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Fred_00020 : CDS information

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Organism
StrainATCC 49344
Entry nameFredericamycin
Contig
Start / Stop / Direction1,727 / 2,770 / + [in whole cluster]
1,727 / 2,770 / + [in contig]
Location1727..2770 [in whole cluster]
1727..2770 [in contig]
TypeCDS
Length1,044 bp (347 aa)
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Category1.4 Other
Productputative acyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)putative acyl transferase
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
  • Orf2
Reference
ACC
PmId
[16305230] Cloning, sequencing, analysis, and heterologous expression of the fredericamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseus. (J Am Chem Soc. , 2005)
comment
Fredericamycin(FDM) gene clusterの同定論文。

aromatic PKS gene clustersにあるacylTFへの高い配列類似性から、
Orf2: acyltransferase

fdm clusterの境界決定のため、orf1, 3, 33を遺伝子置換により不活化。
これらのmutantはFDM-A産生にあまり影響しない。
さらにこれらのgenesを除外したfdmC-fdmT3のfragment(orf2も含まれない)をS.albusへ導入し、FDM-A産生に十分であることを確認している。
Related Reference
ACC
Q9KHK3
NITE
Enter_00120
PmId
[21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011)
comment
Blast 12th, id44%, 2e-59
Streptomyces maritimus_encL
Putative acyl transferase EncL

encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。
encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。

8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。
EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。
EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。

acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。
acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。
benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。

これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。
ACC
Q9F6D9
NITE
R1128_00030
PmId
[15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004)
comment
Blast 16th, id46%, 1e-55
Streptomyces sp. R1128_zhuC
Acyl transferase

tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。
tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。
ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。
ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。
ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。

よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。

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selected fasta
>putative acyl-ACP thioesterase [putative acyl transferase]
MTRPTQRSVVLMFPGTGAQHPRMAAGLYRREPVFTAAVDAVLGELGAEGEAVRADWLADV
PAVPLEADARSAPLLFAVDYAVGRLVESWGVRPAAYVGHSMGEFAAATLAGVFRLEDAVR
LLWDRVEKQRATPVGGMTAVAAARHEVAGYLGAGVVVGAVNGPRHTVLSGPEAPLRAVEE
RLASDGRTFRRLATRTPYHSPALAPLVPGGAALVAGMPLSAPRTLLYSAYTAGPLREREA
LAPAFWAAQPTAPVLFWQTLDRVLRDDDRLLVEAGPSHSLSVLARSHPAVRSGRSTVATT
LPPRAQGPRADRLSLRALRAWLSAEGALPVPPGPGHSGTLPVELPLS
selected fasta
>putative acyl-ACP thioesterase [putative acyl transferase]
ATGACGCGTCCGACGCAGCGCTCCGTCGTCCTGATGTTCCCGGGCACCGGGGCCCAGCAC
CCGCGGATGGCGGCTGGTCTCTACCGGCGGGAGCCGGTCTTCACGGCCGCCGTCGACGCG
GTTCTGGGTGAGCTGGGCGCCGAGGGCGAGGCGGTACGTGCCGACTGGCTGGCCGACGTG
CCCGCCGTGCCGCTGGAGGCCGACGCCCGGTCGGCGCCCCTGCTGTTCGCCGTGGACTAC
GCCGTGGGGCGGCTGGTGGAGAGCTGGGGGGTGCGGCCCGCGGCGTACGTGGGGCACAGC
ATGGGGGAGTTCGCCGCCGCGACGCTCGCGGGGGTGTTCCGGCTGGAGGACGCCGTGCGG
CTGCTGTGGGACCGGGTGGAGAAGCAGCGCGCGACCCCGGTAGGCGGCATGACCGCGGTG
GCGGCGGCGCGGCACGAGGTGGCGGGATACCTGGGGGCGGGTGTGGTCGTGGGCGCGGTC
AACGGCCCCCGGCACACGGTGCTGTCCGGCCCCGAGGCGCCGCTGCGCGCGGTCGAGGAG
CGGCTCGCCTCGGACGGCAGGACGTTCCGGCGGCTCGCCACCCGCACCCCGTACCACAGC
CCCGCGCTGGCGCCGCTCGTCCCCGGCGGGGCCGCCCTCGTCGCCGGCATGCCGCTCTCC
GCTCCCCGCACCCTTCTCTACTCCGCCTACACCGCCGGGCCGTTGCGCGAACGGGAGGCG
CTGGCCCCCGCCTTCTGGGCGGCCCAGCCGACGGCCCCGGTGCTGTTCTGGCAGACGCTG
GACCGGGTGCTGCGCGACGACGACCGGCTGCTGGTCGAGGCCGGGCCCTCGCACAGCCTC
TCGGTTCTGGCCAGGAGCCATCCGGCGGTGCGCTCCGGGCGCAGCACGGTGGCGACCACG
CTGCCTCCCCGGGCGCAGGGGCCCCGGGCGGACCGGCTCAGCCTCCGCGCGCTCCGTGCG
TGGTTGAGCGCGGAGGGGGCGCTGCCGGTCCCTCCGGGGCCGGGTCACTCCGGAACGTTG
CCGGTGGAGCTCCCGCTCTCGTAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[5-132] 1.5e-47 G3DSA:3.40.366.10 [196-289] 1.5e-47 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   Ac_transferase_reg
IPR014043 Acyl transferase (Domain)
[10-287] 4.10000000000004e-38 PF00698
PF00698   Acyl_transf_1
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[8-288] 3.70001063537244e-40 SSF52151
SSF52151   Acyl_Trfase/lysoPlipase
IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain)
[133-195] 3.1999989904635e-11 SSF55048
SSF55048   Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP
[1-24] 0.858 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-18] 0.2 Signal
Eukaryota   
[1-24] 0.241 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
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