MUP_00450 : CDS information

Location

Organism	Mycobacterium ulcerans
Strain	Agy99
Entry name	Mycolactone
Contig	BX649209
Start / Stop / Direction	140,606 / 141,592 / + [in whole cluster] 140,606 / 141,592 / + [in contig]
Location	140606..141592 [in whole cluster] 140606..141592 [in contig]
Type	CDS
Length	987 bp (328 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative acyltransferase
Product (GenBank)	probable beta-ketoacyl synthase-like protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	MUP045, -, len: 328 aa. Probable beta-ketoacyl synthase-like protein, weakly similar to Q9KHD3 Type III beta-ketoacyl synthase-like protein from Streptomyces griseus subsp. griseus (345 aa), fasta scores: opt: 238, E(): 1e-07, (26.282% identity in 312 aa overlap). Most similar to Q54816 Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase from Streptomyces peucetius (353 aa), fasta scores: opt: 301, E(): 9.1e-12, (31.672% identity in 341 aa overlap); and also similar to several 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthases e.g. Q9A8I4 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III from Caulobacter crescentus (322 aa), fasta scores: opt: 259, E(): 4.3e-09, (26.935% identity in 323 aa overlap).
Reference	ACC Q6MZ66 PmId [14736915] Giant plasmid-encoded polyketide synthases produce the macrolide toxin of Mycobacterium ulcerans. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2004) [16008585] Modulation of the host immune response by a transient intracellular stage of Mycobacterium ulcerans: the contribution of endogenous mycolactone toxin. (Cell Microbiol. , 2005) comment [PMID: 14736915](2004) mycolactone合成に必要十分なclusterを有する174kb plasmid pMUM001の報告。 mup045がコードするFabH-like type III ketosynthases (KS)に似ている酵素は、一般的なFabHのactive siteはひとつも保存されていないが、mycolactone coreとside chainの間のエステル結合形成を触媒するかもしれない。 --- [PMID: 16008585](2005) 実験でmup045へのtransposon insertionがあるMycobacterium ulcerans mutantを使用している。このmutantはmycolactoneを産生できないとのこと。
Related Reference	ACC Q67G55 NITE Heda_00030 PmId [19942143] In vivo and in vitro analysis of the hedamycin polyketide synthase. (Chem Biol. , 2009) comment 19th, id31%, 1e-24 Streptomyces griseoruber_hedS [Heda_00030]putative ketoacyl-ACP synthase hedS: ketosynthase III(KSIII) HedSとhedFはcluster同定論文でstarter unit形成に関与すると考えられていたが、この論文で関係ないことが確認されている。 HedSは細菌のFASに見られるKSIIIのhomologueで、DpsC、ZhuHにも似ている。
Related Reference	ACC Q54816 NITE Adria_00290 PmId [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) [10423255] Purification and properties of the Streptomyces peucetius DpsC beta-ketoacyl:acyl carrier protein synthase III that specifies the propionate-starter unit for type II polyketide biosynthesis. (Biochemistry. , 1999) comment 21st, id29%, 1e-23 Streptomyces peucetius_dpsC [Adria_00290]polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit -- [PMID: 10419974](1999) dpsCDを含まないとstarter unitがacetateの化合物しかできない。 DnrG and DpsABEFG + purified DpsCで、starterがpropionyl-CoAのUMW5を産生できる。 DpsDに関しては、内在性の酵素が代替している可能性あり。 DpsCは、aklanonic acidの最初の5C unitを合成するために、DpsG and DpsDと、またはDpsG, DpsD, and DpsABと一緒にKS IIIとして機能するかもしれないとref2で実証されている。 ↓そのref2 --- [PMID: 10423255](1999)abstract 精製されたDpsCは基質としてpropionyl-CoAを使用すること、Ser-118でpropionateによってacylateされることがわかった。基質特異性は高く、propionyl-CoAのみを利用し、malonyl-CoA, 2-methylmalonyl-CoA or acetyl-CoAを使用しない。 DpsCは、propionyl-CoAとmalonyl-ACPの縮合を触媒することでKAS III活性を示す。 ACPへのpropionateの移動においてacyltransferseとしても機能する。

Sequence

>putative acyltransferase [probable beta-ketoacyl synthase-like protein]
MIWNDIYISGTGRFIPSMRPINDIQVDGVPNDHTIVQSDYISFTEADEPATVMATRAATE
ALTTSELVSADVGVLIYAAIIGDAHHFAPVCHVQRVLRAPDALAFELSAASNGGTQGIAV
AANLMTADASVKAALVCTAYRHPIDIISRWSSGMVFGDGAAAAVLSRDGGMVRLISGYHG
SLPELEVLARNRSNERLGFVLPDVGLGKYLTAIARMYQAVIAQVLEEAQTSIAEIDYFGL
IGIGIPSLTATILEPNGIPVNKTSWGLLRQMGHVGACDPLLSLNHLFEQNVLKRGDKVLL
LGGGVGYRLTCIVAEIAMNPGVPGHSTS

>putative acyltransferase [probable beta-ketoacyl synthase-like protein]
GTGATTTGGAATGACATCTACATAAGTGGAACGGGGCGTTTCATCCCGTCAATGCGACCA
ATTAATGATATCCAGGTCGACGGTGTTCCGAATGATCATACTATCGTGCAATCCGATTAC
ATTTCCTTCACCGAAGCCGATGAGCCGGCTACAGTCATGGCCACGCGCGCTGCAACCGAA
GCGCTGACCACTTCCGAGCTAGTATCCGCTGATGTTGGCGTCTTGATATATGCCGCGATC
ATCGGCGATGCGCATCATTTTGCCCCCGTATGTCACGTCCAAAGAGTCCTCCGGGCGCCC
GATGCGCTGGCATTCGAACTTTCCGCAGCAAGTAACGGTGGAACACAAGGCATCGCAGTT
GCTGCAAATCTCATGACAGCTGACGCGTCCGTGAAAGCTGCACTCGTTTGTACAGCTTAC
CGGCACCCGATCGATATTATCAGCCGTTGGTCGTCAGGTATGGTATTCGGCGATGGAGCA
GCCGCCGCCGTGCTTTCAAGAGACGGCGGAATGGTGCGATTGATTTCCGGGTATCACGGC
TCACTGCCGGAGCTAGAGGTTCTTGCTAGAAATCGATCCAACGAACGACTTGGCTTTGTG
CTGCCAGACGTCGGGTTAGGAAAATACCTAACTGCTATAGCGCGGATGTACCAAGCGGTA
ATTGCGCAAGTACTAGAAGAGGCACAAACTAGTATTGCCGAGATCGACTATTTCGGCCTG
ATCGGTATAGGAATTCCAAGTCTCACAGCGACTATCTTAGAACCCAACGGTATTCCAGTT
AATAAAACATCCTGGGGTTTGCTAAGACAAATGGGCCACGTTGGAGCTTGCGATCCCCTG
CTGAGCCTTAACCACCTATTCGAGCAGAATGTCCTCAAGCGCGGCGACAAAGTCCTACTC
CTAGGTGGCGGGGTGGGGTATCGATTGACATGCATTGTGGCTGAAATCGCCATGAATCCC
GGCGTGCCCGGACACTCCACTTCGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain) PF08541 ACP_syn_III_C IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain) PF08545 ACP_syn_III IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain) G3DSA:3.40.47.10 Thiolase-like_subgr IPR016039 Thiolase-like (Domain) SSF53901 Thiolase-like
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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