Urd_00100 Urd_00100   Urd_00120 Urd_00120

Urd_00110 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainTü2717
Entry nameUrdamycin
Contig
Start / Stop / Direction13,313 / 13,639 / + [in whole cluster]
1,523 / 1,849 / + [in contig]
Location13313..13639 [in whole cluster]
1523..1849 [in contig]
TypeCDS
Length327 bp (108 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category3.4 other modification
Productputative cyclase
Product (GenBank)putative cyclase
GeneurdF
Gene (GenBank)UrdF
EC number
Keyword
  • angucycline
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[7592377] Cloning and characterization of a polyketide synthase gene from Streptomyces fradiae Tu2717, which carries the genes for biosynthesis of the angucycline antibiotic urdamycin A and a gene probably involved in its oxygenation. (J Bacteriol. , 1995)
comment
urdEFABCDを含むcosmid purd8をS.lividans TK24へ導入すると、urdamycin抵抗性を獲得。

AA配列解析で、urdFはS. coelicolor whiE locus_ORFVIIやS. glaucescens TcmI proteinに高い類似性あり。
TcmIは、4つめの環のcyclizationを触媒してTcm F2→TCM F1形成するタンパク。
Related Reference
ACC
Q9XCV6
NITE
Jado_00070
PmId
[11520231] Production of aromatic minimal polyketides by the daunorubicin polyketide synthase genes reveals the incompatibility of the heterologous DpsY and JadI cyclases. (J Nat Prod. , 2001)
comment
Blast 3rd, id80%, 3e-45
Streptomyces venezuelae_jadI
Jadomycin polyketide synthase cyclase

--
[PMIDなし]Functional Characterization of the jadI Gene As a Cyclase Forming Angucyclinones. J. Am. Chem. Soc., 1999; 121, 1786-1794

jad genes + jadI があるときのみangucyclinones(UWM6, rabelomycin)が形成された。
tcm genes + jadI ではできない。

--
[PMID: 11520231](2001)
jadomycinと同様に9-keto還元されたpolyketideから合成されるDNRのcyclase DpsYとと比較検討。
tcmI のときと同様の結果。

--
どちらの論文でも提唱経路でJadI に割り当てられているのは、3rd+4th ring形成と、UWM6の4a-dehydrationだが、後の報告で4a-dehydrationはJadHが担うことがわかっている。
ACC
Q93LY5
PmId
[12654660] Engineering anthracycline biosynthesis toward angucyclines. (Antimicrob Agents Chemother. , 2003)
comment
Blast 14th, id77%, 1e-41
Streptomyces sp. PGA64_pgaF
Polyketide cyclase PgaF

anthracyclineであるnogalamycinの早期生合成遺伝子を含んだgene cassetteへpgaFを追加すると、angucyclinone代謝産物(rabelomycinとその前駆体UWM6)をもたらす。
aclacinomycin生合成での珍しいpropionate starter unitを特定するaknE2 and aknFを使ったcassetteでも新規angucyclinone MM2002が形成されることから、PgaFは基質柔軟性がある。

この論文でのpgaF追加の結果と違って、angucyclineが作れなかったjadIでの論文結果も考察しており、tcmJが含まれていることが影響しているのではないかと言っている。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative cyclase [putative cyclase]
MHSTLIVARMEPRSAEDVARLFSEFDGTDMPHRMGTRRRQLFSYRGLYFHLQDFDSEDGG
ERIEAAKTDQRFIGISEDLKPFIAAYDPDTWRSPADAMAQRFYHWTAL
selected fasta
>putative cyclase [putative cyclase]
ATGCACAGCACTTTGATCGTGGCCCGGATGGAGCCCCGTTCCGCCGAGGACGTCGCCCGC
CTCTTCTCCGAGTTCGACGGCACGGACATGCCGCACCGGATGGGCACCCGGCGCCGGCAG
CTCTTCTCGTACCGCGGCCTGTACTTCCACCTCCAGGACTTCGACAGCGAGGACGGCGGC
GAGCGGATCGAGGCGGCGAAGACGGACCAGCGGTTCATCGGCATCAGCGAGGACCTCAAA
CCGTTCATCGCTGCGTACGATCCCGACACTTGGCGGTCACCCGCCGACGCCATGGCCCAG
CGGTTCTACCACTGGACCGCGCTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006765 Polyketide synthesis cyclase (Family)
[10-107] 1.2e-41 PF04673
PF04673   Cyclase_polyket
[2-107] PD012644
PD012644   Polyketide_synth_cyclase
[1-107] 2.89999999999999e-49 G3DSA:3.30.70.1090
G3DSA:3.30.70.1090   Cyclase_polyket
IPR011008 Dimeric alpha-beta barrel (Domain)
[1-108] 3.19999899046351e-44 SSF54909
SSF54909   Dimer_A_B_barrel
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Urd_00100 Urd_00100   Urd_00120 Urd_00120
Page top