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Spino_00130 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 18538
Entry nameSpinosyn
Contig
Start / Stop / Direction16,556 / 17,743 / + [in whole cluster]
16,556 / 17,743 / + [in contig]
Location16556..17743 [in whole cluster]
16556..17743 [in contig]
TypeCDS
Length1,188 bp (395 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
ProductL-rhamnose C-2' O-methyltransferase
Product (GenBank)probable O-methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)spnI
EC number2.1.1.-
Keyword
  • tri-O-methylrhamnose
Note
Note (GenBank)
  • involved in rhamnose O-methylation
Reference
ACC
PmId
[11358695] Cloning and analysis of the spinosad biosynthetic gene cluster of Saccharopolyspora spinosa. (Chem Biol. , 2001)
[11386361] A cluster of genes for the biosynthesis of spinosyns, novel macrolide insect control agents produced by Saccharopolyspora spinosa. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000)
[20158237] Biosynthesis of spinosyn in Saccharopolyspora spinosa: synthesis of permethylated rhamnose and characterization of the functions of SpnH, SpnI, and SpnK. (J Am Chem Soc. , 2010)
comment
[PMID: 11358695](2001)
spinosad biosynthetic gene clusterの報告。
spnI(396aa): rhamnose; O-methyl-transferase

spnI or spnKのmutantはspinosyns非産生。
spnI mutantはtri-O-methylrhamnose部分で4'-O-methyl基のないspinosyn K→spinosyn Aへの変換可能なので、4'-O-methyltransferase活性あり。
2'-O-mehtylのみmethyl化されたspinosyn Pからは4'-O-methyl基を増やすことまでしかできない。
よってspnI mutantは3'-O-methyltransferase活性を欠く。

以上から、SpnIはtri-O-methylrhamnose部分の合成過程で3位をMethyl化すると割り当てられている。
（しかし、この状況では2'-methylationの可能性も否定できない。）

--
[PMID: 11386361](2000)
同じ著者らの先行論文。
spnI: Rhamnose methylation

--
[PMID: 20158237](2010)
使用しているのはNRRL18537.

rhamnose methyltransferasesとされるSpnH, SpnI, and SpnKの機能検証、そのpermethylation過程の役割を確認。
SpnH, SpnI, and SpnK がそれぞれrhamnose 4'-, 2'-, and 3'-O-methyltransferaseであることが確立された。
これらの共通した基質は、rhamnoseが付加されたaglyconeである。
また、SpnI→SpnK→SpnHという順番で働くこともわかっている。

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selected fasta
>L-rhamnose C-2' O-methyltransferase [probable O-methyltransferase]
MSEIAVAPWSVVERLLLAAGAGPAKLQEAVQVAGLDAVADAIVDELVVRCDPLSLDESVR
IGLEITSGAQLVRRTVELDHAGLRLAAVAEAAAVLRFDAVDLLEGLFGPVDGRRHNSREV
RWSDSMTQFSPDQGLAGAQRLLAFRNRVSTAVHAVLAAAATRRADLGALAVRYGSDKWAD
LHWYTEHYEHHFSRFQDAPVRVLEIGIGGYHAPELGGASLRMWQRYFRRGLVYGLDIFEK
AGNEGHRVRKLRGDQSDAEFLEDMVAKIGPFDIVIDDGSHVNDHVKKSFQSLFPHVRPGG
LYVIEDLQTAYWPGYGGRDGEPAAQRTSIDMLKELIDGLHYQERESRCGTEPSYTERNVA
ALHFYHNLVFVEKGLNAETAAPGFVPRQALGVEGG
selected fasta
>L-rhamnose C-2' O-methyltransferase [probable O-methyltransferase]
ATGAGTGAGATCGCAGTTGCCCCCTGGTCGGTGGTGGAGCGTTTGCTGCTCGCGGCGGGT
GCGGGCCCGGCGAAGCTCCAGGAAGCAGTGCAGGTGGCCGGACTGGACGCGGTGGCCGAC
GCCATCGTCGACGAACTCGTCGTACGCTGCGATCCGCTGTCGTTGGACGAGTCGGTGCGA
ATCGGCCTGGAGATCACTTCTGGCGCTCAGCTGGTCCGGAGAACCGTTGAGCTCGATCAC
GCAGGCCTGCGGCTCGCGGCGGTCGCCGAAGCAGCTGCTGTTCTCCGGTTCGACGCGGTG
GATCTGCTGGAAGGGCTCTTCGGCCCGGTTGACGGCAGGCGGCACAACAGCCGTGAAGTC
CGCTGGTCGGACAGCATGACGCAGTTCTCGCCCGACCAGGGCCTCGCCGGCGCGCAGCGC
CTGCTGGCGTTCCGGAACAGGGTGTCCACCGCGGTGCACGCCGTGCTGGCCGCAGCCGCC
ACCAGGCGCGCGGACCTCGGTGCGCTGGCAGTCCGCTACGGATCCGACAAATGGGCGGAC
CTGCACTGGTACACCGAACACTACGAGCACCACTTCTCCCGATTCCAGGATGCCCCGGTG
CGAGTGTTGGAAATAGGAATCGGTGGTTATCACGCACCCGAACTCGGTGGTGCTTCGCTG
CGCATGTGGCAGCGGTACTTCCGGCGAGGTCTCGTTTACGGGCTGGACATTTTCGAGAAA
GCCGGGAACGAAGGGCACCGAGTGCGAAAGCTGCGAGGTGACCAGAGCGATGCGGAATTC
CTGGAAGACATGGTGGCGAAGATCGGCCCGTTCGACATTGTCATCGACGACGGCAGCCAT
GTCAACGACCACGTCAAGAAATCCTTCCAATCCCTGTTTCCGCACGTCCGCCCAGGTGGT
TTGTACGTCATCGAGGATCTCCAGACGGCGTACTGGCCCGGCTACGGCGGTCGCGATGGG
GAACCCGCGGCCCAGCGCACCTCGATCGACATGCTCAAAGAACTGATCGACGGCCTGCAT
TATCAGGAGCGCGAATCGCGGTGCGGGACCGAGCCCTCCTACACGGAACGGAACGTGGCG
GCCCTGCACTTCTACCACAACCTGGTATTCGTGGAGAAAGGGCTCAACGCTGAGACTGCC
GCGCCGGGGTTCGTGCCCCGGCAAGCGCTCGGCGTCGAGGGCGGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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