Pyolu_00030 Pyolu_00030   Pyolu_00050 Pyolu_00050

Pyolu_00040 : CDS information

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Organism
StrainPf-5
Entry namePyoluteorin
Contig
Start / Stop / Direction3,460 / 4,809 / + [in whole cluster]
3,460 / 4,809 / + [in contig]
Location3460..4809 [in whole cluster]
3460..4809 [in contig]
TypeCDS
Length1,350 bp (449 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
ProductFADH2-dependent L-pyrrolyl-PCP halogenase
Product (GenBank)putative halogenase
Gene
Gene (GenBank)pltA
EC number
Keyword
  • dichlorination
  • pyrrole ring moiety
Note
Note (GenBank)
  • contains N-terminal NAD(P)H binding site; PltA
Reference
ACC
PmId
[10094695] Characterization of the pyoluteorin biosynthetic gene cluster of Pseudomonas fluorescens Pf-5. (J Bacteriol. , 1999)
[16162666] Dichlorination of a pyrrolyl-S-carrier protein by FADH2-dependent halogenase PltA during pyoluteorin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2005)
[26416533] Crystal structure of halogenase PltA from the pyoluteorin biosynthetic pathway. (J Struct Biol. , 2015)
comment
[PMID: 10094695](1999)
pyoluteorin生合成clusterの5'側 pltM-pltGについての論文
pltA: halogenase @pyrrole chlorination

PltA, PltD, and PltMは、二次代謝産物をchlorinateするhalogenase enzymesの新しいクラスに属する。
(fig5では、PKSに取り込まれる前のstarter unit prolineがchlorinateされる経路も示されている。)

NADH cofactor bindingに必要な構造を担うmotifをPltAとPltMは持っているが、PltDは持っていない。
pltMはRBSが見当たらず、上流pltRとoverlapもあることから、pltMとpltRは翻訳共役であると考えられる。

pltAを挿入不活化するとpyoluteorin産生されないので、PltAはpyoluteorin合成に必須。

---
[PMID: 16162666](2005)
PltAとPltMについて検討した論文。

PltAはpyrrolyl-S-PltLのpyrrole環をdichlorinationを触媒するFADH2-dependent halogenaseである。
先にposition 5で、次にposition 4でchlorinationすることを、HPLCによる中間体の解析で確認している。
PltA活性は、NAD(P)Hを使用してFADH2を産生する異種性のflavin reductaseに依存する。

dichlorinationのメカニズムは、heteroaromatic pyrrole部分のelectron rich C4 and C5による捕獲のためのFAD-4a-OCl中間体形成に関連することが提唱されている。

---
[PMID: 26416533](2015)
PltAの結晶構造解析。

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selected fasta
>FADH2-dependent L-pyrrolyl-PCP halogenase [putative halogenase]
MSDHDYDVVIIGGGPAGSTMASYLAKAGVKCAVFEKELFEREHVGESLVPATTPVLLEIG
VMEKIEKANFPKKFGAAWTSADSGPEDKMGFQGLDHDFRSAEILFNERKQEGVDRDFTFH
VDRGKFDRILLEHAGSLGAKVFQGVEIADVEFLSPGNVIVNAKLGKRSVEIKAKMVVDAS
GRNVLLGRRLGLREKDPVFNQFAIHSWFDNFDRKSATQSPDKVDYIFIHFLPMTNTWVWQ
IPITETITSVGVVTQKQNYTNSDLTYEEFFWEAVKTRENLHDALKASEQVRPFKKEADYS
YGMKEVCGDSFVLIGDAARFVDPIFSSGVSVALNSARIASGDIIEAVKNNDFSKSSFTHY
EGMIRNGIKNWYEFITLYYRLNILFTAFVQDPRYRLDILQLLQGDVYSGKRLEVLDKMRE
IIAAVESDPEHLWHKYLGDMQVPTAKPAF
selected fasta
>FADH2-dependent L-pyrrolyl-PCP halogenase [putative halogenase]
ATGAGCGATCATGATTATGATGTAGTGATTATCGGTGGCGGGCCGGCGGGTTCGACCATG
GCCTCCTACCTGGCAAAAGCCGGTGTCAAATGCGCGGTGTTCGAAAAAGAACTGTTCGAG
CGCGAGCATGTTGGCGAGTCGCTGGTACCGGCCACCACTCCGGTGCTGCTGGAAATCGGG
GTGATGGAAAAGATCGAGAAAGCCAACTTCCCGAAGAAGTTCGGCGCTGCCTGGACCTCG
GCAGATTCCGGCCCCGAAGACAAGATGGGCTTCCAGGGGCTGGACCACGATTTCCGTTCG
GCGGAAATCCTCTTCAACGAGCGCAAGCAGGAAGGGGTCGATCGCGACTTCACGTTCCAC
GTCGACCGCGGCAAGTTCGACCGCATTCTTCTGGAGCACGCAGGTTCGCTGGGGGCCAAG
GTCTTCCAGGGCGTGGAGATCGCTGACGTCGAGTTTCTCAGCCCGGGCAATGTCATTGTC
AATGCCAAGCTGGGCAAGCGCAGCGTGGAGATCAAGGCCAAGATGGTGGTGGATGCCAGC
GGTCGCAACGTGCTGCTGGGCCGCCGGCTGGGCTTGCGAGAAAAGGACCCGGTCTTCAAC
CAGTTCGCGATTCACTCCTGGTTCGACAACTTCGACCGCAAGTCGGCGACGCAAAGCCCG
GACAAGGTCGACTACATCTTCATTCACTTCCTGCCGATGACCAATACCTGGGTCTGGCAG
ATCCCGATCACCGAAACCATTACCAGCGTGGGCGTGGTTACGCAGAAGCAGAACTACACC
AACTCCGACCTCACCTATGAAGAGTTCTTCTGGGAAGCGGTGAAGACCCGGGAAAACCTG
CATGACGCGCTGAAGGCATCGGAGCAGGTCCGCCCGTTCAAGAAAGAGGCGGACTACAGC
TACGGCATGAAAGAAGTCTGTGGCGACAGCTTCGTGCTGATCGGCGATGCCGCACGGTTC
GTCGACCCGATCTTCTCCAGCGGCGTCAGCGTTGCACTCAACAGTGCGCGCATCGCCAGC
GGCGACATCATCGAGGCGGTGAAGAACAACGACTTTAGCAAGTCCAGTTTCACTCACTAC
GAAGGCATGATCAGGAATGGCATCAAGAACTGGTATGAGTTCATCACGCTCTATTACCGC
CTGAACATCCTCTTCACCGCGTTCGTTCAAGACCCACGCTACCGCCTGGACATCCTGCAA
TTGCTGCAAGGGGACGTCTACAGCGGCAAGCGCCTGGAAGTGCTGGACAAGATGCGCGAA
ATCATCGCTGCGGTTGAAAGCGACCCGGAACACCTCTGGCACAAGTACCTGGGCGACATG
CAGGTTCCTACCGCCAAACCCGCGTTCTAA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[7-29] 7e-09 PR00420 [308-323] 7e-09 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
IPR006905 Tryptophan halogenase (Family)
[115-382] 1.8e-18 PF04820
PF04820   Trp_halogenase
IPR023753 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, FAD/NAD(P)-binding domain (Domain)
[7-85] 7.6e-07 PF07992
PF07992   Pyr_redox_2
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Pyolu_00030 Pyolu_00030   Pyolu_00050 Pyolu_00050
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