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Alip_00170 : CDS information

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Organism
StrainTü117
Entry nameAlpha-lipomycin
Contig
Start / Stop / Direction55,363 / 56,112 / + [in whole cluster]
55,363 / 56,112 / + [in contig]
Location55363..56112 [in whole cluster]
55363..56112 [in contig]
TypeCDS
Length750 bp (249 aa)
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Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)LipTe
Gene
Gene (GenBank)lipTe
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
  • putative type II thioesterase
Reference
ACC
PmId
[16723573] Biosynthetic gene cluster for the polyenoyltetramic acid alpha-lipomycin. (Antimicrob Agents Chemother. , 2006)
comment
alpha-lipomycin生合成遺伝子クラスターに関する文献。

lipTe(249 aa): thioesterase

lipTe自体の機能実験は行われていないが相同性より、type II thioesteraseであると予想している。
Related Reference
ACC
Q7BUF9
NITE
Rifam_00540
PmId
[19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009)
comment
12th, 57%, 2e-69
Amycolatopsis mediterranei_rifR
RifR
[Rifam_00540]type II thioesterase

orf12=rifR

RifRは、acyl-CoAsよりもacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsを加水分解する(Steady-state kinetics)。
helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。

RifRがCoA基質よりACP基質への反応を好むことは、type II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。
ACC
Q846W2
NITE
Monen_00290
PmId
[16984884] Identification of NanE as the thioesterase for polyether chain release in nanchangmycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006)
comment
24th, 55%, 1e-65
Streptomyces cinnamonensis_monAX
Thioesterase
[Monen_00290]type II thioesterase

対照実験として。
MonAXはdiketide-SNACを加水分解したが、polyether-SNACを加水分解しなかった。
よって、polyether鎖の放出には関与しない。
ACC
Q6W5Q5
NITE
FR008_00110
PmId
[18836004] Selective removal of aberrant extender units by a type II thioesterase for efficient FR-008/candicidin biosynthesis in Streptomyces sp. strain FR-008. (Appl Environ Microbiol. , 2008)
comment
38th, 52%, 2e-63
Streptomyces sp. FR-008_fscTE
FscTE
[FR008_00110]type II thioesterase

fscTEはputative type II thioesterase (TEII)をコードする。
fscTE deletionでFR-008/candicidin産生は約90%減。
type I thioesteraseを不活化させたとき、FscTEは成熟して伸長したpolyketideの放出を代償することができなかった。

FscTE and TylOのHydrolytic activitiesは、
propionyl-S-N-acetylcysteamine > methylmalonyl-S-N-acetylcysteamine
acetyl-S-N-acetylcysteamine > malonyl-S-N-acetylcysteamine

したがって、TEII はacyl carrier proteins(ACP)に結合するnon-elongatable residuesを選択的に除去することにより、効果的なpolyketide生合成を維持することが結論付けられる。

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selected fasta
>putative type II thioesterase [LipTe]
MTSAVDTGVWIRRYRPAPDAGVRLLCLPHAGGAASYYVPVAAALAPAADVLAVQYPGRQD
RRSEEPLGDLRELADRVADAVGDGDERPLAVFGHSMGALLGYEVALRLEEAGRGPVRLFV
SGRRAPSAVRPSEDMHKRTDSALLDGVRRLSGTDAQVFEDEELVRMVLPAIRADYRAVET
YEPRPGDRVRCPVTVLTGDDDPMATVEEARAWSAHTEGPTDLHVFPGGHFYLNDRAADVL
TVVRAHLGL
selected fasta
>putative type II thioesterase [LipTe]
ATGACCTCCGCAGTGGACACCGGCGTCTGGATACGCCGTTACCGGCCCGCCCCCGACGCG
GGAGTCCGCTTGCTGTGCCTTCCGCACGCCGGCGGCGCGGCCAGCTACTACGTGCCCGTG
GCCGCCGCGCTCGCGCCCGCCGCCGACGTGCTCGCCGTGCAGTACCCCGGGCGTCAGGAC
CGCCGCTCCGAGGAACCGCTCGGAGATCTACGGGAGTTGGCGGACCGGGTCGCCGACGCG
GTGGGTGACGGCGACGAGCGGCCCCTCGCGGTGTTCGGGCACAGCATGGGTGCACTCCTC
GGCTACGAGGTGGCGCTCCGGCTGGAGGAGGCCGGGCGCGGCCCGGTGCGGCTGTTCGTG
TCGGGGCGGCGCGCGCCGAGCGCGGTCCGGCCCAGCGAGGACATGCACAAGCGCACCGAC
AGCGCCCTGCTGGACGGGGTGCGCCGGCTCAGCGGCACCGACGCGCAGGTGTTCGAGGAC
GAGGAGCTGGTGCGGATGGTGCTGCCCGCGATCCGCGCCGACTACCGCGCCGTGGAGACG
TACGAGCCGCGTCCCGGCGACCGGGTGCGCTGCCCGGTGACCGTGCTGACGGGCGACGAC
GACCCCATGGCGACGGTGGAGGAGGCCCGCGCCTGGTCCGCCCACACCGAGGGTCCCACC
GACCTGCATGTCTTCCCCGGGGGGCACTTCTACCTCAACGACCGCGCGGCGGACGTCCTC
ACCGTCGTCCGGGCCCACTTGGGTCTGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[23-243] 1e-58 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Alip_00160 Alip_00160   Alip_00180 Alip_00180
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