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Fred_00090 : CDS information

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Organism
StrainATCC 49344
Entry nameFredericamycin
Contig
Start / Stop / Direction9,488 / 10,699 / + [in whole cluster]
9,488 / 10,699 / + [in contig]
Location9488..10699 [in whole cluster]
9488..10699 [in contig]
TypeCDS
Length1,212 bp (403 aa)
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Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase chain length factor subunit
Product (GenBank)chain length factor
GenefdmG
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
  • FdmG
Reference
ACC
PmId
[16305230] Cloning, sequencing, analysis, and heterologous expression of the fredericamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseus. (J Am Chem Soc. , 2005)
[21867917] Analysis of the ketosynthase-chain length factor heterodimer from the fredericamycin polyketide synthase. (Chem Biol. , 2011)
comment
[PMID: 16305230](2005)
Fredericamycin(FDM) gene clusterの同定論文。

fdmG: KS beta

fdmC-fdmT3のfragmentをS.albusへ導入し、FDM-A産生に十分であることを確認している。
dalta-fdmEFGHIJK mutantでFDM-A産生は完全になくなる。相補で回復。

FdmF(KS alpha), FdmG(KS beta=CLF), FdmH(ACP)からなるminimal FDM PKSが配列解析から同定されている。
その他のtype II PKSのKS, CLFと相同性高い。

FdmGはKS betaに特徴的なGln162を含む。
鎖長決定に関与するといわれているgatekeepers 7残基は、FdmFのG113, L117, Y195, V110, G196, FdmGのV145, Y142。
dodecaketideやtridecaketideなど長鎖polyketideを合成するPKSsのKS betaと近しい関連あり(Fig6: 系統樹)。

---
[PMID: 21867917](2011)
fdm PKSはC30という最も長いpolyketide骨格を合成することが予測されるでの注目されている。

fdm PKS伸長module: KS-CLF(fdmFG) + ACP(fdmH) + PPTase(fdmW)を含むplasmidをS. coelicolor CH999で発現すると、undecaketides(C22) と dodecaketide(C24)を産生。
さらにfdmS, fdmC(開始module), fdmOを追加しても、C24までの骨格しか合成できない。

この結果から、基質結合ポケットを拡大するような補助的な未同定タンパクがfdm gene clusterにあり、fdm KS-CLFの本来の鎖長特異性を修飾すると考えている。

また、fdm CLF mutantを作成して調査。
polyketide鎖形成開始と部分的伸長はできるが終結できない I134F CLF mutantを同定。
このmutantの解析により、鎖長調節やtype II PKSの鎖形成終結メカニズムが解明されることが期待されている。

close this sectionPKS/NRPS Module

CLF5..361

close this sectionSequence

selected fasta
>polyketide synthase chain length factor subunit [chain length factor]
MTGPVITGVGVVAPNGLDREAWWQATLDGKSGLGRISRFDPSPYPAQVAGEATGFVPADH
APRRLVSETDAMTQYAFAATNEALADAGVDPAALNDLDMAVITANSSGGVEFGQRELEKL
YAEGPQAVGAYMSIAWFYAATTGQLSIRHGMRGPCGVLCSEQAGGLDVLAQARRVLAKGT
RLVVSGGTDASLSPYGLVCQLANGRLSDESRPERAYLPFDPRARGYVPGEGGAILTVESL
DDARARGAGRIYGQVAGYAATFDPRPGSGRPPGLRRAAELALADAGTGPEGVDVVFADGA
GLPEPDRQEAEALTGLFGRGGVPVSVPKTMTGRLYAGGAPLDVAAAVLALRDQVVPPSVN
VRPDPVHGLDLVTDRPREARLRTALVLARGYGGFNAAVVLRSV
selected fasta
>polyketide synthase chain length factor subunit [chain length factor]
ATGACCGGGCCCGTCATCACCGGGGTGGGCGTCGTGGCGCCCAACGGGCTGGACCGTGAG
GCATGGTGGCAGGCCACGCTGGACGGGAAGTCGGGGCTCGGCCGGATCAGCCGGTTCGAC
CCGTCGCCCTACCCCGCGCAGGTCGCCGGGGAGGCCACCGGGTTCGTCCCGGCCGATCAC
GCGCCGCGCCGGCTGGTCAGCGAGACCGACGCCATGACGCAGTACGCGTTCGCCGCCACC
AACGAGGCCCTCGCCGACGCCGGGGTGGACCCGGCCGCGCTGAACGACCTGGACATGGCG
GTCATCACCGCCAACTCCTCGGGCGGCGTGGAGTTCGGCCAGCGCGAACTGGAGAAGCTC
TACGCCGAGGGACCGCAGGCCGTCGGCGCCTACATGTCCATCGCCTGGTTCTACGCGGCC
ACCACCGGACAGCTCTCGATCCGGCACGGCATGCGCGGCCCCTGCGGCGTCCTCTGCTCC
GAACAGGCCGGCGGCCTGGACGTGCTCGCGCAGGCCCGCCGGGTCCTGGCGAAGGGCACC
CGGCTGGTGGTCTCCGGCGGCACCGACGCCTCGCTCTCCCCCTACGGACTGGTCTGCCAG
CTCGCCAACGGACGGCTCAGCGACGAGTCCCGGCCGGAGCGCGCGTACCTGCCCTTCGAC
CCGCGGGCACGCGGCTACGTGCCAGGGGAGGGAGGTGCGATCCTCACCGTCGAGAGCCTC
GACGATGCGCGGGCCCGCGGCGCCGGCCGGATCTACGGCCAGGTCGCCGGGTACGCGGCC
ACCTTCGATCCCCGTCCGGGCTCAGGGCGGCCACCGGGACTGCGGCGCGCCGCCGAACTG
GCCCTCGCCGACGCGGGGACCGGGCCGGAGGGCGTGGACGTGGTCTTCGCCGACGGCGCC
GGCCTGCCGGAGCCGGACCGTCAGGAGGCCGAGGCCCTCACCGGGCTGTTCGGGCGAGGC
GGTGTGCCGGTCTCCGTCCCCAAGACGATGACCGGCCGGCTCTACGCGGGCGGCGCACCC
CTCGACGTCGCGGCGGCGGTGCTCGCCCTGCGGGACCAGGTCGTCCCGCCCTCGGTCAAC
GTCCGTCCCGACCCCGTCCACGGCCTCGACCTGGTCACCGACCGGCCGCGTGAGGCCCGC
CTGCGGACCGCCCTGGTCCTCGCCCGTGGCTACGGAGGCTTCAACGCCGCCGTGGTCCTC
AGATCCGTCTGA
CLF5..361
CLF13..1083

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR014030 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal (Domain)
[5-242] 2.1e-45 PF00109
PF00109   ketoacyl-synt
IPR014031 Beta-ketoacyl synthase, C-terminal (Domain)
[252-361] 4.80000000000001e-25 PF02801
PF02801   Ketoacyl-synt_C
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[5-257] 1.40000000000001e-48 G3DSA:3.40.47.10 [269-402] 7.29999999999998e-37 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[1-248] 2.39999798157265e-55 SSF53901 [211-403] 3.39999972437719e-48 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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