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Aran_00130 : CDS information

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Organism
StrainTü303
Entry nameAranciamycin
Contig
Start / Stop / Direction18,199 / 18,807 / + [in whole cluster]
18,199 / 18,807 / + [in contig]
Location18199..18807 [in whole cluster]
18199..18807 [in contig]
TypeCDS
Length609 bp (202 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative two-component system response regulator
Product (GenBank)regulator
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • orf13
Reference
ACC
PmId
[17357167] Cloning and heterologous expression of the aranciamycin biosynthetic gene cluster revealed a new flexible glycosyltransferase. (Chembiochem. , 2007)
comment
aranciamycin生合成gene cluster(ara-cluster)のクローニングとシークエンス報告。

ORF13(202aa): regulator

配列解析。
ORF13はresponse regulatorをコードするかもしれない。
Related Reference
ACC
Q54821
NITE
Adria_00100
PmId
[7868594] Regulation of daunorubicin production in Streptomyces peucetius by the dnrR2 locus. (J Bacteriol. , 1995)
[8892835] The DnrN protein of Streptomyces peucetius, a pseudo-response regulator, is a DNA-binding protein involved in the regulation of daunorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1996)
[10846224] The dnrO gene encodes a DNA-binding protein that regulates daunorubicin production in Streptomyces peucetius by controlling expression of the dnrN pseudo response regulator gene. (Microbiology. , 2000)
[20122958] The activator/repressor protein DnrO of Streptomyces peucetius binds to DNA without changing its topology. (Int J Biol Macromol. , 2010)
[20529134] Modulation of dnrN expression by intracellular levels of DnrO and daunorubicin in Streptomyces peucetius. (FEMS Microbiol Lett. , 2010)
[20158521] Daunorubicin efflux in Streptomyces peucetius modulates biosynthesis by feedback regulation. (FEMS Microbiol Lett. , 2010)
comment
Blast 78th, id48%, 2e-42
Streptomyces peucetius_dnrN
Regulatory protein
[DoBISCUIT]transcriptional activator

---
[PMID: 7868594](1995)
DnrNはresponse regulatorに配列は似ているが、putative phosphorylation siteの置換(D55E, D55N)をしても活性が完全にはなくならず、近くにHKが見当たらないことからpseudo-response regulatorとも呼ばれている。

dnrN::aphII mutationはdnrIで相補可能。
dnrI::aphII mutantはdnrNで相補できない。
よってdrnNがdnrIの転写を活性化するというregulatory cascadeの存在が示唆される。

---
[PMID: 8892835](1996)
DnrNをE.coliで過剰発現し、抽出液でgel mobility shift analysis.
DnrNは高い親和性で、dnrI promoter領域に特異的に結合する。
wild-type DnrNとputative phosphorylation site置換(D55N)mutantで結合能力に違いがなく、DnrNのリン酸化はDNA bindingに必要ない。
dnrN発現がDNR産生と同時に起こり、DnrNのレベルはDNRを産生しないmutant株で低いので、dnrNとdnrIの発現はDNRによってfeedback調節されると推測される。


---
[PMID: 10846224](2000)
dnrO::aphII mutant strainはdaunorubicin (DNR)非産生。
このmutant strainにdnrN or dnrI を導入すると生合成可能。
dnrI 発現はDnrNが必要なことがわかっているので、dnrN発現にDnrOが必要ということが示される。

DnrO → dnrN = DnrN → dnrI = DnrI →DNR生合成genes

DnrOをE.coliで過剰発現し、抽出液でmobility shift DNA-binding assays。
DnrOが特異的にoverlapping dnrN/dnrO(p1) promoter regionへ結合するので、DnrOはdnrNとdnrOの両方の発現を調節するかもしれない。

---
[PMID: 20122958][PMID: 20529134][PMID: 20158521](2010)
dnrO, dnrN, dnrI, DNRが関与する細胞内DNR濃度維持システムが提唱されている。
DnrOはDnrNと競合してfeedback的にDNRの細胞内濃度を調節している。
ACC
O34723
PmId
[15090506] The membrane fluidity sensor DesK of Bacillus subtilis controls the signal decay of its cognate response regulator. (J Bacteriol. , 2004)
comment
Blast 148th, id39%, 2e-39
B.subtilis_desR
Transcriptional regulatory protein desR

DesKのC末がautokinaseで、DesRにリン酸パスを行なっていることを示している。
また、DesKのN末にある膜貫通領域がsenseに必須であるとも言っている。

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selected fasta
>putative two-component system response regulator [regulator]
MIRVLLAEDEHLIRGALTALLSEEVGIDVVADTGTGRSVLSLSLQHRPDVVVLDVMLPDM
TGLEVAEQLQEHLPSCRILLLTSLGIPGTVRQALEQQVDGYLLKDAPPAALADAIRKVAG
GQRVIAPGLMLAAWESRANPLTPRETEILRWASEGGSVRDVADAARLSPGTVRNHLSSIV
TKLGARSRLDAVRIAQDAGWLP
selected fasta
>putative two-component system response regulator [regulator]
GTGATACGAGTACTGCTCGCGGAGGACGAACACCTGATACGGGGCGCCCTCACTGCCCTG
CTGAGCGAGGAGGTCGGAATCGACGTCGTCGCGGACACCGGTACCGGCCGTTCGGTGCTG
TCCCTGTCACTTCAGCACCGGCCCGACGTCGTCGTCCTCGACGTGATGCTGCCGGACATG
ACCGGACTGGAGGTCGCGGAACAACTCCAGGAACACCTGCCGTCCTGCCGCATCCTGCTG
CTCACCAGTCTCGGGATCCCGGGCACCGTCCGCCAGGCGCTGGAACAGCAGGTCGACGGT
TACCTGCTGAAGGACGCCCCGCCCGCGGCGCTGGCCGACGCGATCCGCAAGGTCGCGGGC
GGCCAGCGGGTCATCGCCCCGGGGCTGATGCTGGCCGCGTGGGAGAGCCGCGCCAACCCG
CTCACGCCCCGGGAGACTGAGATCCTGCGCTGGGCCTCCGAAGGGGGCAGTGTGCGGGAC
GTCGCGGACGCCGCCCGGCTGTCGCCGGGGACCGTCCGCAACCATCTCAGCAGCATCGTC
ACGAAGCTCGGGGCGCGCAGTCGTCTCGACGCGGTCCGGATAGCCCAGGACGCGGGCTGG
CTGCCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)
[141-155] 7.40000780398342e-10 PR00038 [155-171] 7.40000780398342e-10 PR00038 [171-183] 7.40000780398342e-10 PR00038
PR00038   HTHLUXR
[139-195] 2e-16 PF00196
PF00196   GerE
[138-195] 1.10000150671642e-24 SM00421
SM00421   HTH_LUXR
[134-199] PS50043
PS50043   HTH_LUXR_2
IPR001789 Signal transduction response regulator, receiver domain (Domain)
[2-115] 1.39999892049878e-28 SM00448
SM00448   REC
[4-115] 2.7e-21 PF00072
PF00072   Response_reg
[3-119] PS50110
PS50110   RESPONSE_REGULATORY
IPR011006 CheY-like superfamily (Domain)
[1-127] 6.90001478563507e-29 SSF52172
SSF52172   CheY_like
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[144-201] 3.8e-20 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[119-201] 2.70000183580794e-19 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Aran_00120 Aran_00120   Aran_00140 Aran_00140
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