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Fred_00040 : CDS information

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Organism
StrainATCC 49344
Entry nameFredericamycin
Contig
Start / Stop / Direction4,971 / 5,771 / + [in whole cluster]
4,971 / 5,771 / + [in contig]
Location4971..5771 [in whole cluster]
4971..5771 [in contig]
TypeCDS
Length801 bp (266 aa)
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Category2.2 modification addition of starter unit
Productketoreductase
Product (GenBank)putative 3-ketoacyl-ACP reductase
GenefdmC
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • hexadienyl unit
Note
Note (GenBank)
  • FdmC
Reference
ACC
PmId
[16305230] Cloning, sequencing, analysis, and heterologous expression of the fredericamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseus. (J Am Chem Soc. , 2005)
[18556785] Identification and utility of FdmR1 as a Streptomyces antibiotic regulatory protein activator for fredericamycin production in Streptomyces griseus ATCC 49344 and heterologous hosts. (J Bacteriol. , 2008)
[20540492] Mechanism and engineering of polyketide chain initiation in fredericamycin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2010)
comment
[PMID: 16305230](2005)
Fredericamycin(FDM) gene clusterの同定論文。

fdmC: 3-ketoacyl ACP reductase
SimJ2, SAV3653に似ている。

fdmC-fdmT3のfragmentをS.albusへ導入し、FDM-A産生に十分であることを確認している。
FdmCには、PKSで合成された新生線状pentadecaketideのC27 and C29でのketo基還元が提唱されている。これにdehydrationが続いてpentadienyl側鎖を形成か。

reductase機能については配列解析のみ。

---
[PMID: 18556785](2008)
FDM産生に必要不可欠なSARP-type activator FdmR1に関する報告。

fdmR1不活化mutant S.lividans SB4013において、fdmCの発現は厳しく減る。
fdm clusterを導入したS. lividans K4-114でFDMを産生させるには、putative ketoreductaseをコードするfdmCをfdmR1と同時に過剰発現させる必要がある。

よって、fdmCの転写はFdmR1といくつかの未同定regulatorsによって協同的に調節され、FDM生合成において重要である。

---
[PMID: 20540492](2010)
FDMのhexadienyl primingを担うPKS initiation moduleの同定論文。
FdmS, holo-FdmH, FdmCを発現、精製して調査。

malonyl-CoA + holo-FdmH + S.coelicolr_MATの存在下において
[1-14C]acetyl-CoA or [1-14C]butyryl-CoAを含んだ反応液中で、FdmSはC-C結合形成を触媒する。
特異性は、acetyl-CoA << butyryl-CoA

この反応液にFdmCとNADPHを加えてNADPH oxidationを測定することにより、FdmCの還元反応を観察。
primer unitがacetyl-CoA, butyryl-CoA, crotonyl-CoA, β-hydroxybutyryl-CoAのどれでも同じくらいの定常状態速度が得られた。また、反応にはMalonyl-CoAが必要だったので、FdmCによる還元はFdmSが触媒する反応の産物で起こる。

acetyl-CoA or [13C2]-acetyl-CoA + malonyl-CoA, MAT, holo-FdmH, FdmS, FdmC, NADPHの反応で得られたFdmH ACPは、pantetheinyl armに共有結合で付着されたβ,δ-dihydroxyhexanoyl intermediateであることが質量分析で確認された。

よって、initiation moduleに基づく還元反応はFdmC単独で触媒され、KR_FdmOは必要ない。
このことはact KS-CLFとのhybrid synthase発現によっても確認されている。

KRの後の反応に必要なDHは、おそらくFA合成から借りている。

close this sectionSequence

selected fasta
>ketoreductase [putative 3-ketoacyl-ACP reductase]
MLTPGRSGSPGRVGHGREHAMELRRSALVTGGSRGIGRAVAVRLAQDGYDIGFCSRSADE
AALETARLVTSAGARAHHVVCDVTDADAVRTFVAEAEEKLGPAYAVVNSAGVLRDRPMAL
MAARDWQDVVGTSLDGAFHVCRAVVRGLLTRRAGALVNVSSVIGVYGNAGQTNYAAAKGG
LNGLTRALAKEVAPYGVRVNAVAPGFIETEMLDGMTAKAREAALGKIAMARFGSAESVAA
LVAFLVSDAADYITGQVVQIDGGIAL
selected fasta
>ketoreductase [putative 3-ketoacyl-ACP reductase]
ATGCTCACGCCCGGCCGGAGCGGCTCGCCCGGCCGAGTCGGGCACGGGAGGGAGCACGCG
ATGGAGCTGAGGCGCAGTGCGCTGGTGACGGGTGGTTCGCGCGGCATCGGCCGCGCGGTC
GCGGTACGGCTGGCACAGGACGGGTACGACATCGGCTTCTGCTCGCGTTCCGCCGACGAG
GCGGCGCTGGAGACGGCCCGGCTGGTCACCTCGGCCGGTGCTCGGGCGCACCACGTGGTG
TGCGACGTCACCGACGCCGACGCCGTTCGGACCTTCGTCGCGGAGGCGGAGGAGAAGCTC
GGCCCGGCGTACGCGGTGGTCAACTCCGCGGGGGTGCTGCGGGACCGGCCGATGGCCCTG
ATGGCGGCCAGGGACTGGCAGGACGTGGTCGGTACGAGTCTGGACGGGGCCTTCCACGTC
TGCCGGGCGGTCGTGCGCGGGCTGCTCACCCGCAGGGCGGGGGCGCTGGTGAACGTCTCC
TCGGTCATCGGGGTGTACGGCAACGCGGGACAGACCAACTACGCCGCCGCCAAGGGCGGA
CTGAACGGCCTGACCCGTGCCCTGGCCAAGGAGGTCGCCCCGTACGGCGTCCGGGTCAAC
GCGGTGGCGCCCGGGTTCATCGAGACGGAGATGCTCGACGGCATGACGGCCAAGGCGCGC
GAGGCGGCCCTCGGGAAGATCGCCATGGCGCGGTTCGGCAGCGCCGAGTCCGTCGCCGCG
CTCGTCGCGTTCCTCGTCTCCGACGCCGCCGACTACATCACCGGCCAGGTGGTGCAGATC
GACGGCGGGATCGCCCTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (Family)
[26-192] 3.40000000000004e-42 PF00106
PF00106   adh_short
[101-112] 2.79999889404114e-10 PR00080 [154-162] 2.79999889404114e-10 PR00080 [174-193] 2.79999889404114e-10 PR00080
PR00080   SDRFAMILY
IPR002347 Glucose/ribitol dehydrogenase (Family)
[26-43] 2.1000026783403e-41 PR00081 [101-112] 2.1000026783403e-41 PR00081 [148-164] 2.1000026783403e-41 PR00081 [174-193] 2.1000026783403e-41 PR00081 [195-212] 2.1000026783403e-41 PR00081 [228-248] 2.1000026783403e-41 PR00081
PR00081   GDHRDH
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[25-265] 2.79999999999994e-79 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
IPR020904 Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (Conserved_site)
[161-189] PS00061
PS00061   ADH_SHORT
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Fred_00030 Fred_00030   Fred_00050 Fred_00050
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