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Gilvo_00220 : CDS information

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Organism
StrainGö 3592
Entry nameGilvocarcin
Contig
Start / Stop / Direction25,240 / 26,190 / + [in whole cluster]
25,240 / 26,190 / + [in contig]
Location25240..26190 [in whole cluster]
25240..26190 [in contig]
TypeCDS
Length951 bp (316 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative cyclase/dehydratase
Product (GenBank)putative cyclase/dehydratase
Gene
Gene (GenBank)gilK
EC number
Keyword
  • 1st ring
Note
Note (GenBank)
  • GilK
Reference
ACC
PmId
[12822997] The complete gene cluster of the antitumor agent gilvocarcin V and its implication for the biosynthesis of the gilvocarcins. (J Am Chem Soc. , 2003)
comment
gilvocarcin(gil) gene cluster同定のためにクローニングされたcos-G9B3をS.lividans TK24に導入すると、wildレベルのgilvocarcins V and M産生あり。よってgilvocarcin生合成のための完全なclusterが含まれている。

cos-G9B3をサブクローニングしてシークエンス。32.9kbpに26ORFsあり。
supporting info. Table 1
GilK(316aa): Cyclase/Dehydratase

配列解析のみ
Related Reference
ACC
Q54221
NITE
Griseu_00050
PmId
[8169211] Cloning, sequencing, and analysis of the griseusin polyketide synthase gene cluster from Streptomyces griseus. (J Bacteriol. , 1994)
[9195917] Domain analysis of the molecular recognition features of aromatic polyketide synthase subunits. (J Biol Chem. , 1997)
[10467128] Heterologous expression, purification, reconstitution and kinetic analysis of an extended type II polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999)
comment
Blast 14th, id42%, 2e-60
Streptomyces griseus
Putative cyclase/dehydrase

---
[PMID: 8169211](1994)
griseusin PKS gene clusterの報告。
ORF4 for a cyclase-dehydrase

actVII領域との比較によりcyclaseと推定される。
act PKS genesに対応しているORF1-ORF4までの5ORFsを2回組み換えしてermEにすると、griseucinA, Bを産生しない。

--
[PMID: 9195917](1997)
TcmN-N末monodomain ARO/CYCとdidomain ARO/CYCsとの組み合わせで産物解析。
monodomain ARO/CYCsは配列はとても似ているのに、didomain ARO/CYCsのN末domainの代わりをできない。
didomain actinorhodin or griseusin ARO/CYCは、N末domainもC末domainも、それぞれ単独発現ではaromatase活性がない。

gris ARO/CYCのC末domainはaromtase活性がない状況で発現されたときtetracenomycin (tcm) minimal PKSの鎖長特異性を変調し、予想された20C産物に加えて、新規の18C産物の形成を導いた。

--
[PMID: 10467128](1999) abstract
act minimal PKS + act KR + gris ARO/CYCで構成された拡張PKSが、act minimal PKS + act KR または act minimal PKSのみより高い代謝回転数を持つことが明らかになった。
ACC
Q54811
NITE
Adria_00240
PmId
[9224566] Iterative type II polyketide synthases, cyclases and ketoreductases exhibit context-dependent behavior in the biosynthesis of linear and angular decapolyketides. (Chem Biol. , 1997)
comment
Blast 26th, id42%, 4e-57
Streptomyces peucetius_dpsF
Daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

minimal PKS + KR + CYCをjadomycin, daunorubicin, tetracenomycinのgenesで構成し、そのplasmid発現株での産物を解析。
JadD, DpsFの両cyclasesはC-9で還元された10-ketidesの位置特異的なfirst-ring cyclase/dehydrasesであることが示された。

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selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [putative cyclase/dehydratase]
MADPARTDLHSATITGSADAVYRRLEDVGQWSQMFEPTIHGAELARDGNRQTIQLWATAN
GEPKAWVSERELDPVARTIRFAQTVTSSPVAEMSGAWQVLPLSEDTCRVELTHTYRAEND
SAESLTWIARAVETNSTKELSALKFACERDADSEASPFTFTDAVDTTVDPVLLFSFLDRG
ELWAGRLEHVAEAEMREFSDGLQFLRMRTRTPDGDTHVTESYRVSQSPARLLYKQVTLPA
LLSLHTGEWTITPAGESWRVTSKHTVAIDPDAVHKVLGADATVSDAKRLARRNLGNNSLR
TLEAAVRWAGTAVSQR
selected fasta
>putative cyclase/dehydratase [putative cyclase/dehydratase]
ATGGCCGATCCGGCTCGCACAGACCTGCACTCCGCCACGATCACCGGCAGCGCCGACGCG
GTGTACCGCCGTCTGGAGGACGTCGGGCAGTGGTCCCAGATGTTCGAACCGACCATCCAC
GGCGCGGAACTGGCCCGGGACGGGAACAGGCAGACGATCCAGCTGTGGGCCACCGCCAAC
GGAGAACCCAAGGCCTGGGTCTCCGAGCGTGAGCTCGACCCCGTCGCGCGCACCATCCGC
TTCGCGCAGACCGTCACCTCCTCGCCCGTCGCCGAGATGTCCGGCGCGTGGCAGGTGCTG
CCCCTGTCCGAGGACACCTGCCGGGTCGAACTCACGCACACCTACCGTGCGGAGAACGAC
TCGGCGGAGTCGCTCACATGGATCGCCCGAGCCGTGGAGACCAACAGCACGAAGGAGCTC
TCGGCGCTCAAGTTCGCCTGCGAACGGGACGCCGACAGCGAGGCCAGTCCCTTCACCTTC
ACCGATGCGGTGGACACCACGGTCGACCCCGTCCTGCTGTTCTCGTTCCTGGACCGCGGT
GAGCTGTGGGCGGGACGCCTGGAGCACGTCGCCGAGGCCGAGATGAGGGAGTTCTCCGAC
GGCCTGCAGTTCCTCCGGATGCGGACGCGCACCCCGGACGGTGACACGCACGTCACCGAG
TCCTACCGGGTGTCGCAGAGCCCGGCCCGGCTGCTGTACAAGCAGGTGACGCTGCCCGCG
CTGCTGTCGCTGCACACCGGCGAGTGGACCATCACCCCGGCCGGGGAGAGCTGGCGGGTC
ACGTCGAAGCACACCGTGGCGATCGATCCCGACGCGGTGCACAAGGTCCTCGGTGCCGAC
GCGACGGTCTCGGACGCCAAGCGGCTCGCCCGGCGCAACCTGGGCAACAACAGCCTGCGG
ACCCTCGAAGCAGCGGTCCGGTGGGCCGGCACCGCCGTGTCGCAGAGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR019587 Polyketide cyclase/dehydrase (Family)
[10-144] 2e-10 PF10604
PF10604   Polyketide_cyc2
IPR023393 START-like domain (Domain)
[10-142] 2.5e-09 G3DSA:3.30.530.20
G3DSA:3.30.530.20   G3DSA:3.30.530.20
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Gilvo_00210 Gilvo_00210   Gilvo_00230 Gilvo_00230
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