Gilvo_00160 Gilvo_00160   Gilvo_00180 Gilvo_00180

Gilvo_00170 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainGö 3592
Entry nameGilvocarcin
Contig
Start / Stop / Direction21,412 / 21,738 / + [in whole cluster]
21,412 / 21,738 / + [in contig]
Location21412..21738 [in whole cluster]
21412..21738 [in contig]
TypeCDS
Length327 bp (108 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category3.4 other modification
Productputative cyclase
Product (GenBank)putative cyclase
Gene
Gene (GenBank)gilG
EC number
Keyword
  • angucycline
Note
Note (GenBank)
  • GilG
Reference
ACC
PmId
[12822997] The complete gene cluster of the antitumor agent gilvocarcin V and its implication for the biosynthesis of the gilvocarcins. (J Am Chem Soc. , 2003)
comment
gilvocarcin(gil) gene cluster同定のためにクローニングされたcos-G9B3をS.lividans TK24に導入すると、wildレベルのgilvocarcins V and M産生あり。よってgilvocarcin生合成のための完全なclusterが含まれている。

cos-G9B3をサブクローニングしてシークエンス。32.9kbpに26ORFsあり。
supporting info. Table 1
GilG(108aa): Cyclase

配列解析のみ。
minimal PKS genesに隣接しており、PKS associated enzymeのひとつとして述べられている。
Related Reference
ACC
Q93LY5
PmId
[12654660] Engineering anthracycline biosynthesis toward angucyclines. (Antimicrob Agents Chemother. , 2003)
comment
Blast 10th, id62%, 1e-32
Streptomyces sp. PGA64_pgaF
Polyketide cyclase PgaF

anthracyclineであるnogalamycinの早期生合成遺伝子を含んだgene cassetteへpgaFを追加すると、angucyclinone代謝産物(rabelomycinとその前駆体UWM6)をもたらす。
aclacinomycin生合成での珍しいpropionate starter unitを特定するaknE2 and aknFを使ったcassetteでも新規angucyclinone MM2002が形成されることから、PgaFは基質柔軟性がある。

この論文でのpgaF追加の結果と違って、angucyclineが作れなかったjadI での論文結果も考察しており、tcmJが含まれていることが影響しているのではないかと言っている。
ACC
Q9XCV6
NITE
Jado_00070
PmId
[11520231] Production of aromatic minimal polyketides by the daunorubicin polyketide synthase genes reveals the incompatibility of the heterologous DpsY and JadI cyclases. (J Nat Prod. , 2001)
comment
Blast 13th, id61%, 6e-32
Streptomyces venezuelae_jadI
Jadomycin polyketide synthase cyclase

--
[PMIDなし]Functional Characterization of the jadI Gene As a Cyclase Forming Angucyclinones. J. Am. Chem. Soc., 1999; 121, 1786-1794

jad genes + jadI があるときのみangucyclinones(UWM6, rabelomycin)が形成された。
tcm genes + jadI ではできない。

--
[PMID: 11520231](2001)
jadomycinと同様に9-keto還元されたpolyketideから合成されるDNRのcyclase DpsYとと比較検討。
tcmI のときと同様の結果。

--
どちらの論文でも提唱経路でJadI に割り当てられているのは、3rd+4th ring形成と、UWM6の4a-dehydrationだが、後の報告で4a-dehydrationはJadHが担うことがわかっている。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative cyclase [putative cyclase]
MFSSLIVARMDTGHAEAVADVFAGFDATDMPARMGTRRRELFRYRGLYFHLQDFETPDGT
EAVEAAKSDPRFIRVSNDLRPYIEAYAPDWQSPKDAMAERFYHWSSKR
selected fasta
>putative cyclase [putative cyclase]
TTGTTCAGCTCTCTCATCGTCGCCCGGATGGACACCGGCCACGCCGAAGCGGTGGCCGAC
GTCTTCGCCGGCTTCGACGCCACCGACATGCCCGCGCGGATGGGCACGCGGCGCCGCGAA
CTCTTCCGCTACCGCGGCCTCTACTTCCACCTCCAGGACTTCGAGACCCCCGACGGGACC
GAAGCGGTCGAGGCGGCCAAGTCCGACCCGCGGTTCATCCGGGTGAGCAACGACCTCAGG
CCCTACATCGAGGCCTACGCCCCGGACTGGCAATCACCGAAGGACGCCATGGCAGAGCGC
TTCTATCACTGGAGTTCGAAACGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006765 Polyketide synthesis cyclase (Family)
[1-107] 2.70000000000002e-47 G3DSA:3.30.70.1090
G3DSA:3.30.70.1090   Cyclase_polyket
[2-106] PD012644
PD012644   Polyketide_synth_cyclase
[10-105] 3.89999999999997e-40 PF04673
PF04673   Cyclase_polyket
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[1-107] 1.40000506907309e-43 SSF54909
SSF54909   Dimer_A_B_barrel
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Gilvo_00160 Gilvo_00160   Gilvo_00180 Gilvo_00180
Page top