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Gilvo_00050 : CDS information

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Organism
StrainGö 3592
Entry nameGilvocarcin
Contig
Start / Stop / Direction8,913 / 7,774 / - [in whole cluster]
8,913 / 7,774 / - [in contig]
Locationcomplement(7774..8913) [in whole cluster]
complement(7774..8913) [in contig]
TypeCDS
Length1,140 bp (379 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
ProductC-glycosyltransferase
Product (GenBank)putative C-glycosyltransferase
Gene
Gene (GenBank)gilGT
EC number
Keyword
  • D-fucofuranose
Note
Note (GenBank)
  • GilGT
Reference
ACC
PmId
[12822997] The complete gene cluster of the antitumor agent gilvocarcin V and its implication for the biosynthesis of the gilvocarcins. (J Am Chem Soc. , 2003)
[16795121] Inactivation of gilGT, encoding a C-glycosyltransferase, and gilOIII, encoding a P450 enzyme, allows the details of the late biosynthetic pathway to gilvocarcin V to be delineated. (Chembiochem. , 2006)
[21075894] Engineered biosynthesis of gilvocarcin analogues with altered deoxyhexopyranose moieties. (Appl Environ Microbiol. , 2011)
comment
[PMID: 12822997](2003)
gilvocarcin(gil) gene cluster同定のためにクローニングされたcos-G9B3をS.lividans TK24に導入すると、wildレベルのgilvocarcins V and M産生あり。よってgilvocarcin生合成のための完全なclusterが含まれている。

cos-G9B3をサブクローニングしてシークエンス。32.9kbpに26ORFsあり。
supporting info. Table 1
GilGT(495aa): Glycosyltransferase

配列解析のみ

---
[PMID: 16795121](2006)
これまでに報告されていたgilGTは、2つの遺伝子を含むことが再シークエンスで判明。
上流の小さな遺伝子gilV(116aa)は機能不明。
下流の大きな遺伝子gilGT(379aa)はC-glycosyltransferase。

gilGT deletion mutantはdefucogilvocarcin E、defucogilvocarcin Mを蓄積。
これらはどちらもsugar moietyを含まない。
よってgilGTのC-glycosylTFとしての機能を証明する。

同じくsugar moietyを含まないdefucogilvocarcin Vがmutantで蓄積しないのは、gilGTのdeletionによってすぐ下流に並ぶgilOIII のribosomal binding siteも除去されてしまったせいではないかと説明している。

---
[PMID: 21075894](2010)
GilGTは適度に柔軟性があるC-glycosyltransferaseで、gilvocarcinsのaglycone骨格へD- and L-hexopyranoseを移動できる。
Related Reference
ACC
Q9ZGC0
NITE
Lando_00200
PmId
[15977274] LanGT2 Catalyzes the First Glycosylation Step during landomycin A biosynthesis. (Chembiochem. , 2005)
[21513888] Rational design of an aryl-C-glycoside catalyst from a natural product O-glycosyltransferase. (Chem Biol. , 2011)
comment
Blast 4th, id39%, 2e-65
Streptomyces cyanogenus_lanGT2
Glycosyl transferase homolog

---
[PMID: 15977274](2005) abstract
lanGT2不活化mutantの産物は糖側鎖を欠損。
よってLanGT2がhexasaccharide生合成においてpriming glycosyl transfer(polyketide骨格のO-8へのD-olivoseの付着)を触媒することを示す。

---
[PMID: 21513888](2011)
O-glycosyltransferase LanGT2を操作して、UrdGT2のようなC-Glycosylation活性を持つようにしている。
LanGT2, UrdGT2の反応メカニズムを提唱。

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selected fasta
>C-glycosyltransferase [putative C-glycosyltransferase]
MKALFYAAGTSPASAFAIGPLASALRLSGHDVLVASFEEMSGAVTGIGLPSLPVARGHTT
ESIKAAAGGKPAIEYPHRPEQEMPYLGHWFGRQGSHVFDDLVDVARTWGADVLIAGSQGH
GAEIAARFLGIPFVRQSWDLFDVGGYEEYLLEEMADELARIGSDALPDPSLKIDICPPGL
VGATGTFMRWTPHNMQRAIEPWMLTAPDAGRVCLTMGSFRYAFPGAMDRISAIVEGLLEL
EVEVVVAIGEAEGQRLQEKYPRVRAGWIPLEAILPTCEVIIHPAGGLTAINAINTATPQL
ILNPFEAFVPRLKHLTDYGCARTLYREEGTPEAITQVVKEMLGDPSYSSRARRLAEQGAT
APTAVGMVPLIEDLLARKG
selected fasta
>C-glycosyltransferase [putative C-glycosyltransferase]
GTGAAGGCCCTCTTCTACGCCGCGGGCACGAGCCCGGCCAGCGCGTTCGCCATCGGACCC
CTCGCCTCGGCACTCCGGTTGTCCGGGCACGACGTCCTGGTGGCGTCCTTCGAGGAGATG
TCCGGCGCCGTCACCGGCATCGGTCTGCCGTCCCTCCCGGTGGCCCGGGGGCACACGACC
GAGAGCATCAAGGCGGCCGCCGGCGGCAAGCCGGCGATCGAGTACCCCCACCGGCCCGAA
CAGGAGATGCCCTACCTGGGCCACTGGTTCGGGCGTCAGGGAAGCCACGTCTTCGACGAC
CTGGTGGACGTCGCCCGGACGTGGGGCGCCGACGTCCTGATCGCGGGGAGCCAGGGACAC
GGTGCCGAGATCGCCGCCCGGTTCCTCGGCATCCCCTTCGTCCGGCAGTCCTGGGACCTG
TTCGACGTCGGCGGCTACGAGGAGTACCTCCTCGAGGAGATGGCGGACGAGCTGGCCAGG
ATCGGCTCGGACGCACTGCCCGACCCCTCACTGAAGATCGACATCTGCCCGCCCGGCCTG
GTCGGGGCGACCGGCACCTTCATGCGCTGGACCCCGCACAACATGCAGCGGGCGATCGAG
CCGTGGATGCTGACGGCTCCGGACGCCGGGCGCGTGTGCCTGACGATGGGAAGCTTCCGG
TACGCCTTCCCCGGCGCGATGGACCGCATCTCGGCCATCGTCGAAGGGCTGCTGGAGCTC
GAGGTCGAGGTCGTCGTGGCCATCGGCGAGGCGGAGGGGCAGCGGCTGCAGGAGAAGTAC
CCCCGGGTGCGCGCCGGCTGGATCCCGCTGGAGGCCATCCTCCCGACCTGTGAGGTGATC
ATCCATCCGGCGGGCGGACTGACGGCCATCAACGCCATCAACACGGCGACTCCGCAGCTG
ATCCTCAACCCCTTCGAGGCCTTCGTCCCGAGGCTGAAGCACCTCACGGACTACGGGTGC
GCGCGGACGCTCTACCGCGAGGAGGGCACCCCGGAGGCGATCACGCAGGTGGTCAAGGAG
ATGCTCGGGGATCCGTCCTACTCCTCCAGGGCCCGGAGACTGGCGGAGCAGGGCGCGACC
GCGCCGACGGCCGTGGGCATGGTGCCGCTGATCGAAGACCTCCTCGCGCGGAAAGGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain)
[173-262] 3.1e-15 PF06722
PF06722   DUF1205
SignalP
[1-17] 0.939 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-24] 0.532 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-15] 0.953 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Gilvo_00040 Gilvo_00040   Gilvo_00060 Gilvo_00060
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