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Bena_00140 : CDS information

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Organism
StrainA2991200
Entry nameBenastatin
Contig
Start / Stop / Direction11,178 / 13,148 / + [in whole cluster]
11,178 / 13,148 / + [in contig]
Location11178..13148 [in whole cluster]
11178..13148 [in contig]
TypeCDS
Length1,971 bp (656 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)BenR protein
Gene
Gene (GenBank)benR
EC number
Keyword
  • SARP family
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17439117] Molecular analysis of the benastatin biosynthetic pathway and genetic engineering of altered fatty acid-polyketide hybrids. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
Benastatin A and B生合成をコードする全遺伝子座のクローニング、シークエンス。
flanking regionsの削除とS. albus, S. lividansでの異種性発現によってclusterが同定されている。

BenR: transcriptional activator
配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q54494
NITE
Nogl_00360
PmId
[8668120] A gene cluster involved in nogalamycin biosynthesis from Streptomyces nogalater: sequence analysis and complementation of early-block mutations in the anthracycline pathway. (Mol Gen Genet. , 1996)
[9349712] Characterization of Streptomyces nogalater genes encoding enzymes involved in glycosylation steps in nogalamycin biosynthesis. (Mol Gen Genet. , 1997)
comment
Blast 5th, id40%, 2e-99
Streptomyces nogalater_snorA
[DoBISCUIT]transcriptional regulator

--
[PMID: 8668120](1996)
S. nogalaterのanthracycline生合成gene clusterを解析。
11kb領域に11ORFs(snoEDCBA123XYZ)が同定されている。

deduced function
snoA(665aa): regulatory

regulatory geneに傷害があると予測されるS.nogalater mutant Sno-615を、SnoAのN末415aaを含んだpSY22で完全に相補することができ、wild S.nogalaterと同じ量のnogalamycinを産生できた。
wild S.nogalater and S.galilaeusにpSY22を導入すると、S.nogalaterではわずかにnogalamycin産生増加、S.galilaeusでは効果なし。
SnoAは、少なくともminimal PKSのregulationに関与するとされている。

---
[PMID: 9349712](1997)
ermE or snoAを含むvectorsを用いないとaclacinomycin経路でのrhodosamine and 2-deoxyfucoseの生合成ができないS.galilaeus mutant H039の相補実験がうまくいかない。
snoAを含むvectorではsnoEまで含むfragmentでないと相補できないことから、このclusterのpromoterはsnoE上流にあり、これらの遺伝子はsnoAの発現によって調節されると示唆された。

sno minimal PKSのtranscriptional activatorであるSnoAは、nogalamycin sugar moietyの生合成に関与するsnoFGHの発現にも必要である。
ACC
Q2MGB3
NITE
Fred_00260
PmId
[18556785] Identification and utility of FdmR1 as a Streptomyces antibiotic regulatory protein activator for fredericamycin production in Streptomyces griseus ATCC 49344 and heterologous hosts. (J Bacteriol. , 2008)
comment
Blast 44th, id35%, 2e-70
Streptomyces griseus
Regulatory protein
[DoBISCUIT]transcriptional activator_fdmR1

FdmR1はStreptomyces antibiotic regulatory protein (SARP) familyのメンバーに高い類似性を示す。

fdmR1不活化でfredericamycin (FDM)生合成不可、相補で回復。
RT-PCRによる転写解析で、fdm gene cluster 28genesのうちfdmRとfdmT2以外の26genesが、FdmR1のpositive control下にあることが判明。
fdmR1過剰発現でFDM力価は5.6倍に改善。

fdm clusterを異種性に発現した時、Streptomyces albusではFDM産生可能だが、Streptomyces lividansではできない。
しかし、fdmR1を恒常的に発現するとFDM産生をもたらすことができる。そしてputative ketoreductaseをコードするfdmCを、fdmR1と同時に過剰発現することによってさらに拡大される。
ACC
P25941
PmId
[2253887] Primary structure of AfsR, a global regulatory protein for secondary metabolite formation in Streptomyces coelicolor A3(2). (Gene. , 1990)
[11952895] afsS is a target of AfsR, a transcriptional factor with ATPase activity that globally controls secondary metabolism in Streptomyces coelicolor A3(2). (Mol Microbiol. , 2002)
[17434533] AfsR recruits RNA polymerase to the afsS promoter: a model for transcriptional activation by SARPs. (J Mol Biol. , 2007)
comment
Blast 144th, id40%, 1e-48, C末400aaほど余る
Streptomyces coelicolor_afsR(afsB)
Regulatory protein afsR

---
[PMID: 2253887](1990)
S.lividansのafsBを相補。
pigment生産に関するregulatory proteinとして同定。
2次代謝系のglobal regulatory proteinだとしている。

---
[PMID: 11952895](2002)
afsRのターゲットがafsSであることを示し、afsR欠失株ではafsSの転写が起こらないことを示す。

---
[PMID: 17434533](2007)
afsRがafsSの上流に結合して、RNA polymeraseのリクルートを介して転写活性化を行うことを示した。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [BenR protein]
MTDVPAVRLRVLGPLEVIGGGDRELTPSAPKLRQLVALLVVSGNRIVGIHEMMDELWGSS
PPASALATLQSYIYKIRKNVFEVLGDTGVSLHTKPNGYRLDVPAGVLDVHGFEELIDQGR
KALDGGDAETAAELLAGALAFWRGVPLANVDPGDQLGVQITRYQERRKHALELRLEAELQ
LGRHRELIGELKTLCSNHPLDEGMHSKLMIALYRSGRRHEALETYQTFRRGMIDELGLEP
SPMLARLHTAVLVAEPELHLDGESTLELALRPVQIVSEYIDAASGHTVAGNEDDGEWGEP
AGSRIAAAAGLPLGGPTQQVRSVPRPAQLPPDIADFTGRAKVLTRLESRLAECRDQHAPL
PVLWITGMPGVGKSALATRLAHRVRDRFPDGQLYVDLRGGGADPVHPRTVLHRFLAALGE
PRSALPDDIDEASELFRSRCASRSLLFLLDSAATTAQVRSLLPGNGDCAVIVTSLAHGLA
GSELVLLDPLCDDEAHQLLTSIIGPQRAGENPSAVDRIVELCGGLPLSLRAVGTRLSRLP
GWPLGQFAERLADPRRRLAESSLPGLDLRASYHAEFQQLDERDRLVMQLFAMRAGDPFTA
EDAAEQLGCDLVSAEGVLARLAERHLLQAAGTKEGLVGYSVHELVRVYTLQRLAGN
selected fasta
>putative transcriptional regulator [BenR protein]
ATGACTGACGTTCCTGCGGTGCGGCTTCGTGTGCTGGGGCCTCTGGAGGTAATCGGTGGC
GGAGATCGTGAATTGACGCCCAGCGCCCCGAAGCTGCGGCAACTGGTGGCGCTGTTGGTG
GTGTCCGGGAACCGGATCGTAGGCATACACGAGATGATGGATGAGTTATGGGGGAGCTCC
CCGCCTGCGAGTGCGCTTGCCACTCTCCAGTCGTACATCTACAAGATCCGGAAGAATGTC
TTCGAAGTGCTCGGGGACACCGGTGTCTCGTTGCACACCAAGCCGAACGGTTACCGGCTG
GATGTCCCGGCAGGTGTCCTCGACGTGCACGGCTTCGAGGAGCTGATCGACCAGGGACGG
AAGGCACTTGACGGCGGAGACGCCGAGACGGCCGCCGAACTTCTCGCGGGCGCCCTCGCC
TTCTGGCGTGGTGTCCCACTGGCCAACGTCGATCCCGGCGATCAGCTCGGCGTCCAGATC
ACGCGCTATCAGGAGCGCCGCAAGCATGCGTTGGAGCTGCGGCTTGAGGCCGAACTCCAG
CTCGGCCGGCACCGCGAGCTGATCGGCGAACTGAAGACGCTGTGCTCCAACCATCCCCTC
GACGAGGGTATGCACAGCAAACTCATGATCGCCCTGTACCGCTCCGGCCGACGGCACGAA
GCCTTGGAGACGTATCAGACCTTCCGGCGGGGCATGATCGACGAGCTGGGCCTGGAGCCC
TCGCCCATGCTGGCACGACTGCACACCGCCGTGCTGGTGGCCGAACCCGAACTGCATCTC
GACGGTGAGTCCACGCTCGAACTGGCACTGCGCCCGGTGCAGATCGTGTCGGAGTACATC
GATGCGGCGTCCGGGCACACCGTCGCCGGGAACGAGGATGACGGGGAGTGGGGGGAGCCT
GCCGGATCGCGGATCGCGGCCGCGGCCGGTTTGCCGCTGGGCGGTCCGACCCAGCAGGTC
CGGTCTGTCCCTCGTCCGGCTCAGCTGCCCCCCGACATAGCCGACTTCACCGGACGGGCG
AAGGTGCTCACCCGGCTGGAGAGCCGCCTCGCGGAGTGCCGTGACCAGCATGCCCCGCTG
CCAGTCCTGTGGATCACCGGCATGCCGGGAGTGGGCAAATCGGCCCTGGCCACGCGACTC
GCACACCGGGTGCGCGACCGGTTCCCCGACGGTCAGCTCTACGTGGACCTGCGCGGCGGC
GGTGCCGACCCGGTTCACCCGCGCACCGTGCTGCATCGCTTCCTCGCCGCGCTCGGCGAA
CCCCGCTCCGCTCTCCCCGACGACATAGACGAAGCCAGTGAGTTGTTCCGCAGCCGCTGT
GCCTCCCGGTCGTTGCTCTTTCTCCTCGACAGTGCCGCGACCACGGCCCAGGTCAGGTCG
TTGCTGCCGGGCAACGGCGACTGCGCGGTCATCGTCACCAGCCTCGCGCACGGACTTGCC
GGCTCCGAGCTGGTCCTCCTCGACCCCCTGTGTGACGACGAGGCCCACCAACTGCTCACC
TCCATCATCGGACCACAACGGGCGGGGGAGAACCCGTCGGCCGTCGACCGGATCGTCGAG
CTCTGCGGTGGACTTCCGCTCTCGCTGCGGGCGGTTGGCACCAGGCTGAGCCGACTGCCG
GGCTGGCCGCTCGGCCAGTTCGCCGAGCGGCTCGCCGACCCTCGCCGCCGTCTTGCCGAG
TCAAGCCTCCCCGGCCTCGACCTGCGCGCCTCGTACCACGCCGAGTTTCAGCAGCTGGAC
GAGCGAGACCGGCTGGTCATGCAGTTGTTCGCGATGCGCGCCGGGGATCCGTTCACCGCG
GAGGACGCCGCCGAGCAGCTCGGCTGCGACCTGGTGAGCGCCGAGGGCGTACTCGCCAGG
CTCGCCGAGCGGCATCTGCTGCAGGCGGCGGGAACCAAGGAGGGCCTGGTGGGCTATTCC
GTCCATGAACTGGTGAGGGTCTACACGCTGCAACGGCTGGCGGGCAACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000767 Disease resistance protein (Family)
[362-377] 1.40000045763982e-08 PR00364 [439-453] 1.40000045763982e-08 PR00364 [522-536] 1.40000045763982e-08 PR00364
PR00364   DISEASERSIST
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[22-100] 3.30000164480624e-06 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
[26-100] 1.6e-09 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR002182 NB-ARC (Domain)
[344-536] 2.4e-10 PF00931
PF00931   NB-ARC
IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain)
[107-252] 1.3000049540733e-56 SM01043
SM01043   BTAD
[107-252] 4.30000000000003e-47 PF03704
PF03704   BTAD
IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain)
[113-227] 5.3e-05 G3DSA:1.25.40.10
G3DSA:1.25.40.10   TPR-like_helical
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[30-103] 0.00013 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[6-101] 6.00000361638163e-13 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Bena_00130 Bena_00130   Bena_00150 Bena_00150
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