Dauno_00170 Dauno_00170   Dauno_00190 Dauno_00190

Dauno_00180 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainC5
Entry nameDaunorubicin
Contig
Start / Stop / Direction14,426 / 15,484 / + [in whole cluster]
5,245 / 6,303 / + [in contig]
Location14426..15484 [in whole cluster]
5245..6303 [in contig]
TypeCDS
Length1,059 bp (352 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
Product (GenBank)
GenedpsC
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • propionyl-CoA dependent
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
  • ORFC; beta-keto acyl synthase III homologue; putative
Reference
ACC
PmId
[7928998] Isolation and sequence analysis of polyketide synthase genes from the daunomycin-producing Streptomyces sp. strain C5. (J Bacteriol. , 1994)
[11162232] The product of dpsC confers starter unit fidelity upon the daunorubicin polyketide synthase of Streptomyces sp. strain C5. (Metab Eng. , 2001)
comment
[PMID: 7928998](1994)
PKS genesを含む7ORFsの同定。

DauA-OrfC: Ketoacyl synthase

KASIII やthiolaseに似ているが、あるべきactive siteが欠けている。
actI mutantの相補実験もあるが、このORF単独の機能特定には至らない。
actI はPKS subunits 6ORFsのうちどれか、または全部。ACPなしfragmentでは相補できていない。

---
[PMID: 11162232](2001) abstract
このentryはdpsCに相当。

dpsABCDEFG + dauGI をS.lividansで異種性発現すると、DNR生合成中間体であるaklanonic acid形成。
これからdpsCを削除すると、acetyl-CoA starter unit由来desmethylaklanonic acidと、propionyl-CoA由来aklanonic acidの両方を産生（比率は6:4)。
このようにDpsCがないとstarterとしてpropionyl-CoAの選択性が弱くなることから、DpsCをpropionyl starter unit "fidelity factor"と呼ぶことを提唱している。

Streptomyces sp. strain C5のdpsCD deletion mutantはDNR産生可能。
でもacetyl-CoAをstarterとする産物形成が増える。
このmutantにdpsCのみの発現でwild表現型回復。
Related Reference
ACC
Q54816
NITE
Adria_00290
PmId
[10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999)
[10423255] Purification and properties of the Streptomyces peucetius DpsC beta-ketoacyl:acyl carrier protein synthase III that specifies the propionate-starter unit for type II polyketide biosynthesis. (Biochemistry. , 1999)
comment
Blast 2nd, id86%, 1e-168
Streptomyces peucetius_dpsC
daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

---
[PMID: 10419974](1999)
dpsCDを含まないとstarter unitがacetateの化合物しかできない。
DnrG and DpsABEFG + purified DpsCで、starterがpropionyl-CoAのUMW5を産生できる。
DpsDに関しては、内在性の酵素が代替している可能性あり。

DpsCは、aklanonic acidの最初の5C unitを合成するために、DpsG and DpsDと、またはDpsG, DpsD, and DpsABと一緒にKS IIIとして機能するかもしれないとref2で実証されている。

↓そのref2
---
[PMID: 10423255](1999) abstract
精製されたDpsCは基質としてpropionyl-CoAを使用すること、Ser-118でpropionateによってacylateされることがわかった。
基質特異性は高く、propionyl-CoAのみを利用し、malonyl-CoA, 2-methylmalonyl-CoA or acetyl-CoAを使用しない。

DpsCは、propionyl-CoAとmalonyl-ACPの縮合を触媒することでKAS III活性を示す。
ACPへのpropionateの移動においてacyltransferseとしても機能する。

close this sectionPKS/NRPS Module

KS113..338

close this sectionSequence

selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
MSTLPGAPGDLYVAGCGVWLPPPVTTDQALAAGHCDRRLASSTRMLSVAVADKETPAEMA
ASAARTAVDRSGVPPARIVLVLHASLYFQGHHLWAPASYVQRVALGNRCPAMEVRQVSNG
GMAALELARAYLLAAPDRTAALVTTGDRMSPPGFDRWNRPRHVYADGGTALVLSRQGGFA
RLRSLVTVSEPVLEGMHRGGHPFGPPSAEEQRTVDLDAHSGRTWPRREARSASPRVSAGQ
EEALAGALKAAGVGLDDISRVVLPHMGWRRLSASYFGKWPVPPERTTWEFGRRTGHLGGG
DPIAGFDHLVGSGRLAPGELCLLVSVGAGFSWSCAVVELLDARRWAAAPAAR
selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
GTGAGCACGCTGCCGGGAGCACCTGGGGACCTCTACGTGGCCGGTTGCGGTGTCTGGCTG
CCCCCGCCGGTGACCACGGATCAGGCCCTGGCCGCCGGTCACTGCGACCGCAGGCTCGCC
TCCTCGACGCGGATGCTGTCGGTGGCGGTCGCCGACAAGGAGACACCGGCGGAGATGGCG
GCCTCGGCGGCCCGGACCGCTGTGGACCGCTCCGGCGTCCCCCCGGCCCGCATCGTCCTC
GTCCTGCACGCCAGCCTGTACTTCCAGGGGCACCATCTGTGGGCTCCCGCCTCCTACGTC
CAGCGGGTGGCCCTCGGGAACCGTTGCCCCGCCATGGAGGTGCGGCAGGTGTCCAACGGC
GGCATGGCCGCCCTGGAGCTCGCCCGCGCGTACCTGCTCGCCGCCCCGGACCGGACGGCC
GCTCTCGTCACGACGGGCGACCGGATGAGTCCGCCGGGCTTCGACCGCTGGAACAGACCC
CGGCACGTGTACGCCGACGGCGGCACCGCCCTCGTACTGTCCCGGCAGGGAGGCTTCGCC
CGGCTGCGTAGCCTGGTGACGGTCTCCGAACCGGTGCTGGAGGGCATGCACCGGGGCGGA
CACCCGTTCGGCCCGCCGTCCGCGGAGGAGCAGCGGACCGTCGACCTGGACGCGCACAGC
GGGCGTACGTGGCCGAGGCGGGAGGCTCGTTCAGCGTCGCCGCGGGTCTCGGCGGGCCAG
GAGGAGGCTCTGGCCGGCGCGCTGAAGGCCGCCGGGGTCGGACTCGACGACATCAGCCGG
GTCGTGCTGCCGCACATGGGCTGGCGCAGGCTGAGCGCCTCCTACTTCGGAAAGTGGCCG
GTTCCGCCCGAGCGGACCACGTGGGAGTTCGGGCGACGGACCGGCCATCTGGGCGGCGGC
GACCCGATCGCCGGGTTCGACCACCTCGTGGGCTCCGGCCGCCTCGCCCCGGGGGAATTG
TGTCTGCTGGTCAGCGTCGGTGCCGGCTTTAGCTGGTCGTGCGCCGTCGTGGAGTTGCTG
GACGCCCGTCGGTGGGCGGCCGCCCCGGCCGCCCGGTGA
KS113..338
KS337..1014

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain)
[248-338] 4.10000000000001e-19 PF08541
PF08541   ACP_syn_III_C
IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain)
[113-178] 3.1e-07 PF08545
PF08545   ACP_syn_III
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[10-169] 1.3e-19 G3DSA:3.40.47.10 [170-178] 1.2e-18 G3DSA:3.40.47.10 [211-338] 1.2e-18 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[1-342] 6.09999977126211e-27 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Dauno_00170 Dauno_00170   Dauno_00190 Dauno_00190
Page top