Rapam_00220 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces rapamycinicus
Strain	NRRL 5491
Entry name	Rapamycin
Contig	X86780
Start / Stop / Direction	97,622 / 98,404 / + [in whole cluster] 97,622 / 98,404 / + [in contig]
Location	97622..98404 [in whole cluster] 97622..98404 [in contig]
Type	CDS
Length	783 bp (260 aa)

Annotation

Category	3.2 modification methylation
Product	C-39 O-methyltransferase
Product (GenBank)	methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)	rapI
EC number	2.1.1.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q54306 PmId [7644502] The biosynthetic gene cluster for the polyketide immunosuppressant rapamycin. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1995) [8635730] Organisation of the biosynthetic gene cluster for rapamycin in Streptomyces hygroscopicus: analysis of genes flanking the polyketide synthase. (Gene. , 1996) [11372782] Deletion of rapQONML from the rapamycin gene cluster of Streptomyces hygroscopicus gives production of the 16-O-desmethyl-27-desmethoxy analog. (J Antibiot (Tokyo). , 2001) [16990929] Rapamycin biosynthesis: Elucidation of gene product function. (Org Biomol Chem. , 2006) comment [PMID: 7644502](1995) rapamycin生合成gene clusterの報告。配列解析。 ORF I: ? --- [PMID: 8635730](1996) PKS flanking genesの配列解析。 three potential SAM-dependent O-methyltransferases (MTases), RapI, RapM and RapQ. これらはmacrocycleの'late' modificationに関与している可能性がある。 -- [PMID: 11372782](2001) RapMとRapQはC-16 and C-27でのhydroxyl基をメチル化することが実験されているので、消去法でRapIが残りのC-39 hydroxylでのmethylationをするようだと言っている。 -- [PMID: 16990929](2006) rapKIJMNOQL deletion mutant S.hygroscopicus MG2-10をrapIで相補すると、C-39でのみO-methylationされたpre-rapamycin(PKSから放出された後の最初の中間体。未修飾aglycon.)が得られる。また、rapIを発現したS.lividans TK24株にpre-rapamycinを与えると、同じ化合物が得られた。 rapKIJMNOQL deletion mutant S.hygroscopicus MG2-10をrapINOで相補すると、C-27でhydroxylateされ、C-39でmethylateされたpre-rapamycinを蓄積。よって、RapIはC-39に特異的なO-methylationを担う。
Related Reference	ACC Q9KID5 NITE Asco_00190 PmId [8752344] Characterization of methyltransferase and hydroxylase genes involved in the biosynthesis of the immunosuppressants FK506 and FK520. (J Bacteriol. , 1996) comment 3rd(Q9KID5) 72%, 1e-105 Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbM [Asco_00190]31-O-methyltransferase [PMID: 8752344](1996) Disruption mutantを作製して実験している。 PKSによって合成された中間体はFkbPによって縮合されてPKS complexから放出されると、alpha-ketoamide functionを得るためにC9がFkbDによってhydroxylateされ、FkbOによって酸化される。そしてC31のhydroxyl基はFkbMによってメチル化される。

Sequence

>C-39 O-methyltransferase [methyltransferase]
MSASVQTIKLPYGRPSAHVNPGEAQFLYQEIFAERCYLRRGLELRAGDVVFDVGANIGMF
SLFAHLECPDVTVHAFEPAPVPYAALRANAERYAIAGRFEQCAVSDVAGRGKMTFYTDTT
MMSGFHPDPATRAELLRRLAINGGYSAEAADRMLAELPDTSQVIETSVVRLSDVIAERGI
TSIGLLKIDVEKNERHVMAGIDAGDWPRIRQVVTEVHDIDGRLDEVLTLLRGQGFTVLSE
QEPLFAGTDIYQVVARRGDA

>C-39 O-methyltransferase [methyltransferase]
GTGAGCGCGTCCGTGCAGACCATCAAGCTGCCGTACGGCAGACCGTCGGCCCACGTCAAC
CCGGGCGAGGCGCAGTTCCTCTACCAGGAGATCTTCGCCGAGCGGTGCTACTTGCGGCGC
GGCCTTGAGCTGCGAGCGGGTGACGTGGTCTTCGACGTCGGCGCGAACATCGGCATGTTC
TCGCTCTTCGCCCACCTGGAGTGCCCCGATGTCACGGTGCACGCCTTCGAGCCGGCGCCG
GTGCCGTACGCCGCGCTCAGGGCCAATGCCGAGCGGTACGCCATCGCGGGCCGGTTCGAG
CAGTGCGCGGTCTCGGACGTGGCCGGCCGCGGCAAGATGACGTTCTACACGGATACCACG
ATGATGTCGGGCTTCCACCCGGATCCGGCGACCCGCGCGGAGCTGCTGCGCAGGCTCGCC
ATCAACGGCGGGTACAGTGCCGAGGCCGCCGACCGGATGCTGGCCGAGCTGCCGGACACC
AGCCAGGTGATCGAGACGTCCGTCGTACGCCTCTCCGACGTCATCGCGGAGCGGGGCATC
ACCTCGATCGGACTGCTCAAGATCGATGTGGAGAAGAACGAGCGGCATGTGATGGCCGGG
ATCGACGCGGGCGACTGGCCGCGCATCCGCCAGGTCGTCACCGAGGTGCACGACATCGAC
GGCAGGCTCGACGAGGTCCTCACACTGCTGCGCGGGCAGGGCTTCACGGTCCTCAGCGAG
CAGGAGCCGCTCTTCGCCGGCACCGACATCTACCAGGTCGTCGCCCGCCGCGGGGACGCC
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR006342 Methyltransferase FkbM (Domain) TIGR01444 FkbM_fam PF05050 Methyltransf_21
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Rapam_00210 Rapam_00230