Nanch_00010 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nanchangensis
Strain	NS3226
Entry name	Nanchangmycin
Contig	AF521085
Start / Stop / Direction	2,052 / 682 / - [in whole cluster] 2,052 / 682 / - [in contig]
Location	complement(682..2052) [in whole cluster] complement(682..2052) [in contig]
Type	CDS
Length	1,371 bp (456 aa)

Annotation

Category	4.3 transport
Product	putative major facilitator superfamily transporter
Product (GenBank)	NanT1
Gene
Gene (GenBank)	nanT1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	putative integral membrane transport protein
Reference	ACC Q7WTG2 PmId [12770825] A complete gene cluster from Streptomyces nanchangensis NS3226 encoding biosynthesis of the polyether ionophore nanchangmycin. (Chem Biol. , 2003) comment Nanchangmycin生合成のためのcomplete gene clusterの報告。（complete clusterと言っているが、同定されたclusterがNanchangmycin生合成に十分かは確認されていない。）配列解析からの機能予測 NanT1: Integral membrane transport protein これより左側にあるCN(carbon-nitrogen)-hydrolasesは、Nanchangmycin産生に関与しないことをgene disruption experimentで確認している。
Related Reference	ACC P76350 PmId [9524262] Cloning and analysis of the shiA gene, which encodes the shikimate transport system of escherichia coli K-12. (Gene. , 1998) comment 500th(P76350) 36%, 5e-71 E.coli_shiA Shikimate transporter Escherichia coli K-12においてシキミ酸の輸送に関与するshiA遺伝子をクローニングしてシークエンス。ShiAはそのアミノ酸配列からMFS superfamilyに属する。shiA破壊株ではシキミ酸の輸送ができなくなった。シキミ酸を芳香環の供与体として添加したときに生育できるaroE strainでshiAを高発現させると、dehydroshikimate (DHS)が蓄積し、シキミ酸の輸送が阻害された（シキミ酸の前駆体であるDHSによってシキミ酸輸送が調節されている）。E. coliではshiAの発現は、芳香族アミノ酸の生合成と輸送に関与する遺伝子群の発現を調節するTyrAでは制御されていないようだった。

Sequence

>putative major facilitator superfamily transporter [NanT1]
MHDTTKDDPRASERRSGVRRAFVASLTGTALEWYDFAVYSAAAALVFGDLFFPSEDPLTG
TLLAFSTYAVGYVSRPLGGIVFGRLGDVIGRKKVLIATLVLIGAATFLIGVLPTYSTIGV
AAPIALVVLRFAQGVGVGGEWGGAVLLSSEFGDSRRRGFYASAAQVGPPAGNLLANGVLA
ALGALLTEAQFEAWGWRVAFLLSGALVAFGLWIRAKLEETPVFKAMEAEQSRPEAPIREV
FTTQPRALLAAILCRVGPDVLYAMFTVFVLTYATGELGMSRGSALAAVLIGSSLQVFLMP
LAGAVSDRINRRVLYGCAAVAAGVWPFLFFPMIGGGSWIPLALGVVVGLVIHSFLYGPQA
AFIAEQFSPRLRYTGSSLAYTLAGIIGGAIAPLLFTTLLSAYGSWLPLALYIAVAAAVSL
AGVLLGRDPEAAVDEDAQLATPAAQATADAARPTAV

>putative major facilitator superfamily transporter [NanT1]
ATGCACGACACCACCAAGGACGATCCGAGGGCGTCCGAGAGGCGCTCCGGCGTCCGGCGG
GCCTTTGTCGCGAGCCTGACCGGCACAGCCCTGGAGTGGTACGACTTCGCCGTCTACTCC
GCCGCGGCGGCCCTGGTCTTCGGCGATCTCTTCTTCCCTTCGGAGGACCCGCTCACCGGC
ACGCTGCTGGCCTTCTCCACATACGCGGTCGGCTACGTCTCGCGCCCGCTGGGCGGGATC
GTCTTCGGTCGCCTCGGCGATGTGATCGGCCGCAAGAAGGTGCTGATCGCCACACTGGTC
CTGATCGGCGCGGCCACGTTCCTGATCGGCGTCCTGCCCACGTACTCCACGATCGGGGTC
GCCGCCCCGATCGCCCTGGTCGTGCTGCGGTTCGCGCAGGGCGTGGGCGTCGGCGGCGAG
TGGGGCGGCGCGGTGCTGCTGTCCAGCGAGTTCGGCGACTCGCGCCGCCGCGGTTTCTAC
GCCTCCGCCGCGCAGGTGGGCCCGCCCGCGGGCAACCTCCTGGCCAACGGCGTCCTGGCC
GCCCTCGGCGCGCTGCTGACCGAGGCGCAGTTCGAGGCATGGGGCTGGCGCGTGGCCTTC
CTGCTCTCCGGCGCCCTCGTCGCCTTCGGCCTGTGGATCAGGGCGAAGCTGGAGGAGACC
CCGGTCTTCAAGGCGATGGAGGCCGAGCAGTCCCGGCCCGAGGCGCCGATCCGCGAGGTC
TTCACCACCCAGCCCCGCGCCCTGCTCGCCGCGATCCTCTGCCGCGTCGGCCCCGACGTG
CTGTACGCCATGTTCACCGTCTTCGTCCTGACGTACGCCACCGGAGAACTGGGCATGTCG
CGCGGTTCCGCCCTCGCGGCCGTCCTCATCGGCTCCTCGCTGCAGGTCTTCCTGATGCCG
CTGGCCGGTGCCGTCTCCGACCGGATCAACCGTCGAGTGCTGTACGGCTGTGCCGCGGTG
GCCGCCGGTGTGTGGCCGTTCCTGTTCTTCCCGATGATCGGCGGCGGCAGCTGGATCCCG
CTGGCGCTCGGCGTCGTGGTGGGCCTCGTGATCCACTCCTTCCTGTACGGGCCGCAGGCC
GCCTTCATCGCCGAGCAGTTCTCGCCCCGGCTGCGCTACACCGGCTCATCGCTGGCGTAC
ACCCTGGCCGGGATCATCGGCGGCGCCATCGCCCCGCTGCTGTTCACCACCCTGCTGAGC
GCCTACGGCAGCTGGCTGCCGCTGGCCCTCTACATCGCCGTCGCCGCGGCCGTCTCCCTC
GCGGGGGTGCTCCTGGGCCGCGATCCCGAAGCCGCCGTCGACGAGGACGCCCAGCTCGCC
ACACCGGCCGCGCAGGCCACGGCCGACGCCGCCCGACCCACTGCCGTCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005828 General substrate transporter (Family) PF00083 Sugar_tr IPR011701 Major facilitator superfamily (Family) PF07690 MFS_1 IPR016196 Major facilitator superfamily domain, general substrate transporter (Domain) SSF103473 MFS_gen_substrate_transporter IPR020846 Major facilitator superfamily domain (Domain) PS50850 MFS
SignalP	No significant hit
TMHMM	Transmembrane 12

first Nanch_00020