Alnu_00040 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	CM020
Entry name	Alnumycin
Contig	EU852062
Start / Stop / Direction	1,823 / 2,077 / + [in whole cluster] 1,823 / 2,077 / + [in contig]
Location	1823..2077 [in whole cluster] 1823..2077 [in contig]
Type	CDS
Length	255 bp (84 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative acyl carrier protein
Product (GenBank)	AlnJ starter unit acyl carrier protein
Gene
Gene (GenBank)	alnJ
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC B6SEE9 PmId [18940666] Characterization of the alnumycin gene cluster reveals unusual gene products for pyran ring formation and dioxan biosynthesis. (Chem Biol. , 2008) comment alnumycin gene clusterのクローニング、シークエンス。 aln2-alnT2の領域をS.albusに導入して、alnumycin産生されることを確認している。 AlnJ: Starter unit acyl carrier protein AlnIJKは、alnumycinの構造から推測されるC4 butyryl-CoA starter unitの合成に関与する、と配列解析から提唱。各タンパクは同じ鎖長のfrenolicinを生合成経路に見られるものと似ている。 R1128と類似した様式でstarter生合成をすると示唆される。
Related Reference	ACC O68916 NITE Fren_00100 PmId [12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003) comment Blast 2nd, id56%, 4e-18 Streptomyces roseofulvus_frnJ Acyl carrier protein ・2 priming KSs = ZhuH, FrenI ・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L ・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG ・MAT を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。 priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、 minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。
Related Reference	ACC Q9F6D5 NITE R1128_00070 PmId [11732905] In vitro reconstitution and analysis of the chain initiating enzymes of the R1128 polyketide synthase. (Biochemistry. , 2001) [12767243] Ketosynthases in the initiation and elongation modules of aromatic polyketide synthases have orthogonal acyl carrier protein specificity. (Biochemistry. , 2003) [19292437] Biosynthesis of aromatic polyketides in bacteria. (Acc Chem Res. , 2009) comment Blast 3rd, id38%, 3e-10 Streptomyces sp. R1128_zhuG Acyl carrier protein -- [PMID: 11732905](2001) abstract ZhuHのprimer unit特異性を調べるため、様々なacyl-CoAsとmalonyl-ZhuG(ACP)の存在下で、beta-ketoacyl-ACP形成の kineticsが測定された。Propionyl-CoA and isobutyryl-CoAは、ZhuHの最も好ましい基質であった。しかし、acetyl-CoA and butyryl-CoAも受け入れられ、伸長されることができた。 -- [PMID:12767243](2003) ・2 priming KSs = ZhuH, FrenI ・2 elongation KSs(+CLF) = actI-ORF1+ORF2, tcmK+L ・6 ACPs = FrenN, FrenJ, ZhuN, ZhuG, Gra-ORF3, DpsG ・MAT を発現、精製して、組み合わせによる活性を確認している。 priming KSであるFrenI は、priming ACPであるFrenJ, ZhuGの存在下でacyl transfer活性が高いが、 minimal PKSのACPであるFrenN, ZhuN, DpsGの存在下では検出されない。 AA配列alignmentから、priming ACPsに特有なtyrosine残基を同定。(AlnJ にもY45保存あり) R1128のACPでsite-directed mutagenesis(ZhuG-Y45L, ZhuN-M42Y)して、ZhuHによるacyl transferを測定。この変異によりZhuNでも活性が得られるようになった。 -- [PMID:19292437](2009) initiation PKSの提唱経路の記載あり。

PKS/NRPS Module

ACP	5..78

Sequence

>putative acyl carrier protein [AlnJ starter unit acyl carrier protein]
MAEFTITEFQSVVNACFDGATSEEIKDSTLHTEFTDLGFDSLTVYEIVTRIQDDFKVSVP
DEQLDELTTPAALIQYVQGQLTTV

>putative acyl carrier protein [AlnJ starter unit acyl carrier protein]
ATGGCTGAATTCACCATCACCGAGTTCCAGAGCGTCGTGAACGCCTGCTTCGACGGAGCC
ACCAGTGAGGAGATCAAGGATTCCACGCTGCACACCGAGTTCACCGACCTCGGTTTCGAC
TCGCTCACCGTGTACGAGATCGTGACCCGTATCCAGGACGACTTCAAGGTCAGCGTGCCT
GACGAACAGCTTGACGAACTCACCACTCCCGCCGCCCTCATCCAGTACGTCCAAGGTCAG
CTCACCACTGTGTGA

ACP	5..78

ACP	13..234

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003231 Acyl carrier protein (ACP) (Family) PD000887 PD000887 IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain) SSF47336 ACP_like PS50075 ACP_DOMAIN G3DSA:1.10.1200.10 ACP_like PF00550 PP-binding
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Alnu_00030 Alnu_00050