGCGGGCCTGC
CGCACCGCCGCGGTGGCCCACGCCCGGACCCGGGAGCAGTTCGGCCGGCCGCTCGGCGAC
CACCAACTCGTCGCCGGGCACATCGCCGACCTGTGGACCGCGGAGCAGATCGCGGCCCGC
GTGTGCGAGTACGCCAGCGACCACTGGGACGAGGGCTCGCCCGAGATGGTGCCCGCGACG
ATCCTGGCCAAGCACGTCGCCGCCGAACGAGCCGCCGCCGGGGCCGCGACCGCCGCACAG
GTGCTCGCGTCGGCAGGCGCGAGAGAGGGACACGTCGTCGAACGGGCGTACCGCGACGCC
AAGCTCATGGAGATCATCGAGGGCAGCAGCGAGATGTGCCGGGTGATGCTGGCCCAGCAC
GCGCTGGCGCTCCCGGCTTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006090 Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1 (Domain)
[220-362] 8.30000000000004e-28 PF00441
PF00441   Acyl-CoA_dh_1
IPR006091 Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, central domain (Domain)
[108-156] 1.2e-13 PF02770
PF02770   Acyl-CoA_dh_M
[108-200] 1.5e-27 G3DSA:2.40.110.10
G3DSA:2.40.110.10   Acyl_CoA_DH/ox_M
IPR006092 Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal (Domain)
[13-105] 6.1e-12 PF02771
PF02771   Acyl-CoA_dh_N
IPR009075 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal (Domain)
[201-365] 2.1e-35 G3DSA:1.20.140.10
G3DSA:1.20.140.10   AcylCoA_DH_1/2_C
[210-365] 7.6999848053369e-33 SSF47203
SSF47203   AcylCoADH_C_like
IPR009100 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase (Domain)
[3-212] 1.40000506907309e-50 SSF56645
SSF56645   AcylCoA_dehyd_NM
IPR013786 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal (Domain)
[9-105] 2.7e-23 G3DSA:1.10.540.10
G3DSA:1.10.540.10   AcylCoA_DH/ox_N
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Asco_00080 Asco_00080   Asco_00100 Asco_00100
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