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Acla_00210 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31615
Entry nameAclacinomycin A
Contig
Start / Stop / Direction24,366 / 23,035 / - [in whole cluster]
8,211 / 6,880 / - [in contig]
Locationcomplement(23035..24366) [in whole cluster]
complement(6880..8211) [in contig]
TypeCDS
Length1,332 bp (443 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
ProductdTDP-L-rhodosamine glycosyltransferase
Product (GenBank)putative glycosyl transferase
Gene
Gene (GenBank)aknS
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • AknS
Reference
ACC
PmId
[11016846] A gene cluster from Streptomyces galilaeus involved in glycosylation of aclarubicin. (Mol Gen Genet. , 2000)
[15911373] AknT is an activating protein for the glycosyltransferase AknS in L-aminodeoxysugar transfer to the aglycone of aclacinomycin A. (Chem Biol. , 2005)
[17685523] Characterization of rhodosaminyl transfer by the AknS/AknT glycosylation complex and its use in reconstituting the biosynthetic pathway of aclacinomycin A. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
[PMID: 11016846](2000)
anthracycline生合成gene clusterの15kb領域をクローニング、特徴づけ。

AknS: Glycosyltransfera

daunomycin生合成に関連するglycosyltransferase DnmSに近しい類似(59%)。
aknRと翻訳共役。

glycosyltransferase (aknS), aminomethylase (aknX), glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (aknY) とunidentified glycosylation functions (aknT and aknV)を含むplasmid pSgs4は、aklavinoneを蓄積するS. galilaeus mutants H063と、rhodinose and deoxyfucose residuesを持つaklavinoneを産生するH054でaclacinomycinsの産生を回復。

また、ε-rhodomycinone(RHO)を蓄積するS. peucetius mutants M18において、
pSgs4の導入はL-rhamnosyl-RHO と L-daunosaminyl-RHO を、
pSgs42(aknS, aknT, aknU, aknV)の導入はL-rhamnosyl-RHO のみを産生する。

---
[PMID: 15911373](2005)
AknKの実験に基づき代替基質として2-deoxyfucoseを用いたAknS/Tの実験。
AknS単独でも活性はあるが、AknTがないと活性は低い。

--
[PMID: 17685523](2007)
dTDP-L-rhodosamineがAknS/AknTの自然な基質であることを確認。
これまでに代替基質として使用されていたdTDP-2-deoxyfucoseより100倍、dTDP-daunosamineより1000倍速いKcat値を示す。

partner protein AknTは、L-rhodosamine移動のためのAknSの代謝回転速度を200倍に加速する。AknTの存在はKm値に影響せず、kcatに影響する。AknS:AknTの最適比率は1:3。

aglycone, L-rhodosamine, 2-deoxyfucose, AknS/T, AknKでの産物は2糖型aclacinomycinが主要産物だったことから、3糖目は2-deoxyfucoseでなく、これまでの提唱通りL-rhodinoseでありそう。
Related Reference
ACC
Q2PZR4
NITE
Cosmo_00120
PmId
[16810496] Insights in the glycosylation steps during biosynthesis of the antitumor anthracycline cosmomycin: characterization of two glycosyltransferase genes. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2006)
comment
BLAST id61%
Streptomyces olindensis_cosG
CosG

cosG mutantはL-rhodosamineの代わりにL-rhodinoseを持った化合物を産生。
よってCosGはL-rhodosamineのtransferを担う。
L-rhodosamineと同じ位置にL-rhodinoseを配置するのは、CosGが存在するときも含め、CosTのようなGTase helper proteinが補助的に働いて位置を決めているのかもしれない。

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selected fasta
>dTDP-L-rhodosamine glycosyltransferase [putative glycosyl transferase]
MRVLLTSFALDAHFNGSVPLAWALRAAGHEVRVASQPALTASITAAGLTAVPVGADPRLD
EMVKGVGDAVLSHHADQSLDADTPGQLTPAFLQGWDTMMTATFYTLINDDPMVDDLVAFA
RGWEPDLILWEPFTFAGAVAAKVTGAAHARLLSFPDLFMSMRRAYLAQLGAAPAGPAGGN
GTTHPDDSLGQWLEWTLGRYGVPFDEEAVTGQWSVDQVPRSFRPPSDRPVVGMRYVPYNG
PGPAVVPDWLRVPPTRPRVCVTLGMTARTSEFPNAVPVDLVLKAVEGLDIEVVATLDAEE
RALLTHVPDNVRLVDHVPLHALLPTCAAIVHHGGAGTWSTALVEGVPQIAMGWIWDAIDR
AQRQQALGAGLHLPSHEVTVEGLRGRLVRLLDEPSFTAAAARLRAEAESEPTPAQVVPVL
ERLTAQHRAREPRRPGGTSPCVS
selected fasta
>dTDP-L-rhodosamine glycosyltransferase [putative glycosyl transferase]
ATGCGGGTTCTCCTGACATCCTTCGCGCTGGACGCTCACTTCAACGGGTCCGTGCCGCTG
GCCTGGGCGTTGCGGGCCGCCGGGCACGAGGTGCGGGTGGCGAGCCAGCCCGCGCTGACG
GCGAGCATCACGGCGGCCGGGCTGACCGCCGTGCCGGTGGGCGCGGACCCCCGGCTGGAC
GAGATGGTCAAGGGCGTGGGCGACGCTGTGCTGTCCCACCACGCCGACCAGTCGCTCGAC
GCCGACACCCCCGGACAGCTCACCCCGGCCTTTCTCCAGGGCTGGGACACGATGATGACC
GCCACCTTCTACACCCTGATCAACGACGATCCGATGGTCGACGACCTCGTCGCGTTCGCC
CGCGGCTGGGAACCGGACCTGATCCTGTGGGAGCCGTTCACCTTCGCCGGCGCGGTGGCC
GCGAAGGTGACCGGCGCGGCCCACGCCCGGCTGCTGTCCTTTCCGGACCTCTTCATGTCC
ATGCGGCGGGCCTACCTCGCCCAGCTCGGCGCCGCCCCGGCGGGCCCGGCCGGGGGGAAC
GGGACGACGCACCCCGACGACTCACTCGGCCAGTGGCTGGAGTGGACGCTCGGCCGCTAC
GGCGTCCCCTTCGACGAGGAGGCGGTGACGGGACAGTGGTCGGTGGACCAGGTGCCGCGC
AGCTTCCGCCCGCCGTCGGACCGCCCGGTCGTGGGCATGCGCTACGTCCCCTACAACGGG
CCGGGGCCTGCCGTCGTACCCGACTGGCTGCGCGTCCCGCCGACCCGCCCCCGCGTCTGC
GTCACCCTGGGCATGACGGCCCGGACCTCGGAGTTCCCCAACGCCGTCCCGGTCGACCTC
GTCCTCAAGGCGGTCGAGGGGCTGGACATCGAGGTGGTCGCCACCCTCGACGCCGAGGAA
CGGGCACTGCTGACCCATGTCCCCGACAATGTGCGTCTGGTGGACCATGTGCCGCTGCAC
GCGCTGCTGCCGACCTGCGCGGCCATCGTCCACCACGGCGGCGCCGGCACCTGGTCGACG
GCGCTGGTCGAGGGTGTGCCGCAGATCGCCATGGGCTGGATCTGGGACGCGATCGACCGC
GCGCAGCGTCAGCAGGCACTCGGCGCGGGCCTCCATCTCCCCTCGCACGAGGTGACGGTG
GAGGGACTGCGCGGCAGGCTCGTCCGGCTCCTCGACGAGCCCTCGTTCACCGCGGCGGCC
GCCCGCCTGCGGGCCGAGGCCGAGTCCGAACCGACCCCGGCGCAGGTCGTCCCCGTACTG
GAACGGCTGACCGCCCAGCACCGCGCCCGTGAACCCCGACGCCCCGGAGGTACGTCGCCA
TGCGTGTCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain)
[3-98] 4.40000000000001e-13 PF03033
PF03033   Glyco_transf_28
IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain)
[215-312] 7.89999999999997e-33 PF06722
PF06722   DUF1205
SignalP
[1-23] 0.926 Signal
Eukaryota   
[1-23] 0.276 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
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