Vicen_00010 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces halstedii
Strain	HC34
Entry name	Vicenistatin
Contig	AB086653
Start / Stop / Direction	367 / 1 / - [in whole cluster] 367 / 1 / - [in contig]
Location	complement(1..367) [in whole cluster] complement(1..367) [in contig]
Type	CDS
Length	367 bp (121 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator(fragment)
Product (GenBank)	putative transcriptional activator
Gene
Gene (GenBank)	vinR1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q76KZ9 PmId [15112997] Cloning, sequencing, and functional analysis of the biosynthetic gene cluster of macrolactam antibiotic vicenistatin in Streptomyces halstedii. (Chem Biol. , 2004) comment vicenistatin生合成gene clusterの同定論文。 VinR1 : regulator VinR1は完全にシークエンスされてはいないが、明らかにSARPs(Streptomyces antibiotic regulatory proteins)のN末domainを含んでいる。また、AA配列相同性から、vicenistatin生合成の調節に関連すると考えられる。
Related Reference	ACC Q30CS9 NITE Alip_00060 PmId [19585113] Characterization and analysis of the regulatory network involved in control of lipomycin biosynthesis in Streptomyces aureofaciens Tu117. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2010) comment 5th, 39%, 3e-11 Streptomyces aureofaciens_lipReg4 LipReg4 alpha-lipomycin生合成に関与するregulatory networkに関する文献。 lipReg4 挿入変異株ではalpha-lipomycinが全く生産されないこと、この変異株にlipReg4を相補するとalpha-lipomycinの生産が回復するが、野生株よりは低くなることが示されており、LipReg4はalpha-lipomycin生産に対しての主要なtranscriptional activatorである可能性が示唆されている。さらに、lipReg4挿入変異株ではlipPks, lipNrps, lipDig3の発現が見られないことを確認しており、LipReg4はlip genesのactivatorであることを裏付けている。また、lipReg4自身の発現は二成分制御系lipReg1, lipReg2の発現に依ることが示されている。

Sequence

>putative transcriptional regulator(fragment) [putative transcriptional activator]
MVFVERDEELHALGGLLGDATRGHGRAVLISGAIASGKTALLEALSHHALDSGALHLAAT
GAKAERELQLGVVDQLFRSVPLPADQAAHIAEIVTVDALLPGESELESRTLRQPEAHRIH
QI-

>putative transcriptional regulator(fragment) [putative transcriptional activator]
ATGGTGTTCGTGGAACGCGACGAGGAACTGCACGCCTTGGGAGGGTTGCTGGGTGACGCC
ACCCGGGGGCACGGGAGAGCCGTACTGATCAGTGGCGCCATAGCCTCCGGCAAGACTGCC
CTCCTGGAGGCACTGTCACACCACGCTCTCGACTCGGGCGCGCTGCATCTCGCGGCGACC
GGGGCCAAGGCAGAGCGTGAGCTACAACTCGGCGTGGTGGATCAGCTCTTCCGGAGCGTG
CCCCTGCCCGCCGATCAAGCCGCGCATATCGCTGAAATCGTCACAGTGGACGCATTACTG
CCGGGCGAGAGCGAGCTGGAGTCCCGCACGCTCCGGCAGCCCGAGGCCCATCGGATTCAC
CAGATCT

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

first Vicen_00020